بذر قارچ همان ریشه پرورش یافته بر روی دانه غلات است . البته الزاما بر روی دانه غلات بذر قارچ رشد نمی یابد بلکه بر روی خاک اره یا پیم های چوبی و یا حتی در محیطی مایع نیز می توان بذر قارچ را آماده کرد. البته بهترین روش در دنیا بر روی دانه غلات چون چاودار، گندم و یا ذرت است. که درایران بر روی دانه گندم آماده سازی بذر قارچ انجام می شود. کیفیت بذر پایه و اساس موفقیت در تولید قارچ خوراکی است. چنانچه بذر یا اسپان فاقد کیفیت مطلوب باشد، اگر سایر شرایط نیز کاملاً مهیا باشد موفقیتی در کشت قارچ حاصل نخواهد شد.