میرزا یوسف فرزند میرزا حسن آشتیانی، از معتبرترین و محترم‌ترین رجال عصر ناصری در سال 1227ق در آشتیان بدنیا آمده بود. خاندان وی از مستوفیان عظام بودند و پدربزرگ وی از دوران کریمخان زند منصب استیفای کل را به عهده داشت. میرزا یوسف برادر همسر میرزا ابوالقاسم قائم مقام فراهانی بود و در جوانی، در تبریز و در دستگاه قائم مقام حضور داشت. با فوت میرزا حسن مستوفی الممالک در سال 1261ق، محمدشاه این منصب و لقب را به میرزا یوسف اعطاء کرد. با رسیدن ناصرالدین شاه به سلطنت و صدارت میرزا تقی خان امیرنظام، میرزا یوسف مستوفی الممالک در مقام خود باقی ماند و مورد توجه و تفقد شخص امیرنظام بود. اما با آغاز صدارت میرزا آقاخان نوری اعتمادالدوله، رقابت بین وی و میرزا یوسف مستوفی الممالک بالا گرفت. سرانجام میرزا آقاخان برنده این نبرد بود و میرزا یوسف ضمن استعفاء از منصبش، راهی آشتیان شده و کنج عزلت برگزید.
پس از عزل میرزا آقاخان از صدارت، مستوفی الممالک به تهران فراخوانده شد و مجدداً به منصب استیفای کل منصوب شد و در سال 1276ق به عضویت مجلس شورای دولتی درآمد. در سال 1283ق که ناصرالدین شاه عازم سفر خراسان گردید و کامران میرزای نوجوان را به عنوان نایب السلطنه معرفی کرده بود، اداره امور تهران را به میرزا یوسف مستوفی الممالک سپرد. این اتفاق یک بار دیگر در سال 1286ق و هنگام سفر عتبات ناصرالدین شاه اتفاق افتاد و بار دیگر کامران میرزا اسماً و میرزا یوسف مستوفی الممالک رسماً در غیاب شاه مسئول اداره امور مملکت بودند.
در سال 1288ق و با رسیدن میرزا حسین خان سپهسالار به صدارت، میرزا یوسف مستوفی الممالک یک بار دیگر از مناصب خود کناره گرفت و مجدداً راهی آشتیان شد. اما عداوت و دشمنی با سپهسالار را فراموش نکرده و در ماجرای عزل سپهسالار در هنگام بازگشت ناصرالدین شاه از سفر اول فرنگ، یکی از عاملین اصلی بود. پس از عزل سپهسالار، میرزا یوسف مستوفی الممالک به تهران بازگشت و کار خود را از سر گرفت و وزارت داخله، ریاست کل دفاتر و محاسبات، ریاست خزانه، ریاست دارالشوری، حکومت تهران و خالصجات به وی سپرده شد. در سال 1291ق ناصرالدین شاه امور مملکتی را به دو بخش تقسیم نمود؛ امور داخله و مالیه با مستوفی الممالک و امور خارجه و وزارت جنگ با میرزا حسین خان سپهسالار. بدین ترتیب میرزا یوسف مستوفی الممالک رسماً وزیر اعظم ایران شد.
ناصرالدین شاه در سال 1295ق و هنگام سفر دوم اروپا، یک بار دیگر مستوفی الممالک را در غیاب خود مسئول امور مملکت کرد و پس از بازگشت، این بار کارها را میان سه نفر تقسیم کرد؛ کامران میرزا نایب السلطنه، میرزا حسین خان سپهسالار و میرزا یوسف مستوفی الممالک.
میرزا یوسف مستوفی الممالک بسیار مورد توجه و احترام ناصرالدین شاه بود. شاه در تمام نامه‌ها و فرامین رسمی، صدراعظم‌ها را با عنوان «جناب» خطاب می‌کرد، اما از سال‌ها پیش برای میرزا یوسف از خطاب «جناب آقا» استفاده می‌کرد و به همین سبب مستوفی الممالک در میان تمام مردم به جناب آقا معروف گردیده بود. همچنین در سال 1299ق به درخواست وی منصب مستوفی الممالکی به فرزند 7 ساله وی میرزا حسن‌خان تفویض گردید.
با عزل میرزا حسین خان سپهسالار در سال 1297ق، اگرچه تمام امور مملکت و ریاست وزرا در اختیار میرزا یوسف مستوفی الممالک بود و عملاً صدراعظم به شمار می‌رفت و شاه نیز تمایل داشت که وی را بدین سمت منصوب نماید، اما وی از قبول این عنوان خودداری می‌کرد. در نهایت در سال 1301ق این منصب را پذیرفت و طبق فرمان ناصرالدین شاه، تمام امور کشوری و لشکری در ید قدرت مستوفی الممالک قرار گرفت. ناصرالدین شاه تاکید کرد که هیچکس جز خطاب صدراعظم، لقب دیگری برای میرزا یوسف به کار نبرد و تمامی نامه‌ها و عریضه‌های خطاب به شاه، ابتدا به نظر صدراعظم برسد. همچنین بیان داشت که پس از میرزا تقی خان امیرنظام و میرزا آقاخان اعتمادالدوله، میرزا یوسف تنها صدراعظم واقعی اوست.
اما عمر صدارت میرزا یوسف مستوفی الممالک چندان دراز نبود و وی در ماه رجب 1303ق درگذشت و به حکم شاه، منصب استیفاء همچنان در اختیار میرزا حسن خان مستوفی الممالک 12 ساله باقی ماند و میرزا هدایت الله وزیر دفتر پیشکار وی گردید.
میرزا یوسف توجه و اهتمام ویژه‌ای به آبادی ده‌ها و املاک خود داشت و محلات کنونی تهران از جمله حسن آباد، بهجت آباد، یوسف آباد و ونک از جمله یادگارهای او هستند.
