به دنبال شروع مبارزه مسلحانه منافقین علیه نظام جمهوری اسلامی در خرداد 1360 و مقابله نظام با این گروه تروریستی، سازمان منافقین که تنها راه موجود برای مطرح کردن خود را ایجاد غائله و غوغا می‌دید، در اقدامی هماهنگ و با برنامه‌ریزی دست به ایجاد درگیری‌ها و آشوب‌هایی پراکنده و نامنظم در نقاط گوناگون کشور زد و به درگیری با قشرهای مختلف مردم و نهادهای انقلابی مانند سپاه پاسداران انقلاب اسلامی پرداخت. همان‌طور که گفته شد سازمان رفته‌رفته به مقابلهٔ مستقیم با نظام جمهوری اسلامی روی آورد و در سی‌ام خرداد با صدور اطلاعیه‌ای، رسماً وارد جنگ مسلحانه با نظام شد و برای براندازی حکومت اسلامی از طریق مسلحانه خیز برداشت. در این روز کادرهای سازمان به خیابان‌ها ریختند و مردم را به سرنگونی جمهوری اسلامی دعوت کردند. بعد از این تاریخ بود که موج ترورهای گستردهٔ سازمان در نقاط مختلف کشور، قشرهای گوناگون مردم و نیز مسئولان نظام را آماج قرار داد (محمد درودیان، "سازمان مجاهدین خلق (منافقین): توهم قدرت، شکست در استراتژی"، نگین ایران، فصل‌نامهٔ تخصصی مطالعات جنگ ایران و عراق، شماره 3، صص 42-38).
7 مرداد 1360، ابوالحسن بنی‌صدر بعد از این‌که مجلس شورای ملی، به بی‌کفایتی سیاسی وی رأی داد و متعاقباً امام خمینی وی را از مقام ریاست‌جمهوری عزل کرد، همراه مسعود رجوی، سرکردهٔ سازمان مجاهدین خلق، از ایران گریختند و پس از ورود به فرانسه، از آن‌جا مبارزهٔ مسلحانه و تروریستی خود علیه نظام جمهوری اسلامی را ادامه دادند (سازمان مجاهدین خلق، پیدایی تا فرجام (1384-1344)، تهران: مؤسسه مطالعات و پژوهش‌های سیاسی، 1385، جلد دوم، 257-256).
سازمان مجاهدین، با ورود به فاز مسلحانه و برای براندازی نظام جمهوری اسلامی، به اقدامات تروریستی روی آورد. این سازمان علاوه بر ترورهای کور و بی‌هدف مردم بی‌گناه کوچه و بازار، شخصیت‌های سیاسی و مسئولان نظام را نیز ترور می‌کرد. در 6 تیر 1360 آیت‌الله سید علی خامنه‌ای در مسجد ابوذر تهران، هدف سوءقصد عوامل سازمان مجاهدین خلق قرار گرفت و مجروح شد. روز بعد در 7 تیر 1360، سازمان، در عملیاتی تروریستی، با گذاردن بمب در ساختمان حزب جمهوری اسلامی در تهران، آیت‌الله بهشتی و 72 تن از یاران امام خمینی را به شهادت رساند. در 14 مرداد 1360 دکتر حسن آیت نماینده مجلس خبرگان و نماینده مجلس شورای ملی و عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی، به دست افراد سازمان مجاهدین ترور شد. این سازمان در 8 شهریور همین سال، در فاجعه تروریستی دیگری، با انفجار بمب در ساختمان نخست‌وزیری، محمدعلی رجائی رئیس‌جمهور و محمدجواد باهنر نخست‌وزیر را ترور کرده و به شهادت رساند. در 7 مهر 1360 سید عبدالکریم هاشمی‌نژاد دبیر حزب جمهوری اسلامی استان خراسان، به دست یکی از اعضای سازمان، ترور شد. همچنین در 30 آذر 1360 آیت‌الله عبدالحسین دستغیب امام جمعهٔ شیراز، بر اثر انفجار بمب، به شهادت رسید که سازمان مجاهدین مسئولیت این حادثه و ترور را بر عهده گرفت (علی‌اکبر راستگو، مجاهدین خلق در آیینهٔ تاریخ، تهران: مرکز اسناد انقلاب اسلامی، صص 49-48).
