۱- در روش فایل پردازی داده ها از هم مجزا می باشند.
۲- محیط ذخیره سازی نامجتمع است (تعدادی سیستم جداگانه و محیط ذخیره سازی جداگانه)
۳- برنامه های کاربردی وابسته به قالب فایل می باشند.
۴- عدم ناسازگاری در داده و فایل ها دیده می شود.
۵- اشتراکی نبودن داده ها: داده های زیر محیط ۱ مورد استفاده کاربران زیر محیط ۲ نمی توانند قرار گیرند.
۶- اطلاعات تکراری و افزونگی در داده ها وجود دارد.
۷- عدم امکان استانداردهای واحد محیط عملیاتی بدلیل وجود سیستم های متعدد و پراکنده که احیاناَ توسط تیم های مختلف طراحی و پیاده سازی شده است امکان اعمال یکسری از عملیات منسجم روی آن سیستم وجود ندارد.
۸- مصرف غیر بهینه از امکانات سخت افزاری و نرم افزاری و حجم زیاد برنامه سازی و استفاده غیر بهینه از وقت تیم های برنامه سازی.
