پس از جنگ جهانی اول و با مقاومت فلسطینیان در برابر مهاجرت یهودیان، جامعه ایران با رهبری روحانیون روی خوشی به رشد جنبش صهیونیسم نشان نداد. بااینحال ایران بدلیل جمعیت بالای یهودیان برای سازمان جهانی صهیونیسم و تشویق آنها برای مهاجرت به فلسطین اهمیت داشت. آژانس یهود (وابسته به سازمان جهانی صهیونیسم) در سال ۱۹۴۲ در زمان اشغال ایران در جنگ جهانی دوم موفق شد تا هیاتی را با هدف کمک به آموزش دینی یهودیان بفرستد. اما دولت ایران مخالف شدید تشکیل کشور یهودی در مناطق فلسطینی بود.تا جایی که وقتی ایران در سال ۱۹۴۷ به عنوان یکی از اعضای کمیته ویژه فلسطین در سازمان ملل انتخاب شد یکی از سه کشوری بود که در کنار هند و یوگسلاوی با تقسیم فلسطین بین یهودیان و فلسطینیها مخالفت کرد. ایران حتی در جلسه رایگیری در مجمع عمومی سازمان ملل متحد علیه طرح تقسیم فلسطین در۲۹ نوامبر ۱۹۴۷ رای داد.
تشکیل رژیم اسرائیل اعتراضهای گستردهای در ایران بر پا کرد.آیت الله کاشانی در ۱۷ دی ۱۳۲۶ از مردم خواست که برای حمایت از مردم فلسطین در مسجد شاه اجتماع کنند. پس از آن مجددا در اعلامیهای در ۲۸ اردیبهشت ۱۳۲۷ از مردم خواست تا روز جمعه آخر اردیبهشت برای حمایت از مردم فلسطین در مسجد سلطانی تجمع کنند. در این تجمع علاوه بر او،
سید مجتبی نواب صفوی نیز سخنرانی کرد و حدود ۵۰۰۰ نفر جوان مسلمان، داوطلب اعزام به فلسطین شدند.در سطوح رسمی نیز نمایندگان مجلس شورای ملی علیه اسرائیل موضعگیری میکردند و خواهان اقداماتی علیه دولت تازه تأسیس اسرائیل میشدند. نخستین موضعگیری علنی در سطوح رسمی را با اسرائیل، محمدرضا آشتیانیزاده نماینده ورامین در مجلس شورای ملی کرد که تأسیس اسرائیل را ضربهای خواند که «آمریکا و شوروی بر قلب عالم اسلام زدهاند».هنگام تشکیل رژیم اسرائیل، حدود ۴۵۰۰ نفر از اتباع ایران در فلسطین زندگی میکردند که ۲۵۰۰ نفر از آنان مسلمان بودند.جنگ اعراب و اسرائیل در سال ۱۹۴۸ باعث آوارگی آنان شد. تلاش دولت ایران (در زمان نخستوزیری محمد ساعد مراغهای) برای کمک به اتباع خود باعث نخستین تماس میان دولتهای ایران و اسرائیل شد.یکسال بعد در ۱۱ می ۱۹۴۹ ایران جزو کشورهای رأی مخالف به قطعنامه ۲۷۳ مجمع عمومی سازمان ملل متحد در مورد پذیرش عضویت اسرائیل در این نهاد بود.
