بی‌شک شریعتی از پیچیده‌ترین موضوعات تاریخ انقلاب اسلامی است که قضاوت در مورد آن بسیار مشکل است و این مشکل ریشه در پیچیدگی شخصیت شریعتی دارد. شریعتی روح عصیان‌گر نسلی بود که از بود‌ها خسته و به دنبال بایدها می‌گشت؛ نسلی که از ماتریالیسم بریده شده بود و به دنبال متافیزیکی می‌گشت که روحش را آرام کند؛ نسلی که مارکسیسم را در حزب توده و گروه‌های چپ‌گرا تجربه کرده بود و از همه ناامید به دنبال اسلامی می‌گشت که انقلابی بودن خود را هم حفظ کند؛ نسلی که از لیبرالیسم و غرب سخت سرخورده شده بود و از سنت سخت وحشت داشت و به دنبال اسلامی نو می‌گشت تا هم پاسخی به ندای درونش باشد و هم به نیاز برونش. شخصیت، گفتار و اعمال شریعتی مجموعه‌ای از اضداد بود که اگر کنهش وارسی نشود، هم می‌شود او را متجدد غرب‌گرا دانست و هم مسلمان سنت‌گرایش خواند، هم می‌شود در اثبات سنی بودنش دلیل آورد و هم در تعصب شیعی‌اش استدلال کرد.
در کلامش ده‌ها دلیل بر ضدیتش با روحانیت یافت می‌شد و ده‌ها دلیل به هواداریش از روحانیت و... به همین خاطر بود که آیت‌الله بهشتی وی را «یک جستجوگر در مسیر شدن» می‌دانست. او دکتر را چنین توصیف می‌کرد: «دکتر از دید من، از اندیشه‌های آمیخته به مکتب‌های اروپایی و نو، یا عرفان ایران زمین و هند یا آمیزه‌های دیگر همواره به سوی شناخت اسلام زنده‌ی سازنده‌ی پیش برندۀ خالص‌تر حرکت می‌کرد» و به عبارتی دیگر «دکتر همواره رو به اصالت اسلامی پیش می‌رفت.»
شریعتی، در آثار و سخنان خود، رویکردها و آرای مختلفی داشته است؛ با این حال، عبدالحسین خسروپناه، دغدغه اصلی شریعتی را ابهام‌زدایی از معرفت دینی و کتاب و سنت دانسته است. برخی از موضوعات مورد توجه شریعتی و نظرات او عبارتند از:
علی شریعتی در سال‌های ۱۳۴۵-۱۳۴۶ شمسی، درس‌هایی با عنوان اسلام‌شناسی را در دانشگاه مشهد ارائه می‌کرد که بیشتر به زندگی پیامبر اسلام و برخی از اصحاب وی می‌پرداخت. او در سال‌های ۱۳۵۰-۱۳۵۱ش هم سلسله‌سخنرانی‌هایی با عنوان اسلام‌شناسی در حسینیه ارشاد تهران داشت که در آن، دیدگاه‌های محوری خود درباره اسلام را تبیین کرد.
اسلام در نظر شریعتی، نه فقط وجوه فرهنگی آن و نه مجموعه علوم اسلامی از قبیل کلام، فقه و فلسفه است، بلکه به باور او، رسالت اصلی دین، آزادی، برابری، نجات توده‌ها و عزت‌بخشیدن به مستضعفان است. به نظر شریعتی، «مهمترین رویداد و درخشان‌ترین موقعیتی» که در روزگار او به دست آمده، تبدیل اسلام از فرهنگ به ایدئولوژی بوده است. شریعتی، بازگشت به اسلام به عنوان یک ایدئولوژی را آرزوی خود دانسته و خود را در جستجوی آن دانسته و اسلام ایدئولوژیک را تجدید تولد روحی و یک رنسانس فکری معرفی کرده، نه بازگشت به گذشته. ایدئولوژی، از نظر شریعتی، بینش، آگاهی ویژه و عقیده‌ای است که جهت اجتماعی، شکل زندگی و وضع ایده‌آل فرد، جامعه و حیات بشری را تفسیر می‌کند و راه طی کردن فاصله میان وضع موجود و وضع مطلوب را نشان می‌دهد. به باور برخی محققان، ایدئولوژیک کردن دین، یکی از مهمترین دستاوردهای علی شریعتی بوده که نقش مهمی در پیروزی انقلاب اسلامی ایران داشته و بسیاری از احزاب و گروه‌های سیاسی، حتی پس از پیروزی انقلاب هم تحت تاثیر اندیشه‌های او بوده‌اند.