بدین ترتیب، سازمان مجاهدین خلق از ۳۰ خرداد ۱۳۶۰ رسماً وارد دورهٔ جنگ مسلحانه با نظام جمهوری اسلامی شد که سازمان آن را فاز نظامی می‌نامید. در واقع نظریه‌پردازان سازمان معتقد بودند که در پیش گرفتن فاز نظامی در نهایت به پیروزی سازمان و سرنگونی جمهوری اسلامی خواهد انجامید؛ این افراد بر این باور بودند که سازمان ضمن داشتن درکی واقع‌بینانه از نظام جمهوری اسلامی و ماهیت آشتی‌ناپذیر آن، استراتژی مبارزهٔ مسلحانه و وارد آوردن ضربات تعیین‌کننده [با هدف سرنگونی نظام] و در نهایت تشکیل آلترناتیو را در دستور کار خود قرار داده است (اداره تحقیقات و بررسی‌های سیاسی وزارت ارشاد، جنگ تحمیلی در تحلیل گروهک‌ها، تهران، وزارت ارشاد، 1364، ص 27).
مسعود رجوی در تابستان 1361 سلسله مصاحبه‌هایی با نشریهٔ اتحادیه انجمن‌های دانشجویان مسلمان در خارج از کشور انجام داد که تحت عنوان جمع‌بندی یکساله مقاومت در قالب کتابی چاپ و منتشر شد. وی در این کتاب به توضیح کامل این امر می‌پردازد که مجاهدین حتی قبل از ورود آیت‌الله خمینی به ایران می‌دانسته‌اند که در نهایت با وی کنار نخواهند آمد و کار به جنگ مسلحانه خواهد کشید (همان، ص 45).
گفتنی است در جبهه‌های جنگ ایران و عراق در این مقطع تحولاتی رخ داد که برجسته‌ترین آن را می‌توان پیروزی‌های پی‌درپی نیروهای ایرانی در بازپس‌گیری مناطق اشغالی از طریق یک سلسله عملیات پیروزمندانه دانست که با عملیات ثامن‌الائمه آغاز شد و در نهایت با عملیات بیت‌المقدس به آزادسازی خرمشهر انجامید.
پس از فرار بنی‌صدر و رجوی به پاریس، شورایی موسوم به "شورای ملی مقاومت" با شرکت شماری از گروه‌های مخالف جمهوری اسلامی همانند حزب دمکرات کُردستان، جبههٔ دمکراتیک ملی ایران، شورای متعهد چپ، سازمان استادان متعهد دانشگاه‌های ایران، سازمان اتحاد برای آزادی کار، کانون توحیدی اصناف، سازمان اقامه (و بعدها حزب کار ایران، جنبش زحمتکشان گیلان و مازندران، اتحادیهٔ کمونیست‌های ایران و سازمان چریک‌های فدایی خلق) تشکیل شد (حمید شوکت، نگاهی از درون به جنبش چپ ایران، گفت‌وگو با خانبابا تهرانی، پاریس: بی‌نا، بی‌تا، ص 525).