هری ترومن رئیس جمهور آمریکا تلاش زیادی برای آغاز رابطه ایران با اسرائیل کرد. در آبان ۱۳۲۸ و با نخستین سفر محمدرضا شاه به آمریکا هری ترومن در گفتگو با او مسئله روابط ایران و اسرائیل را مطرح کرد. نخستین مذاکرات جدی در سال ۱۹۴۹ بین نصرالله انتظام در گفتگو با آبا ابن نماینده اسرائیل در سازمان ملل متحد انجام شد. انتظام به ابن گفته بود که بهرسمیت شناختن اسرائیل بسیار دشوار است. نماینده اسرائیل در پاسخ به او گفت که اتحاد میان ایران و اسرائیل، جبهه متحدی علیه اعراب میسازد. در اسفند ۱۳۲۸ با وجود مخالفت افکار عمومی، دولت ساعد یک سال و نیم پس از تشکیل کشور اسرائیل، آن کشور را به صورت دو فاکتو به رسمیت شناخت. این تصمیم در نشست هیئت دولت در شب ۱۴ اسفند ۱۳۲۸ به اتفاق آراء گرفته و به نصرالله انتظام نماینده ایران در سازمان ملل متحد ابلاغ شد که با تماس با نماینده دولت اسرائیل، شناسایی بالفعل (دو فاکتو) را به او اعلام کند.تا آن هنگام حدود پنجاه کشور اسرائیل را به رسمیت شناخته بودند و ترکیه تنها کشور مسلمان بود که اسرائیل را به صورت مشروع (دو ژور) به رسمیت شناخته بود. اقدام دولت ایران در شناسایی دو فاکتوی اسرائیل که بدون در جریان گذاشتن کمیسیون خارجه مجلس هم انجام گرفته بود، هم در داخل ایران و هم در کشورهای عربی اعتراض برانگیخت. در هر دو مجلس سنا و شورای ملی نیز از وزارت امورخارجه برای این اقدام توضیح خواستند. محمد ساعد که مدت کوتاهی پس از تصمیمگیری برای شناسایی دو فاکتوی اسرائیل از نخستوزیری کنار رفته و به فرمان شاه، عضو مجلس سنا شده بود، در این مجلس نطقی در توجیه تصمیم خود کرد و گفت بدون شناسایی دو فاکتو، دولت نمیتوانست مأموری برای حل مشکلات ایرانیان ساکن اسرائیل بکند.ساعد در این نطق همچنین به تماسهای مستقیم و محرمانه بعضی از دولتهای عرب با دولت اسرائیل برای چیدن مقدمات برقراری رابطه رسمی و صلح و سازش اشاره کرد و گفت تصمیم دولتش برای شناسایی اسرائیل پس از آن انجام گرفت که اطمینان حاصل کرد نمایندگان دولتهای عربی و اسرائیل روی یک کشتی انگلیسی سازشنامهای تنظیم و امضا کردهاند و قرار است در ۲۱ اسفند (۱۲ مارس) کنفرانسی در قاهره تشکیل و موضوع برقراری رابطه با دولت اسرائیل در آن بررسی شود اما نه از امضای سازشنامه روی کشتی انگلیسی و نه از کنفرانس قاهره هیچ اطلاعی به دولت ایران نداده بودند. در نتیجه دولت او شایسته ایران ندید که از سیاست دولتهای عربی پیروی کند و تصمیم گرفت سیاست مستقلی در قبال اسرائیل پیشه سازد.
پس از کودتای ۲۸ مرداد ۱۳۳۲ با تثبیت قدرت محمدرضاشاه پهلوی روابط دو رژیم بهبود یافت.در دوران سلطنت محمدرضا شاه پهلوی، روابط ایران و اسرائیل، زائیدهٔ «منافع مشترک» ایران و اسرائیل از جمله رویارویی با قدرتطلبی کشورهای عربی منطقه خلیج فارس با خط مشی سیاسی پان-عربیستی، همانند جمال عبدالناصر و صدام حسین بود. در همین راستا اسرائیل بهطور منظم تحرکات سیاسی مصر در میان اعراب منطقه، گزارش پیشرفتهای عراق در زمینههای گوناگون و گزارشهای مرتبط با فعالیت زیرزمینی کمونیستها در ایران را در اختیار دولت شاهنشاهی ایران قرار میداد. محمدرضا شاه یک بار در پاسخ به خبرنگاری چنین گفت که در صورت شروع جنگ بین اعراب و اسرائیل او طرف اسرائیل را خواهد گرفت.مناسبات ایران و اسرائیل در زمینههای مختلف گسترش مییافت؛ ولی عمده تبادلات صورت گرفته بین ایران و اسرائیل مربوط به معامله سلاح و تجهیزات نظامی بودهاست. همانند آمریکا، اسرائیل نیز اساس معاملات خود با ایران را به فروش سلاح به ایران در ازای دریافت نفت از این کشور نهاده بود. اهمیت ادامهٔ این رابطه در زمان تحریم صادرات نفت از جانب اوپک بیشتر آشکار گشت.