به باور شریعتی، روشنفکر باید به ایجاد یک پروتستانتیسم اسلامی بپردازد تا بتواند فورانی از اندیشه و حرکت تازه به جامعه ببخشد. او به پروتستانتیسم مسیحی اشاره می‌کرد که به گفته او، اروپای قرون وسطی را منفجر کرد و همه عواملی که اندیشه و سرنوشت جامعه را به نام دین متوقف کرده بود، از میان برداشت. شریعتی منتقد برداشتی از اسلام بود که به گفته او، «به ما تحرک نمی‌بخشد، بلکه به ما سکوت و سکون و قناعت می‌دهد و همه امیدها را به بعد از مرگ موکول می‌کند.»
پروتستانتیسم اسلامی در نظر شریعتی، اصلاح مذهب از طریق مبارزه با خرافات، جمود و تعصب‌های کور است و نفی مطلق آن دسته از مفاهیم اسلامی و دینی که در توجیه نظام طبقاتی و استبدادی کاربرد دارند؛ به عبارت دیگر، بازگرداندن دین به سرچشمه اصلی و ایجاد نهضت و تحول فکری، اجتماعی و علمی، بر اساس قرآن و سنت.
احمد نقیب‌زاده، استاد دانشگاه تهران، معتقد است شریعتی می‌خواست مارتین لوتر ایران باشد تا نوعی مذهب پروتستان ایجاد کند و همانطور که لوتر در مقابل کلیسا ایستاد، او نیز می‌خواست در مقابل روحانیت بایستد. نقیب‌زاده معتقد است شریعتی در این راه شکست خورد.
علی شریعتی، در سخنرانی‌ها و آثار خود، روشنفکران را انسان‌های آگاه و متعهد خوانده و بارها بر رسالت آنان تاکید کرده و وظایف متعددی برای آنها برشمرده است:
ارتباط مستقیم با جامعه: به گفته شریعتی، روشنفکر نباید تنها بر نظریات و فرضیات علمی متکی باشد، بلکه باید جامعه خود را مستقیم بشناسد، با تاریخ آن آشنا باشد و با اجتماع مردم در تماس مستقیم باشد.
آگاهی از جامعه، مذهب و فرهنگ اسلامی: به باور شریعتی، روشنفکر باید مواد و مصالح کارش را از جامعه و زمانه خود کسب کند و مخالفت روشنفکر با مذهب را موجب دور ماندن جامعه از آگاهی تلقی می‌کند. شریعتی با اتکا به آیه چهارم سوره ابراهیم، معتقد است کسی که بیداری و هدایت مردم را تعهد کرده، باید با زبان آنان سخن بگوید. او برای روشنفکران، نقش هدایت و رهبری قائل است و تاکید می‌کند که آشنایی با زبان مردم، یعنی آشنایی با فرهنگ، حساسیت‌ها، رنج‌ها، آرزوها و جوّ فکری و اجتماعی؛ نه فقط ارادت ورزیدن به مردم و تعیین تکلیف برای آنها.
از نظر شریعتی، روشنفکر باید اسلام را مکتبی بداند که انسان و فرد و جامعه را احیا می‌کند و رسالت رهبری آینده بشریت را به عهده دارد. روشنفکر وظیفه دارد در جامعه‌ای که دچار جمود و انحطاط شده، به جامعه آگاهی بدهد و آن را بیدار کند.
شریعتی، حیاتی‌ترین رسالت روشنفکران کشورهای اسلامی را بازگشت به خویشتن و بازیافتن شخصیت خویش می‌دانست. به باور او، برای بازگشت به خویشتن، باید به قرآن، سیره پیامبر (ص) و اصحاب، و شخصیت امام علی (ع) و سخنان او، تاریخ اسلام و فرهنگ غنی آن رجوع کرد.
