تشخیص کمبود فسفر می‌تواند چندین فرم داشته باشد. روش تشخیص اولیه، بازرسی بصری گیاهان است. برگ‌های سبز تیره‌تر و رنگ‌دانه ارغوانی یا قرمز می‌توانند حاکی از کمبود فسفر باشد. با این وجود، این روش می‌تواند یک تشخیص نامشخص باشد چرا که سایر عوامل محیط گیاهی نیز سبب بروز نشانه‌هایی از تغییر رنگ می‌شوند.
در تنظیمات تجاری و یا به‌خوبی کنترل شده برای گیاهان، کمبود فسفر با آزمایش علمی تشخیص داده می‌شود. علاوه بر این، تغییر رنگ در برگ‌های گیاهی تنها در معرض کمبود فسفر نسبتاً شدید قرار می‌گیرد، بنابراین بررسی سطح فسفر قبل از تغییر رنگ، برای کاشت گیاهان و کشاورزان مفید است. مهم‌ترین روش بررسی سطح فسفر توسط آزمایش خاک است. روش‌های اصلی تست خاك عبارت‌اند از: روش‌های Bray 1-P، Mehlich 3 و Olsen. هر یک از این روش‌ها قابل‌قبول هستند، اما هر روش دارای تمایلات دقیق‌تری در مناطق جغرافیایی شناخته شده است. این آزمایش‌ها از محلول‌های شیمیایی برای استخراج فسفر از خاک استفاده می‌کنند. برای تعیین غلظت فسفر، عصاره گیاهی باید آنالیز شود. برای تعیین این غلظت، از روش رنگ‌سنجی استفاده می‌شود. با افزودن عصاره فسفر به رنگ‌سنج، تغییر رنگ بصری محلول رخ می‌دهد و درجه این تغییر رنگ حاکی از یک شاخص غلظت فسفر است. برای اعمال این روش تست بر کمبود فسفر، باید اندازه‌گیری غلظت فسفر با مقادیر شناخته شده مقایسه شود.
اکثر گیاهان در شرایط مطلوب خاک به طور کامل آزمایش می‌شوند. اگر غلظت فسفر اندازه‌گیری شده از آزمون رنگ‌سنج به‌طور قابل‌توجهی پایین‌تر از سطح خاک مطلوب گیاه باشد، احتمالاً گیاه فاقد فسفر است. آزمایش خاک با تجزیه و تحلیل رنگی، در حالی که به طور گسترده‌ای استفاده می‌شود، می‌تواند دچار مسائل تشخیصی حاصل از تداخل سایر ترکیبات و عناصر موجود شود. روش‌های تشخیص اضافی فسفر مانند طیف‌سنجی پرتو و طیف‌سنجی پلاسمای جفت شده با القایی (ICP) نیز با هدف بهبود دقت خواندن پیاده‌سازی می‌شوند. به گفته کنگره جهانی دانشمندان خاك، مزایای این روش‌های اندازه‌گیری مبتنی بر نور، اندازه‌گیری هم‌زمان مواد مغذی گیاهی و ماهیت آزمایش غیر مخرب آن‌ها می‌باشد. گرچه این روش‌ها شواهد تجربی را تأیید می‌کنند، تأیید متفقانه ای در مورد این روش‌ها هنوز به دست نیامده است.