اسرائیل در زمان دودمان پهلوی کمکهای بزرگی به مدرنیزهسازی کشاورزی، دفاع هوایی، پایگاههای نیروی دریایی و گردشگری در ایران کرد. اسرائیل همچنین تعداد ۱۵۰۰ متخصص تعاونیهای سازندگی در ایران را آموزش داد. دولت اسرائیل با هدف تحکیم روابط ایران و اسرائیل، در سال ۱۹۵۸ میلادی بخش فارسی رادیو اسرائیل را افتتاح کرد.داوید بن گوریون در ۱۹۶۱،لوی اشکول در ۱۹۶۶،اسحاق رابین در ۱۹۷۵ و۱۹۷۶ و مناخیم بگین در ۱۹۷۸ نخست وزیران اسرائیلی بودند که به ایران سفر کردند.
مئیر عزری نخستین سفیر سیاسی اسرائیل در ایران بودوی نقش مهمی را در ارتقای روابط ایران و اسرائیل در در بین سالهای ۱۹۵۸ تا ۱۹۷۵ میلادی داشت.مئیر عزری همچنین از فعالان آژانس یهود در ایران بود و نقش مهمی در تسهیل مهاجرت یهودیان ایران به رژیم اسرائیل ایفا کرد. در زمان سفارت یوری لوبرانی نماینده اسرائیل در تهران، بین سالهای ۱۹۷۴ تا ۱۹۷۹، اسحاق رابین، ایگال آلون، موشه دایان و شیمون پرز به کرات به ایران سفر نمودند و عباسعلی خلعتبری وزیر امور خارجه ایران ۲۱ شهریور ۱۳۵۰ – ۵ شهریور ۱۳۵۷ نیز در سال ۱۹۷۷ رسماً به تلآویو سفر نمود.
در سال ۱۹۶۸ میلادی و به منظور تسهیل صادرات نفت ایران به اروپا شرکت خط لوله نفتی ایلات - اشکلون با ۲۴۲ کیلومتر برای انتقال نفت خام ایران به اروپا از خاک اسرائیل بدون عبور از کانال سوئز مصر با شراکت ۵۰ درصدی دولت ایران و اسرائیل تأسیس شد.روزنامه کیهان در فروردین ۱۳۴۷ نوشت: شاه رهبر اولین کشوری بودند که بلافاصله بعد از حمله خردادماه سال گذشته اسرائیل به اردن گفتند که دوران اشغالگری و تهاجم پایان یافته است و هیچ کشور و ملتی حق تجاوز و تصرف سرزمین دیگری را نداردو اکنون نیز تنها راه پایان دادن به جنگ اعراب و اسرائیل تخلیه سرزمینهای عربی از نیروهای اسرائیل است.آتشسوزی در مسجدالاقصی در مهرماه ۱۳۴۸ که زمینهساز شکلگیری سازمان کنفرانس اسلامی بود، یکی از نقاط عطف مهم در تقابل کشورهای اسلامی با رژیم صهیونیستی بود؛ رخدادی که با توجه به فضای داخل کشور محمدرضا پهلوی را به واکنشی نسبتا شدید و البته فرصتطلبی واداشت.سازمان یک ماه پس از این حادثه، طی اجلاسی با شرکت سران کشورهای اسلامی در رباط پایتخت مراکش اعلام موجودیت کرد؛ سازمانی که در تاسیس، هدایت و سازماندهی کنفرانسهای آن چهرههایی مانند شاه ایران و ملک فیصل عربستان، نقش اصلی و شاخص را داشتند.محمدرضا پهلوی البته در اجلاس رباط و در سخنان خود کلمهای از آتشسوزی در مسجدالاقصی به میان نیاورد و تنها دولتهای اسلامی را به تفاهم و همدلی با یکدیگر دعوت کرد.
