کتاب حاصل یک پیشگفتار و نتیجه گیری و سه فصل است. در پایان هر فصل، چکیده‌ای وجود دارد که به مرورِ سریعِ محتویاتِ آن، کمک می‌کند؛ ضمن اینکه متن کتاب خالی از ایجازات مخل برای افراد دور از فضای موضوعات آن نیست. در خلال متن، فرازهایی از آثار میرزا نقل می‌شود که از توضیحات مشروحه، اختلاف مشی نویسنده با سایر اصحاب این مکتب آشکار می‌شود.
پیشگفتار حاوی نکاتی درباره‌ی تبیین کلی روش کار مرحوم میرزا مهدی اصفهانی و علت استقبال از پرداختن به آثار او است؛ متنی بسیار شیوا و گیرا دارد که انتظار می‌رفت همین قلم در مابقی کتاب حفظ شود. تفکیک فضای خدانهاد به نمایندگی مرحوم میرزا از فضای خودبنیاد -که کل کتاب به نوعی حول نزاع این دو می‌چرخد- را به روشنی ترسیم می‌کند. نقش «فطرت» را در آثار میرزا برجسته و دین شناسی فقاهتی را پررنگ می‌سازد. آن گاه به تبیین نقش اساسی معرفت شناسی در این مسیر دست می‌گذارد.
فصل اول به معرفت شناسی خودبنیاد اختصاص دارد. ابتدا به تحلیل رکن تعریف معرفت شناسی می‌پردازد: معرفت (باور صادق موجه). در این جا نظریه‌های اندیشمندان مسلمان و غیر مسلمان را درباره‌ی باور، صدق و توجیه می‌آورد و به چالش می‌کشد. سپس درباره‌ی معیار و منابع معرفت سخن می‌راند.
فصل دوم مربوط به معرفت شناسی خدانهاد است و نویسنده به تحلیل دیدگاه میرزا می‌پردازد. برای چیستی معرفت، با تذکر به علم شروع می‌کند و نشان می‌دهد معرفتی که گروه قبلی می‌گفتند، در نظر میرزا جایگاهی ندارد. در این راستا، به نفی ضرورت ابزار معرفت (مفهوم، استدلال و قیاس) اهتمام می‌ورزد و مغایرت معرفت را با حالات نفسانی می‌نمایاند. جالب است که این نگاه، در مباحث الفاظ و وجوشناسی میرزا ریشه دوانده.
در فصل سوم، به بررسی و پاسخ انتقادات وارد شده بر ممشای میرزا مهدی می‌پردازد. تقسیم بندی ارائه شده، شامل نقدهای روشی (قیاس ارسطویی، فهم دینی، الفاظ و اخباری‌گری)، محتوایی (علیت، علم و تجرد)، انتسابی (شباهت با فلاسفه و عرفا و برخی مسائل جزئی فلسفه و دین) و مغالطی است.
نویسنده نتیجه می‌گیرد که در طول تاریخ معرفت شناسی، این میرزای اصفهانی است که توانسته اثبات بدون توصیف معرفت را بی آنکه با حالات روانی‌اش خلط کند، در مقابل انکار و توصیفات غلط آن، مطرح کند و بر مبنای خود پایدار بماند. ایضا تذکار میرزای اصفهانی چه از نظر مبنا و چه از نظر بنا عاری از اشکال بوده و منعی برای پذیرش ندارد؛ لیکن شرط اساسی پذیرش آن، وداع با فضای خودبنیاد و دوری از تصورات و تخیلات در تبیین واقع است.
