ساختار مکتب دوبُنی (پروژه فکری نویسنده) از سطوح جهان‌بینی (سطح نخست)، انسان‌شناسی و هستی‌شناسی برآمده از این جهان‌بینی (سطح دوم)، فلسفه دین، فلسفه اخلاق، فلسفه هویت، فلسفه اجتماعی، فلسفه هنر، فلسفه زندگی، فلسفه اقتصادی-سیاسی و فلسفه تاریخی که مبتنی بر انسان‌شناسی و هستی‌شناسی آن جهان‌بینی شکل گرفته‌اند (سطح سوم) و ایدئولوژی که بینش، روش و منش تبیین شده از مجموع این فلسفه‌ها می‌باشد (سطح چهارم)، تشکیل شده است. نخستین دفتر از مجموعه مکتب دوبنی دفتر فلسفه دین می‌باشد.
در جلد نخست از دفتر فلسفه دین مکتب دوبنی (احیای دین اجتماعی) به بازخوانی سنت نواندیشان دینی متقدم (پیش از انقلاب) جهت احیای دین اجتماعی در مکتب نواندیشی دینی پرداخته شد و سنتزی از رویکرد نواندیشان متقدم و متاخر ایرانی به نام الهیات دوبُنی ارائه شد. در جلد دوم (طرح‌واره‌ای از الهیات دوبنی) نیز طی سه فصل به مباحث دین‌شناسی، الهیات‌شناسی و خداشناسی در الهیات دوبنی پرداخته شد. در جلد سوم از این دفتر (موحدچندساحتی و معنای کیهانی ۱) به مباحث انسان‌شناسی و هستی‌شناسی در الهيات دوبُنی پرداخته شد. در این جلد به دل‌واپسی‌های غایی آدمی و نسبت‌های میان انسان و هستی، خدا و هستی و در نهایت انسان و خدا و هستی پرداخته شد.
در مدل دین‌شناسی الهیات دوبنی گفته شد که دین سه “رکن” دارد (تجربه، معرفت، کنش) که هر رکن آن به دو “بن” (فردی و اجتماعی) تقسیم می‌شود. دینداری سه مرتبه دارد (مبتدی ، متوسط، منتهی) و سه ساحت و کیفیت (شریعت، طریقت، حقیقت) دینداری متناسب با آن مرتبه، هر مرتبه دیندار حاضر در آن مرتبه یک نوع دین‌ورزی (مصلحت‌اندیش، معرفت‌اندیش، تجربت‌اندیش)، در پیش گرفته و در ساحت متناسب با آن نوع دینداری در ارکان سه‌گانه دین و دو بن هر رکن دین‌ورزی می‌کند. در طی این چهار جلد به مسأله عرفان و سلوک و مسائل الهیاتی و فلسفی در الهیات دوبنی پرداخته شد و راه و رسم تجرب‌اندیشی و معرفت‌اندیشی در این الهیات مورد بررسی قرار گرفت.
در چهار جلد بعدی به مسأله کنش دینی و علوم ناظر بر آن یعنی فقه و اخلاق پرداخته می‌شود. طی این چهار جلد به مسأله شریعت، احکام شرعی و فرامین الهی در الهیات دوبُنی اشاره می‌شود. پس از پایان دفتر فلسفه دین، در دفتر فلسفه اخلاق نیز به فلسفه اخلاق الهیات دوبُنی پرداخته می‌شود.
در جلد نخست از مجموعه شریعت در الهیات دوبنی به مسأله سیر تکوین شریعت پرداخته شد و تأثیر وضعیت روان‌شناختی و جامعه‌شناختی پیامبر اسلام و آن سیر تطوری که در طول تاریخ پیدا نمود پرداخته شد. در جلد پنجم پیدایش و تکامل شریعت مورد بررسی قرار گرفت، در جلد ششم به بحران شریعت در جهان مدرن، پیامدها و راهکارهای حل این بحران پرداخته شد و جلد هفتم و هشتم به اجتهاد و اصلاح ساختاری در فقه و شریعت برای روزآمد کردن آن اختصاص داده می‌شود.
