مصرف کودهای شیمیایی ، سموم ، آفت کش ها و موارد اینچنینی اثرات سویی بر روی محصولات غذایی دارد و بسیاری از تحقیقات و آزمایشات محققین اثرات مضره چنین موادی را تایید کرده اند. این امر موجب شده است که در چنده دهه اخیر توجه خاصی به تولیدات ارگانیک شود. کشاورزی ارگانیک سیستم تولید کشاورزی است که به استفاده نکردن از نهاده های شمیایی تاکید دارد. این نوع سیستم تولید توجه خاصی بر روی سلامت محصول ، سلامت محیط زیست و حفظ اصول اخلاقی دارد.
در کشاورزی ارگانیک از سموم شیمیایی و سنتزی استفاده نمی شود و سعی می شود از روش های فیزیکی و یا روش های خاص (مانند تله های فرمونی) برای کنترل حشرات و آفات بهره برده شود. در کشاورزی ارگانیک اگر از موادی برای کنترل آفات هم استفاده شود این مواد منشا طبیعی دارند و مصرف آن ها با ضوابط و استانداردهای خاص صورت می گیرد ، به عنوان مثال استفاده از آب تنباکو با ضوابط خاصی در برخی از مواقع در کشاورزی ارگانیک مجاز تشخیص داده می شود ( این مورد بسته به نوع مجوز ارگانیک و استاندارد کشور صادره کننده مجوز ممکن است متفاوت باشد).
برای حاصل خیزی خاک نیز در کشاورزی ارگانیک از کودهای سنتزی ( نظیر کود نیتروژن شیمیایی ) استفاده نمی شود. و از کودهای آلی ور وش های خاص برای حاصلخیزی خاک و تامین نیازهای عناصر غذایی گیاه بهره برده می شود. از جمله این منابع آلی کودهای دامی ، کود های مرغی ، کود سبز ، بهره گیری از تناوب گیاهان خانواده بقولات در زراعت و.... می باشد. همچنین در برخی از موارد از میکرواورگانیسم هایی خاص برای افزایش مواد غذایی در خاک بهره برده می شود ( مانند میکرواورگانیسم ها تثبیت کننده نیتروژن در خاک و میکرواورگانیسم ها حل کننده فسفات).
همچنین در برخی از مزارع ارگانیک سعی می شود از شخم حداقلی یا متوسط در مزرعه استفاده شود. این امر موجب کاهش استفاده از سوخت های فسیلی و حفظ وضعیت طبیعی خاک می شود.
کنترل علف های هرز نیز در کشاورزی ارگانیک به صورت دستی و یا مکانیک صورت می گیرد و استفاده از علف کش ها در این سیستم تولید به هیچ عنوان مجاز نمی باشد.
باید دقت داشت این اصول تنها برخی از اصول کشاورزی ارگانیک هستند و راه اندازی یک مزرعه ارگانیک دارای قواعد و قوانین خاص خود است. بسیاری از این اصول در کتابچه استاندارد ارگانیک ایران ذکر شده است . همچنین ارایه محصول با نام ارگانیک در بازار نیز نیاز به مجوزها و تاییدیه های خاص خود دارد و نمی توان هر محصولی را به عنوان ارگانیک مطرح کرد.
