فلاسفه اسلامی خیر را در مقابل شر، اشتیاق و میل انسانها به انتخاب و برگزیدن برترین چیزی می دانند که به واسطه آن، وجودش کامل می شود. اما از دیدگاه محققان علوم اجتماعی به اوج رساندن مشارکت مردمی و مسابقه خیرخواهی لازمه کمال انسانها و شاخص الگوی پیشرفت جوامع متمدن می باشد.
با توجه به اینکه خیریه ها مهم ترین نهاد متولی امور خیر و خیرخواهی در کشور هستند به چند چالش جدی در این زمینه اشاره می شود.
الف) لزوما واژه خیر و خیرخواهی مترادف مفهوم خیریه نیست. چون خیر و خیرخواهی امری ایجابی و فراتر از یک کسب و کار غیر انتفاعی برای تکامل و پیشرفت است و تنها محدود به کمک کردن و تامین نیازهای افراد نیازمند بحساب نمی آید. از این منظر ارباب و رجوع خیریه ها به دو دسته دارا و ندار، سالم و معلول و.... تقسیم نمی شوند. چون یک طرف پیوستار خیرخواهی، دگرخواهی، گذشت و سوی دیگر ارزش و منافع اجتماعی است.
به عنوان مثال حضرت علی(ع) در نامه به مالک اشتر خیرخواهی را معیار انتخاب فرمانده لشکر و مغایر با دامنه معنایی و عرف جاری قید می فرمایند.
از میان لشکریانت، کسی را به فرماندهی لشکر بگمار که خیر خواه ترین آن ها برای خدا، پیامبر و پیشوایانش باشد.
ب) اگر مبانی و چهارچوب نظری ایجاد خیریه ها تنها مبتنی بر نظریه تامین نیازهای انسان باشد، شخصیت و کرامت انسان متاثر از تقاضا و درخواست افراد نیازمند تا حد ناتوانی و نقص انسان کاهش می یابد. از این منظر موفقیت و کارآیی خیریه افزایش کمیت هدایا و کمکها بجای تقویت ارزشهای انسانی حتی از راههای غیر اخلاقی می باشد. در این حالت خیریه ها بجای فقر، فقیر و بجای پیشرفت، حفظ وضع موجود را در نظر می گیرند.
ج) از دیگر چالشهای موسسات خیریه واگذاری امور به کارمندان و دغدغه توزیع گرایی بجای واسطه گرایی میان دهنده و گیرنده کمک و خدمت می باشد. در این حالت اعتماد مردم و ترویج فرهنگ خیر و خیرخواهی و تقویت میل به کار خیر بدلیل عدم ارتباط مستقیم و نزدیک میان بانیان خیر و افراد نیازمند با کندی و لطمه روبرو خواهد شد. اگرچه دیگر با عدم روابط عمیق انسان دوستانه، احساسات خیرین جریحه دار نمی شود ولی متاسفانه علیرغم رفع نیاز، ارزش مفهوم نیکوکاری تا حد یک معامله بی حاصل کاهش می یابد.