طبق میثاقی که به امضای اعضای شورا رسید، بنی‌صدر رئیس‌جمهور و رجوی نخست‌وزیر نظام جمهوری دمکراتیک اسلامی معرفی شدند؛ البته شماری از گروه‌های چپ عضو شورا به لفظ اسلامی در عنوان این نظام اعتراض کردند، ولی سازمان این وعده را داد که طی دو سه ماه، جمهوری اسلامی به‌سرعت سرنگون خواهد شد و گروه‌های معترض می‌توانند اعتراضات خود را در مجلس مؤسسان قانون اساسی مطرح کنند (اداره تحقیقات و بررسی‌های سیاسی وزارت ارشاد، جنگ تحمیلی در تحلیل گروهک‌ها، تهران، وزارت ارشاد، 1364، ص 31). البته با توجه به تعداد اندک اعضا و ضعف تشکیلاتی و سازمانی اکثر این گروه‌ها، در واقع شورای ملی مقاومت تا حدود زیادی تحت سیطرهٔ سازمان مجاهدین خلق قرار گرفته بود و به همین دلیل رهبری سازمان، شورا را زیرمجموعه‌ای از سازمان می‌دانست، به‌گونه‌ای که این امر در عملکرد آن‌هم کاملاً مشهود بود. همان، 528).
نکتهٔ بسیار مهم دیگر در تحولات این دورهٔ سازمان که تبعات بسیار عظیمی نیز در پی داشت، دیدار مسعود رجوی با طارق‌عزیز معاون نخست‌وزیر عراق، در پاریس بود. در این دیدار که به گزارش رادیو بغداد، در روز یکشنبه 9 ژانویه 1983 (19 دی 1361) انجام شده است، دو طرف بر لزوم حل‌وفصل مسالمت‌آمیز اختلافات دو کشور تأکید کردند و در مورد به اصطلاح صلح به توافق رسیدند. رجوی در این دیدار، ایران را مسئول تداوم جنگ معرفی کرد. همچنین، طارق‌عزیز از جانب صدام حسین از رجوی برای دیدار از عراق دعوت کرد (واحد مرکزی خبر صدا و سیمای جمهوری اسلامی، بولتن رادیوهای بیگانه، 21/ 10/1361، صص 3-2).
رادیو ضد انقلاب "صدای ایران" نیز در بیست و یکم دی در گزارشی با اشاره به قصد رجوی برای انتقال ستاد تبلیغاتی خود از پاریس به بغداد، اعلام کرد که رجوی در این دیدار خواستار افزایش کمک‌های مالی عراق به سازمان مجاهدین خلق شده است (خبرگزاری جمهوری اسلامی، نشریه گزارش‌های ویژه، شماره 298، 22/10/1361، ص 24).
بی‌تردید دیدار مسعود رجوی با یکی از مقامات عالی‌رتبهٔ حکومت متجاوز بعثی عراق، در داخل شورای ملی مقاومت که گروه‌های عضو آن لااقل داعیهٔ میهن‌پرستی داشتند، واکنش‌هایی را در پی داشت؛ به همین دلیل به‌تدریج سیر جدایی گروه‌های مختلف از شورای ملی مقاومت آغاز شد که مهم‌ترین مورد آن جدایی بنی‌صدر در فروردین 1363 بود؛ بسیاری از گروه‌های جداشده از شورا، اقتدار مطلق سازمان و رجوی را مهم‌ترین عامل خروج (یا به بیانی دیگر اخراج) خود از این شورا اعلام کردند و بنابراین، در واقع شورای به اصطلاح ملی مقاومت در عمل به بن‌بست رسید و به فرجام نامیمونی مبتلا شد و کار آن در نهایت، به تشتت و انشعاب گروه‌های مختلف از آن انجامید (سازمان مجاهدین خلق، پیدایی تا فرجام (1384-1344)، تهران: مؤسسه مطالعات و پژوهش‌های سیاسی، 1385، جلد دوم، صص 750 – 747). گفته می‌شود که رجوی بدون اطلاع دادن به اعضای شورا (به‌جز بنی‌صدر) با طارق عزیز دیدار کرده است. به هر حال بنی‌صدر با وجود موافقت پشت پرده با روابط شورا و عراق، می‌کوشید تا خود را از ننگ همکاری با دشمن متجاوز دور نگه دارد و همین امر موجب بروز تناقضات عجیبی در عملکرد وی شد؛ بنی‌صدر به ویژه در سال 1363 در چندین مصاحبه مخالفت خود با این اقدام مسعود رجوی را اعلام کرد؛ سرانجام با بالا گرفتن اختلافات و جنگ قدرت در داخل شورا، بنی‌صدر در زمستان 1362 و بهار 1363 از شورای ملی مقاومت جدا شد. به طور کلی برای ناکامی و در نهایت جدایی گروه‌های مختلف از شورای ملی مقاومت دلایل گوناگونی مطرح شده است از جمله: ملاقات رجوی با طارق عزیز و زمینه‌سازی برای انتقال شورا به عراق؛ مذاکرات حزب دمکرات کُردستان با ایران؛ انقلاب ایدئولوژیک در سازمان و اقتدار مطلق و دیکتاتوری رجوی در سازمان (جمعی از پژوهش‌گران، "روایت جدایی بنی‌صدر از منافقین"، نگین ایران، فصل‌نامهٔ تخصصی مطالعات جنگ ایران و عراق، شماره 17، صص 152-145).