علی شریعتی، تشیع را حقیقت نخستین اسلام می‌داند و معتقد است تشیع علی (ع)، بر دو پایه امامت و عدالت استوار است. مذهب شیعه در نظر شریعتی، یک حزب کامل است که علاوه بر جهان‌بینی، جهتگیری‌های سیاسی و اقتصادی دارد و دارای پشتوانه ۲۵۰ ساله مبارزه امامان شیعه است. به باور او، تا ظهور دولت صفویه، تشیع رویکردی ضد ظلم داشته و عالمان، مجاهدان، واعظان، شاعران و مداحان شیعه، با تکیه بر اسلام اهل بیت، از آن پاسداری کرده‌اند. شریعتی معتقد است با ظهور صفویه، تشیع سرخ (انقلابی) به تشیع سیاه تبدیل شد و مذهب شهادت، تبدیل به مذهب عزا شد.
شریعتی، عزاداری و سوگواری در مذهب شیعه را یک سنت مترقی و انقلابی در عصر اختناق حاکمان ظالم توصیف می‌کند و آن را پرورش‌دهنده ایمان می‌داند. با این حال از برخی تاثیرپذیری‌های عزاداری شیعیان از مسیحیت، انتقاد می‌کند. و به دنبال خرافه‌زدایی از دین است. او همچنین محدود کردن دایره امر به معروف و نهی از منکر را به مسائل فردی، مورد انتقاد قرار می‌دهد. رویکرد شریعتی به مفاهیم و آموزه‌های شیعی، مبتنی بر اسلام و تشیع انقلابی، و همچنین در بافت دنیوی کردن دین و اجرای پروتستانتیسم اسلامی دانسته شده است. برخی از این نظرات عبارتند از:
به باور شریعتی، امت و امامت تنها یک مقوله اعتقادی نیست، بلکه برجسته‌ترین ویژگی آن، وجه اجتماعی آن است؛ چرا که امت در پرتو هدایت امام، حرکت و جهت حرکت خود را تشخیص می‌دهد. او امام را یک انسان مافوق می‌داند، نه یک مافوق انسان. امت به باور او، جامعه‌ای انسانی است که همه افراد هدفی مشترک دارند و بر اساس یک رهبری مشترک به سوی ایده‌آل خود حرکت می‌کنند و نه‌تنها در فکر و عقیده و مذهب اشتراک دارند، بلکه در عمل هم همراه یکدیگرند.امامت در آثار شریعتی، یک نظام انقلابی محدود (از نظر زمانی) و با هدف انتقال یک جامعه جاهلی عقب‌مانده به جامعه‌ای دارای رشد فرهنگی، اعتقادی و سیاسی است. بر اساس نظریات شریعتی، جامعه پس از دوازده امام، به مرحله‌ای می‌رسد که احتیاجی به امام سیزدهم و چهاردهم ندارد و می‌تواند بر اساس بیعت، دموکراسی و شورا، رشد پیدا کند.
عبدالحسین خسروپناه، معتقد است شریعتی، وجوه الهی و ولایت تکوینی مقام امامت را کنار گذاشته و امامت را به یک رژیم سیاسی فروکاسته است. خسروپناه همچنین به انکارهمیشگی بودن امامت و محدود شدن آن به دوازده امام در تفکر شریعتی انتقاد می‌کند و یادآوری می‌کند که امامت، نظامی همیشگی است که حتی بعد از شهادت امام زمان هم با بازگشت دیگر امامان، ادامه می‌یابد. به باور خسروپناه، نظریه شریعتی در باب امامت، به حذف ساحت‌های مختلف اسلام و اتکای صرف به وجوه انقلابی آن می‌انجامد.
به باور شریعتی، تشیع، اعتراض علیه انحراف از اسلام حقیقی بوده است و خود تشیع هم دچار سرنوشتی شده که همه مذاهب در طول تاریخ به آن گرفتار شده‌اند و در کنار تشیع حقیقی علوی که اسلام راستین است، تشیعی دروغین به وجود آمده که آن را «تشیع صفوی» می‌خواند. تشیع علوی از نظر شریعتی، بر عدالت و ولایت و امامت امام علی (ع) متکی بود و خصومت آشتی‌ناپذیر با قدرت‌طلبی و ظلم داشت و به دنبال دفاع از طبقات ظلوم و ملت‌های محروم بوده است، اما تشیع صفوی، همراه و همکار سلاطین و پادشاهان بوده است.شریعتی، تشیع صفوی را زاییده دولت صفویه نمی‌داند و به باور او، تشیع صفوی همراه با تشیع علوی به وجود آمد، اما در دولت صفویه، رسمیت یافت. شریعتی، معتقد است که تشیع صفوی، با تبدیل مذهب تشیع به یک مذهب دولتی، آن را به یک نهاد و وسیله بردگی سیاسی کرده و از هدف اولیه‌اش که جستجوی عدالت و انجام وظایف مقدس است دور ساخته است.
