از آن زمان که «هنری هشتم» هرگونه ارتباط با رم مقدس را قطع کرد، گسترش مذهب کاتولیک در انگلستان، تبدیل به جرمی شد که مجازاتش مرگ بود. البته این جرم زمانی که «ماری اول»، دختر «کاترین آراگون» و هنری هشتم به سلطنت رسید، تقریباً نادیده گرفته می‌شد. ولی پس از مرگ او با قدرت گرفتن «الیزابت اول»، بار دیگر پروتستان به عنوان مذهب رسمی کشور تعیین شد.
در ابتدای این دوران همه چیز آرام بود و کسی با کاتولیک‌ها کاری نداشت، ولی وقتی پاپ در نامه‌ای الیزابت را «غاصب» نامید، او احساس خطر کرد و کسانی را که کاتولیک بودند، خائن به تاج و تخت دانست. بعد از این بود که بار دیگر کاتولیک بودن برابر شد با دشمنی علنی با الیزابت.
با این حال شواهدی وجود دارد که شکسپیر، یک کاتولیک مخفی بوده است. در خانه قدیمی شکسپیرها، نوشته‌ای با امضای جان شکسپیر یافت شده که او به کاتولیک مخفی بودن خود اعتراف کرده است. جالب‌تر این که مادر شکسپیر، ماری هم یک کاتولیک دوآتشه بوده است. همین طور چهار نفر از شش استاد دوران مدرسه‌ی ویلیام، کاتولیک مذهب بودند و حتی یکی از آن‌ها، بعدها به فرقه‌ی «یسوعی» ها پیوست و کشیش شد.
این نظریه که ویلیام در خانواده‌ای کاتولیک مشغول به کار بوده و برای عبادت به ایتالیا رفته، از این ایده نتیجه می‌شود که او (از نظر پروتستان‌های انگلیسی) یک مرتد و کاتولیک مخفی بوده است.
بسیاری بر این باورند که نوشته‌های شکسپیر رمزآلودند؛ برای مثال وقتی به کلمات «متعالی» (high) و «روشنایی» (light) اشاره می‌کند. منظورش کاتولیک‌هاست و هر وقت کلمات «پست» (low) و «سیاهی» (dark) را به کار می‌برد، پروتستان‌ها را مدنظر دارد.
