سلام.
راه حلی برای عدم ارسال تغییرات permission در فایل ها توسط git دیدم که خوبه این جا بنویسم تا بمونه.برای اعمال در پروژه محلی
git config core.fileMode false
برای اعمال کلی روی همه پروژه ها
git config --add --global core.filemode false
