یکی از سوالات متداول در سنتز پرایمر این است که چرا زمان ثبت سفارش OD پرایمر به صورت یک دامنه مثلا 3-5 گفته شده و مقادیر پرایمر دریافتی از هر سفارش با دیگری تفاوت دارد.
جواب این سوال در بازده فرایند سنتز پرایمر در شرکت تولید کننده است.
وقتی سنتز پرایمر انجام میشود، این سنتز بر اساس ظرفیت مشخصی از بستر جامد انجام خواهد شد. به عبارتی شما بر اساس میزان پرایمر مورد نیاز خود بستر ثابت که باز اول به آن متصل شده در محیط واکنش قرار میدهید. اگر 40 nmole پرایمر نیاز داشته باشید، 40 nmoles از باز اول به محیط واکنش خود اضافه میکنید. اما همه این بازهای اول به پرایمر نهایی منجر نمیشوند. به همین علت سنتز 40 نانومول پرایمر همیشه کمتر از 40 نانومول است.
حذف پرایمرها ممکن است در مرحله سنتز، پروسس بعد از سنتز، انتقال مواد و یا کنترل کیفی باشد.
به همین علت میزان محصول نهایی به صورت رنجی از OD260 ارائه میشود. به عنوان مثال، همانطور که در فرم ثبت سفارش پرایمر در وب سایت آناسل مشخص شده، در صورت سفارش پرایمر با غلظت 2 نانومول، میزان OD260 قابل تحویل به شما از 3 تا 5 خواهد بود. به عبارتی شرکت آناسل ارائه OD بالاتر از 3 را برای شما تضمین خواهد نمود.
بازده در مرحله سنتز پرایمر
در سنتز پرایمر هر نوکلئوتید به انتهای آزاد نوکلئوتید آخری که به زنجیره در حال رشد متصل است، متصل میشود. اگر بازده این سنتز 100 درصد باشد، تمامی انتها های آزاد فعال که منتظر دریافت نوکلئوتید هستند با نوکلئوتید جدید امتداد پیدا میکنند. اما به ندرت واکنش شیمیایی ای مشاهده میشود که بازده 100 درصد داشته باشد.
بازده استاندارد Coupling efficiency در سنتز پرایمر در مقیاس صنعتی، چیزی در حدود 98.5 درصد است و ماکزیمم Coupling efficiency قابل دست یابی در سنتز پرایمر 99 درصد است. این به این معنی است که در هر چرخه یا اضافه شدن هر نوکلئوتید، 1 درصد از میزان محصول نهایی ما کاسته خواهد شد.
میزان Coupling efficiency به کیفیت مواد اولیه ( آمیدیت ها و محلول ها ) ، دستگاه سنتز پرایمر و پروتکل های مورد استفاده برای سنتز پرایمر وابسته است.
به همین علت یکی از اولویت‌های شرکت آناسل، پیدا کردن شرکتی است که بتواند بالاترین Coupling efficiency را در سنتز پرایمر داشته باشد و شرکت متابیون آلمان یکی از شرکتهایی است که در صنعت پرایمر توانسته، از ماکزیمم میزان Coupling efficiency قابل دست یابی نیز بالاتر رفته و به Coupling efficiency برابر 99,7% دست پیدا کند.
به همین علت در صورت سفارش سنتز پرایمر از شرکت آنا سلول طب، بالاترین میزان ممکن پرایمر را دریافت خواهید نمود که عموما میزان OD نزدیک به حداکثر میزان ممکن است.
