یکی از مسائل مهم در اجرای نظام دریافت گواهی مالیات بر ارزش افزوده گرفتن مجوز فعالیت در این نهاد مالیاتی است، یکی از این مجوزها گواهینامه ثبت نام در نظام مالیات بر ارزش افزوده می‌باشد. شاید عده زیادی از فروشندگان کالا و یا ارائه کنندگان خدمات هنوز با این گواهینامه آشنایی نداشته ولی در صورتحساب‌های خود مالیات را محاسبه کرده و از خریداران دریافت می‌کنند. در صورتی که بعد از اتمام مراحل ثبت نام و تکمیل پرونده مالیاتی در سازمان مالیات بر ارزش افزوده ، اشخاص حقیقی و یا حقوقی باید مجوز لازم جهت اعمال قانونی را داشته باشند، در غیر این صورت دریافت مبلغ مالیات بر ارزش افزوده غیر قانونی است و باید از صورتحساب فروشندگان کسر گردد. دریافت مبلغ فوق فقط با مجوز سازمان مالیات بر ارزش افزوده و تحت عنوان گواهینامه ثبت نام قابل اجرا است. بعد از ثبت نام نهایی و ارائه اظهارنامه دوره ۳ ماهه مالیات بر ارزش افزوده می‌توانید نامه‌ای بنا به درخواست آن سازمان تنظیم نموده و جهت گرفتن مجوز فوق اقدام نمایید. در حال حاضر در برخی از ادارات سازمان مالیات بر ارزش افزوده به غیر از مراحل فوق اشخاص را ملزم به گرفتن تاییدیه ماده ۱۶۹ مکرر قانون مالیات‌های مستقیم می‌کنند.
این گواهینامه بنا به تشخیص حوزه مالیات بر ارزش افزوده، بصورت ۶ ماهه یا یک ساله صادر می شود، که بعد از پایان تاریخ اعتبار اشخاص حقیقی و حقوقی ملزم به تمدید اعتبار از حوزه مالیاتی می‌باشند. کلیه خریداران موظند هنگام پرداخت مبلغ مالیات بر ارزش افزوده در صورتحساب فروشندگان، گواهینامه ثبت نام را از آن‌ها درخواست کرده و پس از رویت آن، و اعتبار تاریخ، نسبت به پرداخت آن اقدام نمایند.
• ثبت نام اولیه ارزش افزوده شرکت
• دادن برگ ثبت نام اولیه همراه با مدارک فوق الاشاره (مدارک ثبت نام اولیه ارزش افزوده)
• ثبت نام مرحله دوم پس از آمدن رمز عبور
• دادن کلیه مدارک فوق برای اداره دارایی (اظهار نامه برای سه ماهه‌های سال‌های قبل از تاسیس تا سالی که قرار است ارزش افزوده ثبت نام و گواهی صادر شود - برگ اولیه و مرحله دوم ثبت نام و شناسه کاربری و رمز عبور- نامه (به شرح زیر) - کپی کلیه قرار دادها) برای ثبت نام مرحله آخر و صدور گواهی ارزش افزوده
۱- کد اقتصادی
۲- کپی مدارک اعضای شرکت اعم از شناسنامه و کارت ملی (براساس آخرین تغییرات)
۳- آگهی تاسیس شرکت
۴- اخرین تغییرات شرکت
۵- وکالتنامه
۶- آدرس کامل سکونت پیمانکار
۷- تلفن ثابت و همراه پیمانکار و در صورت امکان مدیر عامل
۸- کد پستی پیمانکار
۹- مجوز فعالیت (گواحی صلاحیت یا نام شرکت در سایت رتبه بندی)
۱۰- کد پستی دفتر و یا در صورت نبود کد پستی محل فعالیت یا منزل
۱- نام بانک شرکت
۲- نام شعبه بانک
۳- کد شعبه
۴- شماره حساب
۵- تلفنن ریس هیات‌مدیره
۶- کدپستی و آدر رئیس هیات‌مدیره
۷- کد اقتصادی
۸- آخرین تغییرات
۹- مدارک آخرین اعضا
