چون یکی از درون برون آید
صحت و عافیت بود تاریخ
این بیت از شیخ بهایی است که بر سر در حمام منتسب به این دانشمند و عارف و فقیه قرن دهمی اسلامی قرار گرفته و براساس حروف ابجد تاریخ بنای این حمام را روایت می کند. شیخ بهایی از بزرگترین علمای دوران تمدن اسلامی محسوب شده که علاوه بر علوم دینی، فلسفه، حکمت، فقه و ... بربسیاری از علوم تجربی و دقیقه مثل معماری ، فیزیک، نجوم، ریاضی و شیمی احاطه داشته است
معماری عجیب حمام شیخ‌بهایی سال‌ها همچون معمایی تو در تو ذهن کنجکاو جهانیان را به خود مشغول کرده بود. چرا که این حمام دو راز شگفت با خود داشت؛ یکی اینکه آب این حمام تنها با یک شمع گرم می‌شد و دیگر اینکه این شمع همواره روشن بوده است.بنا بر نقلی مشهور زمانی که تعدادی محقق انگلیسی می‌خواستند راز گرم شدن این حمام به کمک شمع را بفهمند با دستکاری در معماری بنا باعث شدند که شمع حمام نیز با مشکل مواجه شود و از آن زمان دیگر این شمع روشن نشده است
البته معجزه ای در کار نبود. این حمام با استفاده از یک سیستم پیچیده مهندسی به مدت طولانی تنها با یک شمع روشن می‌شده است. شیخ بهایی با بهره گیری از علم فیزیک توانسته بود حمام را به گونه ای طراحی کند که گازهای متان اماکن اطراف حمام مثل بازار و خانه ها و به خصوص فاضلاب مسجد جامع اصفهان را در زیر حمام جمع آوری کرده و از آنها برای سوخت و گرمایش حمام استفاده نماید. شیخ بهایی گاز متان را در محفظه ای زیر حمام جمع کرده و به روشی خاص، نوعی خلاء بوجود می آورده که با یک شمعک و گاز فاضلاب، حمام را گرم می کرده است. محفظه بسیار بزرگی که در زیر حمام کشف شد، نشانگر و موید همین روش به نظر می رسد
سیستم سوختن این گازها هم تا حدودی شبیه به همین آبگرمکن های کاربراتوری امروز بوده که با استفاده از شمعکی همیشه روشن می ماند. در جریان مرمت خانه شیخ بهایی که در نزدیکی گرمابه قرار دارد، در کف زمین تنپوشه های سفالی و چاه های مرتبطی پیدا شده که احتمال دارد مربوط به طراحی حمام باشد.همچنین با مطالعات باستان شناسی در این منطقه مشخص شد که فاضلاب شهر اصفهان توسط لوله های جمع آوری فاضلاب وارد خزینه حمام می شده است.در واقع شیخ بهایی طبق محاسبات دقیقی خزینه حمام را به گونه ای طراحی کرده بود که فاضلاب این مکان تبدیل به گاز متان شود.
همچنین بخشی از لجن های ته نشین شده در این مکان برای تولید بیوگاز مورد استفاده قرار می گرفت، بدین شکل که شیخ بهایی با محاسباتی حجم لجن مورد نیاز برای تولید بیوگاز را مشخص کرده بود و گاز تولید شده به وسیله شعله هایی مخزن آب حمام را گرم می کرد. بنابراین آتش این حمام با سیستم «دم و گاز» یعنی به کمک گاز متان فاضلاب مسجد جامع و چکیدن روغن عصارخانه شیخ بهایی (که در مجاورت حمام احداث شده بود) روشن و آب آن گرم می شده است. برخی کشفیات اخیر نشان داده که گویا آتشدان یا تون این حمام از طلا ساخته شده بوده و طلا به دلیل رسانه بودن قوی، به خوبی قادر به انتقال نهایت گرما به مخزن آب حمام بوده است.
كتابی از شیخ بهایی باقی مانده در رابطه باساخت حمام ها كه هنوز موجود است ودارای عبارات واصطلاحات پیچیده و سنگینی است .در این كتاب روشهای ساخت خزینه وایزولاسیون (عایق بندی) شرح داده شده است ولی درباره سوخت و چگونه گرم نگاه داشتن آن سخنی نیامده است
دکتر سیروس شفیق(استاد جغرافیا و شهرسازی) درباره حمام شیخ بهایی و استفاده شیخ از بیوگاز ناشی از فاضلاب مسجد جامع می گوید:
"...همان بیو گازی که امروزه در برخی کشورها مثل چین، مثل هند مورد استفاده قرار می گیرد یا در اروپا موقع جنگ جهانی دوم استفاده می شد، شیخ بهایی هم با توجه به نزدیکی مسجد جامع به حمام ، فاضلاب های این مسجد را با تنپوشه به تون (آتشدان) حمام کشیده و در آنجا شمعی روشن می شده که همیشه این آب را گرم نگاه دارد