ارتشبد حسن طوفانیان که ریاست اداره کل صنایع نظامی را بر عهده داشت در خاطرات خود میگوید که «من مناسبات با اسرائیل را اداره میکردم»اگرچه «رسماً که آنها سفارت در ایران نداشتند. سفیر داشتند.»بنابراین مناسبات با اسرائیل وجود داشت، طوفانیان میگوید او و ساواک در آنجا نماینده داشتند و «وابسته نظامی آنها در ایران حضور داشت. من از آنها وسائل دفاعی میخریدم ... من دستور میدادم که نفت به آنها بدهند نفت به آنها میدادند و پولش را میدادند و پولش را هم به آنها میدادم.»بر اساس آرشیوهای وزارت امور خارجه اسرائیل، در آن دوره بیش از ۵۰۰ خانواده اسرائیلی در ایران زندگی میکردند و دانشآموزان اسرائیلی مقیم تهران به مدرسهٔ عبریزبان تحت نظر وزارت آموزش اسرائیل میرفتند که توسط سفارت اسرائیل در تهران اداره میشد.بزرگترین پروژهٔ مهندسان اسرائیلی در ایران، ساخت پایگاههای نیروی دریایی ایران در بندرعباس و بندر بوشهر و خانههای سازمانی افسران، در مجاورت پایگاهها بود.اسرائیل در دوران حکومت پهلوی در مقابل خرید نفت به ایران سلاح میفروخت. در سال ۱۹۷۷ قراردادی ۱ میلیارد دلاری میان ایران و اسرائیل به امضاء رسید. هدف این برنامه که به پروژه شکوفه معروف بود ساخت یک موشک بالستیک سطحبهسطح با قابلیت حمل کلاهک هستهای بود که البته باعث کلاهبرداری اسرائیل از ایران شد.در خلال سالهای ۱۹۶۵ تا ۱۹۷۵ ساواک و موساد همکاری مشترکی را در جهت حمایت از نیروی استقلالطلب کرد عراقی انجام دادند. این حمایتها شامل آموزش، کمک مالی و جهتدهی فعالیتها و عملیاتهای کردهای بارزانی علیه دولت مرکزی بعثی عراق بودهاست. این فعالیتها با پشتیبانی فنی و مالی سیا همراه بود. پس از امضای پیمان ۱۹۷۵ الجزایر بین ایران و عراق، دولت ایران از ادامه این همکاری مشترک اجتناب کرد ولی اسرائیل به تنهایی این اقدامات را دنبال کرد.اگرچه مناسبات در زمینههای مختلف با اسرائیل وجود داشت اما محمدرضا پهلوی علناً نمیتوانست آن را بیان کند. او از مناسباتی که در حوزه های مختلف به خصوص اقتصادی و فروش نفت با اسرائیل وجود داشت با خبر بود اما نمیتوانست به صورت علنی موضعگیری داشته باشد و یا با یک گفته مهر تاییدی بر آن بزند چراکه علما و مردم مسلمان نسبت به این موضوع حساسیت داشتند و کشورهای عربی نیز نسبت به این مساله حساس بودند.
در 1949، آیت الله طالقانی نیز از روابط دیپلماتیک دولت ایران با اسرائیل انتقاد کرد و از اینکه دولت ایران جلسات طرفدار فلسطین را محدود کرد، ابراز تاسف کرد. اسناد ساواک نشان میدهد که مردم ایران نسبت به فلسطینیها دلسوز بودند و ایرانیان اغلب زکات خود را به فلسطینیان اهدا میکردند.تا سال 1970، دولت ایران سعی کرد از چنین تلاشهایی برای جمعآوری کمکهای مالی جلوگیری کند. ساواک آیت الله مطهری را بازداشت و تحت نظر قرار داد و او را تحت فشار قرار داد تا از جمع آوری کمک های مالی دست بردارد، اما شهید مطهری نپذیرفت.پس از جنگ شش روزه ژوئن ۱۹۶۷، ایران بخش قابل توجهی از نفت مورد نیاز اسرائیل را تامین کرد و نفت ایران از طریق خط لوله مشترک اسرائیل و ایران ایلات-اشکلون به بازارهای اروپایی ارسال شد.تجارت بین کشورها با شرکتهای ساختمانی و مهندسان اسرائیلی فعال در ایران سریع بود.
در نهایت پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران، ۸ روز بعد از پیروزی در ۳۰ بهمن ۱۳۵۷ دولت انقلابی ایران در اولین موضعگیری رسمی خود، طی اطلاعیهای دستور اخراج ۳۲ کارمند اسرائیلی شعبه هواپیمایی ال عال از ایران را صادر کرد و خواستار قطع کامل روابط ایران و اسرائیل شد و بدین سان دست اسرائیل از ایران کوتاه شد.