یکی از مهم‌ترین دلایل همکاری علنی رجوی با حکومت بعث عراق را می‌توان تمایل وی برای به رسمیت شناخته شدن در عرصهٔ دیپلماتیک دانست؛ در این دوران و پس از اقدامات خرابکارانه و تروریستی سازمان در ایران، در واقع رجوی پایگاهی در داخل کشور نداشت به همین دلیل و با توجه به خوی قدرت‌طلبی وی، از هر طریق ممکن، نزدیک شدن به یک دولت بیگانه- که ابرقدرت‌ها نیز از آن حمایت می‌کردند- و مذاکره با آن در واقع نوعی رسمیت یافتن شورای ملی مقاومت و رجوی در عرصهٔ منطقه‌ای و بین‌المللی به شمار می‌آمد و رجوی تصور می‌کرد که از این رهگذر سریع‌تر می‌تواند به امیال قدرت‌طلبانهٔ خود دست یابد.
انقلاب ایدئولوژیک در درون سازمان، یکی دیگر از رویدادهای مهم این دوره است. مسعود رجوی 7 بهمن 1363 در اطلاعیه‌ای مریم قجر عضدانلو (همسر مهدی ابریشم‌چی) را به عنوان هم‌ردیف مسئول اول سازمان (یعنی مسعود رجوی) معرفی کرد؛ به دنبال این خبر، سازمان با صدور اطلاعیه‌ای از ازدواج مریم و مسعود خبر داد، پس از آن علی زرکش و محمود عطایی کادرهای شماره 2 و 3 نامه‌هایی نوشته و اعلام کردند که چون یکی از زنان سازمان به مرحلهٔ رهبری رسیده، پس وی بر هر فرد دیگری جز شخص رهبر سازمان حرام است؛ متعاقباً رادیوی سازمان در 27 اسفند 1363 خبر طلاق مریم رجوی از ابریشم‌چی و ازدواج وی با مسعود رجوی را به عنوان "دستاورد عظیم شگرف ایدئولوژیکی و ایثار و ازخودگذشتگی" اعلام کرد (سازمان مجاهدین خلق، پیدایی تا فرجام (1384-1344)، تهران: مؤسسه مطالعات و پژوهش‌های سیاسی، 1385، جلد سوم، صص 35 – 34).
ارتقای رجوی به مقامی پیامبرگونه و لازم‌الاطاعه و فوق‌العاده، رسمیت بخشیدن به تغییر شیوهٔ هدایت سازمان از رهبری شورایی به رهبری تمامیت‌خواهانه و خودکامه، سرپوش گذاشتن بر ناکامی‌های سازمان از طریق مرتبط دانستن آن با فقدان رهبری مشخص و فردی در سازمان و ... از جمله اهداف به اصطلاح انقلاب ایدئولوژیک به شمار می‌آید (همان، صص 33- 32). علاوه بر این موارد، شاید رجوی اهداف نهان مهم‌تری را نیز دنبال می‌کرد. در یک بازاندیشی در این رویداد و تحولات پس از آن، شاید بتوان آن را نوعی زمینه‌سازی برای سلطهٔ مطلق و به ویژه استیلای فکری و ایدئولوژیک مسعود رجوی بر تمامیت سازمان مجاهدین دانست و چنان که در ادامه خواهد آمد، پذیرش این نوع رفتار آشکارا خلاف شرع اسلامی از جانب اعضای سازمان، راه را برای پذیرش دیگر خواسته‌های مسعود رجوی که بارزترین آن تصمیم وی برای انتقال مرکزیت سازمان به داخل کشور عراق می‌باشد، هموار می‌کند.