شریعتی اینگونه نظرات خود را در کتاب تشیع علوی و تشیع صفوی آورده است. نظریه تشیع علوی و تشیع صفوی، به باور برخی محققان از جمله رسول جعفریان، منشأ ایجاد گروه فرقان (عامل ترور مرتضی مطهری) بوده است.
شریعتی در آثار خود، مواجهه‌های متفاوتی با روحانیت دارد؛ گاه به مخالفت شدید با آنان می‌پردازد و گاه با آنان همراهی می‌کند. برخی محققان معتقدند مخالفت شریعتی با روحانیت، نه زاییده احساسات و نگاه طبقاتی، و نه از باب مخالفت با اسلام و تشیع، بلکه ناشی از اعتقاد او به اسلام انقلابی است. شریعتی در کتاب «با مخاطب‌های آشنا» که حاوی نامه‌های او به افراد مختلف است، از اسلام منهای روحانیت سخن می‌گوید و بر این باور است که با مرگ روحانیت رسمی، اسلام نخواهد مرد. عبدالحسین خسروپناه، در کتاب آسیب‌شناسی دین‌پژوهی معاصر، این رویکرد شریعتی را عامل روحانیت‌ستیزی گروه فرقان و ترور چهره‌های روحانی مانند مرتضی مطهری و محمد مفتح دانسته است.به باور شریعتی، علمای شیعه در طول تاریخ اسلام برخلاف علمای اهل سنت، همواره در میان مردم بوده‌اند و از نزدیک شدن به قدرتمندان پرهیز داشته‌اند، اما در دوران صفویه، در کنار حکومت قرار گرفته‌اند و تشیعی که همواره بر ضد وضع موجود بوده را تبدیل به تشیع همراه با وضع موجود کرده‌اند.
یکی از گلایه‌های شریعتی خطاب به روحانیت، این است که همه نبوغ و استعدادهای درون حوزه‌های علمیه، صرف فلسفه و کلام و فقه و اصول شده و رسالت حرف زدن با مردم و ابلاغ حقایق مذهبی و شناساندن سنت پیامبر و حکمت انقلاب کربلا، غالبا به افراد متفرقه‌ای واگذار شده که استعداد مجتهد شدن نداشته‌اند.
چنانکه شریعتی در کتاب «با مخاطب‌های آشنا» آورده است، مخالفت او با روحانیت را می‌توان مخالفت با عملکرد تقیه‌گونه در برابر حاکمان، و ریاکاری در برابر عوام دانست. او گرچه به ستایش سید جمال الدین اسدآبادی، میرزای شیرازی، سید حسن مدرس، میرزا کوچک خان جنگلی، شیخ محمد خیابانی، سید محمود طالقانی و بالاخره آیت الله خمینی می‌پردازد، اما آنان را زاییده روح حاکم بر حوزه علمیه نمی‌داند.
رسول جعفریان، رابطه شریعتی با روحانیت شیعه را ناشی از باور او به مفهوم تشیع علوی و تشیع صفوی می‌داند و معتقد است پایبندی شریعتی به این دوگانه مفهومی، باعث بدبین شدن شریعتی به روحانیت در زمان خود شده است. شریعتی گرچه از مرحوم کاشف الغطاء، آیت الله بروجردی و امام خمینی تجلیل کرده، در مقابل، چهره‌هایی مانند علامه مجلسی و آیت الله میلانی را مورد انتقاد قرار می‌دهد و عباراتی درباره آنها به کار می‌برد که از سوی محققان، تند و ناروا دانسته شده و برخی منابع، از او نقل کرده‌اند که برخورد تند خود درباره علامه مجلسی را پذیرفته است.
