امام خمینی(ره) در کتاب جهاد با نفس خود با تاکید بر تهذیب نفس و تزکیه آورده اند:
آنان كه دين سازي كرده، باعث گمراهي و انحراف جمعيت انبوهي شده اند، بيشترشان اهل علم بوده اند؛ بعضي از آنان در مراكز علم تحصيل كرده رياضت ها كشيده اند.
رئيس يكي از فرق باطله در همين حوزه هاي ما تحصيل كرده است ليكن چون تحصيلاتش با تهذيب و تزكيه توام نبوده، در راه خدا قدم برنمي داشته، خباثت را از خود دور نساخته بود، آن همه رسوايي به بار آورده است اگر انسان خباثت را از نهادش بيرون نكند، هرچه درس بخواند و تحصيل نمايد نه تنها فايده اي برآنمترتب نمي شود؛ بلكه ضررها دارد.
علم وقتي در اين مركز خبيث وارد شد، شاخ و برگ خبيث به بر آورده، شجربه خبيثه مي شود هرچه اين مفاهيم در قلب سياه و غير مهذب انباشته گردد، حجاب زيادتر مي شود. در نفسي كه مهذب نشده، علم، حجاب ظلماني است. العلم هو الحجاب الاكبر لذا شرعالم فاسد براي اسلام از همه شرور خطرناكتر و بيشتر است.
علم، نور است؛ ولي در دل سياه و قلب فاسد دامنه ظلمت و سياهي را گسترده تر مي سازد علمي كه انسان را به خدا نزديك مي كند، در نفس دنيا طلب، باعث دوري بيشتر از درگاه ذي الجلال مي گردد علم توحيد هم اگر براي غير خدا با شد ما سو الله حفظ باشد و بخواند، جز حجاب و دوري از حق تعالي چيزي عايد او نمي شود. اگر شما درس بخوانيد، زحمت بكشيد، ممكن است عالم شويد؛ ولي بايد بدانيد كه ميان «عالم» و «مهذب» خيلي فاصله است.
مرحوم شيخ، استاد ما رضوان الله تعالي عليه مي فرمود اينكه مي گويند ملا شدن چه آسان، آدم شدن چه مشكل صحيح نيست بايد گفت: ملا شدن چه مشكل! آدم شدن محال است!
كسب فضايل و مكارم انساني و موازين آدميت از تكاليف بسيار مشكل و بزرگي است كه به دوش شماست. گمان نكنيد اكنون كه مشغول تحصلي علوم شرعيه مي باشيد و فقه كه اشرف علوم است مي آموزيد، ديگرراحتيد، و به وظايف وتكايف خود عمل كرده ايد؛ اگر اخلاص و قصد قربت نباشد، اين علوم هيچ فايده اي ندارد اگر تحصيلات شما العياذبالله براي خدا نباشد و باري هواهاي نفسانيه، كسب مقام و مسند، عنوان و شخصيت در اين راه قدم گذاشته باشيد، براي خود وزر و وبال اندوخته ايد. اين اصطلاحات اگر براي غير خدا باشد، وزر و وبال است. اين اصطلاحات هرچه زيادتر شود، اگر با تهذيب و تقوا همراه نباشد، به ضرر دنيا و آخرت جامعه مسلمين تمام مي شود.
تنها دانستن اين اصطلاحات اثري ندارد علم توحيد هم اگر با صفاي نفس توام نباشد، وبال خواهد بود. چه بسا افرادي كه عالم به علم توحيد بودند و طوايفي را منحرف كردند چه بسار افرادي كه همين اطلاعات شما را به نحو بهتري دارد بودند؛ ليكن چون انحراف داشتند و اصلاح نشده بودند وقتي وارد جامعه گرديدند بسياري را گمراه و منحرف ساختند اين اصطلاحات خشك اگر بدون تقوا و تهذيب نفس باشد هرچه بيشتر در ذهن انباشه گردد، كبر ونخوت در دايره نفس بيشتر توسعه مي يابد و عالم تيره بختي كه باد نخوت در دايره نفس بيشتر توسعه مي يابد؛ و عالم تيره بختي كه باد نخوت بر او چيره شده، نمي تواند خود و جامعه را اصلاح نمايد، و جز زيان براي اسلام و مسلمين نتيجه اي به بار نمي آورد.
و پس از سالها تحصيل علوم و صرف وجوه شرعي، برخورداري از حقوق و مزاياي اسلامي، سد راه پيشرفت اسلام و مسلمين مي گردد و ملت ها را گمراه و منحرف مي سازد؛ و ثمره اين درسها و بحث ها و بودن در حوزه ها اين مي شود كه نگذارد اسلام معرفي گردد، حقيقت قرآن به دنيا عرضه شود، بلكه وجود او ممكن است مانع معرفت جامعه نسبتبه اسلام و روحانيت گردد. من نمي گويم درس نخوانيد، تحصيل نكنيد، بايد توجه داشته باشيد كه اگر بخواهيد عضو مفيد و مثري براي اسلام و جامعه باشيد، ملتي را رهبري كرده به اسلام متوجه سازيد، از اساس اسلام دفاع كنيد، لازم است پايه فقاهت را تحكيم كرده صاحبنظر باشيد.
اگر خداي نخواسته درس نخوانيد حرام است در مدرسه بمانيد؛ نمي توانيد از حقوق شرعي محصلين علوم اسلامي استفاده كنيد؛ البته تحصيل علم لازم است؛ منتها خود نيز كوشش كنيد هر قدمي كه براي تحصيل علم بر مي داريد، قدمي هم براي كوبيدن خواسته هاي نفساني، تقويت قواي روحاني، كسب مكارم اخلاق، تحصيل معنويات و تقوا برداريد. تحصيل اين علوم در واقع مقدمه تهذيب نفس و تحصيل فضايل، آداب و معارف الهيه مي باشد.
تا پايان عمر در مقدمه نمانيد كه نتيجه را رها سازيد. شما به منظور هدفي عالي و مقدس، كه عبارت از خدا شناسي و تهذيب نفس مي باشد، اين علوم را فرا مي گيريد، و بايد در صدد به دست آوردن ثمره و نتيجه كار خود باشيد؛ براي رسيدن به مقصود اصلي و اساسي خود جديت كنيد