مسعود رجوی در 17 خرداد 1365 با این بهانه که دولت فرانسه وی را تحت فشار قرار داده است (دولت ژاک شیراک، رجوی را به دلیل توجه نکردن به قوانین داخلی و امنیتی فرانسه، از این کشور اخراج کرد) و به دنبال امضای معاهده‌ای در پاریس با طارق عزیز، به بغداد رفت. پس از ورود وی، نیروهای سازمان در قرارگاه‌های تشکیلاتی در عراق، سازمان‌دهی شده و با حمایت ارتش این کشور سلسله عملیات‌هایی را در طول جبهه‌های شمالی جنگ اجرا کردند.
هنگام ورود رجوی به خاک عراق، شورای ملی مقاومت در بیانه‌ای از نشست ۲۳ اردیبهشت 1365 خود چنین نتیجه‌گیری کرد:
برای خنثی کردن توطئه‌های دشمن از یک‌سو و پاسخ‌گویی به الزام‌های مرحلهٔ جدید تدارک قیام از سوی دیگر، محل اقامت آقای مسئول شورا از اروپا به کشور عراق منتقل می‌شود. شورای ملی مقاومت این انتقال را برای گسترش و سازمان‌دهی نیروهای مسلح انقلاب از نزدیک، امری لازم و آخرین گام برای عبور به خاک میهن می‌داند (علی‌اکبر راستگو، مجاهدین خلق در آیینهٔ تاریخ، تهران: مرکز اسناد انقلاب اسلامی، ص 63).
پس از اعلام رسمی حضور کامل سازمان در عراق از سال 1365 که مقدمات آن در ملاقات طارق عزیز معاون نخست‌وزیر عراق و مسعود رجوی در دی 1361 به طور علنی فراهم شده بود- سازمان خدمت به ارتش عراق را در بالاترین سطح ممکن انجام داد (سازمان مجاهدین خلق، پیدایی تا فرجام (1384-1344)، تهران: مؤسسه مطالعات و پژوهش‌های سیاسی، 1385، جلد سوم، ص 259).
سران سازمان از همکاری با حکومت بعث عراق این اهداف را دنبال می‌کردند: از آن‌جا که عراق مرزهای زمینی طولانی‌ای با ایران دارد، پس بهترین و آسان‌ترین راه برای نفوذ عناصر سازمان به ایران به شمار می‌آمد؛ علاوه بر این، سازمان می‌توانست با استفاده از کمک‌های مالی و تسلیحاتی فراوان عراق، توان مبارزاتی خود در برابر جمهوری اسلامی را تا حد زیادی افزایش دهد. ناگفته پیداست که دولت عراق نیز به خوبی می‌دانست که می‌تواند با استفاده از عناصر و هواداران سازمان در ایران، اقدام به اجرای عملیات‌های خرابکارانه، کسب اطلاع از اوضاع داخلی ایران و ترور شخصیت‌های تأثیرگذار کرده و در نهایت اراده، پشتیبانی و مشارکت عمومی در جنگ را در بین ایرانیان تضعیف کند (رضا بسطامی، "نقش سازمان مجاهدین خلق (مجاهدین) در جنگ ایران و عراق"، نگین ایران، فصلنامه تخصصی مطالعات جنگ ایران و عراق، شماره 3، صص 106 – 96). این امر به خودی خود می‌تواند دلیلی بسیار مناسب برای حمایت همه‌جانبهٔ صدام حسین از حضور مجاهدین در عراق و عملیات‌های ضد ایرانی آنان باشد.
