نرم‌افزارهای انبارداری آنلاین مانند هر نرم‌افزار دیگری مزایا و نیز معایبی دارند که با مقایسه آن‌ها می‌توان تصمیم قطعی برای استفاده از آن نرم‌افزار گرفت. نرم‌افزارهای انبارداری آنلاین که برای کمک به مدیریت صحیح انبار به کار می‌روند چندین عیب دارند که در ادامه با آن‌ها بیشتر آشنا خواهیم شد.
در هنگام خرید نرم‌افزار انبارداری آنلاین، شاید به نظر بیاید که هزینه آن نسبت به سیستم‌های سنتی کمتر است اما باید این نکته را مد نظر داشته باشید که هزینه‌هایی که ماهیانه و یا سالیانه باید برای آن‌ها پرداخت شوند موجب می‌شود تا هزینه‌های این سیستم‌ها در بلندمدت افزایش چشم‌گیری بیاید.
در کنار مسئله هزینه، سفارشی‌سازی نیز یکی از موضوعاتی است که باید به آن توجه شود. سیستم‌های مدیریت انبار تحت وب قابلیت سفارشی‌سازی ندارد ازاین‌رو برای کسب‌وکارهایی که نیاز به سیستم مدیریت انبار سفارشی دارند مناسب نیست.
یکی دیگر از معایب نرم‌افزارهای انبارداری آنلاین که ممکن است برای عده‌ای مزیت به‌حساب بیاید قابلیت به‌روزرسانی مداوم است که ممکن است برای سازمان‌ها ایجاد مشکل کند زیرا سازمان‌های استفاده‌کننده از نرم‌افزار انبارداری آنلاین نیاز دارند که مرتباً فرایندهای خود را به‌روزرسانی کنند.
در کنار معایب بیان‌شده، سیستم‌های مدیریت انبار مزایای بسیاری نیز دارند که لازم است برای تصمیم‌گیری درست در خصوص استفاده کردن یا نکردن از WMS تحت وب برای مدیریت انبار، مزیت‌های نرم‌افزارهای انبارداری تحت وب را نیز به‌خوبی بشناسیم.