️در جلد پنجم به چگونگی پیدایش شریعت و سیر تکاملی آن در طول تاریخ و تأثیراتی که از روان، جامعه پیامبر و قدرت گرفته است اشاره شد. در این جلد نشان داده شد که اسلام ابتدا یک جنبش دینی بوده است، سپس در مدینه و طی امارت پیامبر به یک قدرت اجتماعی-سیاسی و پس از جنگ‌های رده و فتوحات بدل به یک دین نهادین شد. سپس در پایان دوران خلافت راشدین و پس از جنگ‌های داخلی مسلمانان موسوم به فتنه اول تا پایان فتنه دوم و با تشکیل امپراطوری اموی تبدیل به یک دین دولتی می‌شود.
️شریعت در تمامی این مراحل طی شده از یک جنبش دینی که در آن هنوز چیزی تحت عنوان شریعت وجود نداشت تا یک دین دولتی که شریعت در آن به استخدام دستگاه خلافت درمی‌آید تطور یافته و در این مسیر از وضعیت ذهنی و روانی پیامبر، از وضعیت عرف و آداب و رسوم عربستان باستان، وضعیت خشونت‌بار قرن نخست اسلام و حکومت‌های استبداد دینی اموی و عباسی و فهم فقیهان از تمامی این دوران‌ها تاثیر پذیرفته و به شمایل امروزی درآمده است. شمایلی که امروز بخش‌هایی از آن در تضاد با جهان مدرن قرار گرفته است.
در جلد ششم به بحران‌های شریعت در مواجهه با جهان مدرن، عواقب این بحران و پاسخ‌های نوگرایانه و بنیادگرایانه از سوی جنبش اسلام‌گرایی و جنبش اصلاح دینی به این بحران پرداخته شد. در جلد هفتم و کتاب پیشِ رو به اجتهاد ساختاری در احکام جنگی و کیفری، تجاری و مالی و در نهایت احکام مدنی که مربوط به زنان و خانواده است پرداخته می‌شود.
شریعت در سه نسبت تعریف می‌شود: خدا، خلق و خود. مناسک اولیه مانند نماز و روزه به طور نمونه مربوط به رابطه ما با خداست، احکام اجتماعی مانند ارث و دیه و قصاص مخصوص رابطه مردم با یکدیگر است که تخته بند زمان و مکان است و سومین رابطه احکام شخصی است که شبه‌مناسک و احکام تربیتی-اخلاقی را در بر می‌گیرد، نظیر نگفتن دروغ و نخوردن گوشت خوک. عبادات مربوط به نسبت انسان و خداست، تعاملات اجتماعی مربوط به نسبت میان انسان‌هاست و شبه‌مناسک که مربوط به نسبت انسان با خود است. احکام دسته اول احکام عبادی هستند امروز «فروع دین» خوانده می‌شوند: نماز، روزه، حج، جهاد و امر به و نهی از منکر و زکات. احکام اجتماعی ذیل سه عنوان کلی می‌توان تقسیم کرد: ۱- زن و خانواده و ۲- قوانین کیفری و مجازات‌ها (حدود و دیات) و امر قضاوت. ۳- معاملات ( از قبیل عقود و ایقاعات و احکام همانند ازدواج و طلاق و ..). احکام دسته سوم نیز مربوط به شبه‌مناسک مأکول و مشروب و منکوح (خوردنی‌ها، آشامیدنی‌ها، و امور جنسی) و احکام اخلاقی-تربیتی نظیر ناپسندی تفرعن، لزوم مشورت و... می‌باشند.
بنابراین احکام شرعی را می‌توان به عناوین زیر تقسیم نمود:
۱) احکام جنگی، کیفری، جزایی و قضایی
۲) احکام تجاری، مالی و اقتصادی
۳) احکام مدنی، زنان و خانواده
۴) احکام سیاسی و حکومتی
۵) احکام عبادی و مناسکی
۶) احکام اخلاقی و تربیتی
۷) احکام شبه مناسک و سبک زندگی
در این جلد طی سه فصل به اجتهاد ساختاری در سه دسته احکام نخست پرداخته شده است. در فصل نخست احکام جنگی و کیفری، در فصل دوم احکام تجاری و مالی و در فصل پایانی احکام زنان و خانواده مورد بررسی قرار گرفته‌اند. جلد پایانی و هشتم از دفتر الهيات دوبُنی نیز چهار دسته احکام دیگر یعنی احکام سیاسی، عبادی، اخلاقی و سبک زندگی مورد بررسی قرار خواهند گرفت.