در واقع استقرار مرکزیت سازمان در عراق و تلاش صدام برای بهره‌برداری مستقیم از قابلیت‌های نیروهای سازمان، مصادف با دورانی بود که توازن جنگ به نفع ایران تغییر کرده بود. بنابراین، حمایت‌های بی‌دریغ صدام از اقدامات سازمان به خوبی در این چارچوب معنا پیدا می‌کند؛ چند ماه قبل از ورود رجوی به عراق، نیروهای ایرانی توانسته بودند در عملیات والفجر 8 (شروع 20 بهمن 1364)، و پس از 75 روز نبرد شدید، شبه‌جزیرهٔ فاو در 90 کیلومتری جنوب شرقی بصره را به تصرف خود درآورند. با اجرای این عملیات که علاوه بر نمایاندن ناتوانی دفاعی عراق، نشان‌دهندهٔ توانمندی‌های نیروهای ایرانی در امر تهاجم و پدافند بود، برتری نظامی عراق، از میان رفت و توازن نظامی به سود ایران تغییر یافت. البته این پیروزی، موجبات افزایش فشارهای بین‌المللی بر ایران و افزایش حمایت‌های منطقه‌ای از صدام را نیز فراهم ساخت (محمد درودیان، آغاز تا پایان، تهران: مرکز مطالعات و تحقیقات جنگ، چاپ پانزدهم، 1389، صص 139 – 135).
در این میان سازمان مجاهدین خلق می‌توانست در قالب نیرویی کمکی، تا حدودی برطرف‌کنندهٔ ضعف‌های نظامی عراق در آن مقطع باشد و از این دیدگاه نیز می‌توان دلایل استقبال سردمداران بعثی از ورود و استقرار رجوی در عراق و حمایت‌های مادی و نظامی صدام از تحرکات ضد ایرانی سازمان را مورد بررسی قرار داد. البته پرواضح است که دستگاه‌های اطلاعاتی عراق، به خوبی از پیشینهٔ تاریخی و مبارزات سازمان با حکومت پهلوی، توان تشکیلاتی، تجربهٔ رزمی و همچنین فراوانی تعداد اعضای فعال سازمان (در مقایسه با دیگر گروه‌های مخالف ایرانی) آگاهی داشتند و بر همین اساس، صدام سازمان را مهره‌ای قابل اعتماد و کارآمد برای دست‌یابی به اهداف ماشین جنگی خود می‌پنداشت؛ افزون بر این دور از ذهن نیست که حکومت صدام بهره‌برداری تبلیغاتی از نام سازمان مجاهدین خلق علیه جمهوری اسلامی را نیز مدنظر خود قرار داده باشد. با وجود این شاید مهم‌ترین عاملی که موجب شد سازمان سرنوشت خود را با حکومت عراق پیوند دهد این بود که سران سازمان تصور می‌کردند سرنوشت نظام جمهوری اسلامی با جنگ گره خورده است و با توجه به تمایل نداشتن ابرقدرت‌ها به پیروزی ایران، در نهایت حکومت صدام در این جنگ بازنده نخواهد بود، بنابراین، سازمان برای براندازی نظام جمهوری اسلامی که آن را هدف اصلی می‌دانست، به طور رسمی و علنی در کنار صدام قرار گفت. رجوی تأکید داشت که از طریق مرزهای عراق به دنبال آزادسازی کشور خود (یعنی ایران) است؛ در واقع سازمان در این مقطع، با اتخاذ استراتژی جنگ جبهه‌یی یا آزادی‌بخش درصدد بود تا ضمن کسب حمایت خارجی و استفاده از فرصت جنگ ایران و عراق، زمینه‌های دست‌یابی سریع خود به قدرت را فراهم کند. (همان) در این مقطع نیز سازمان، در تحلیل خود دچار اشتباه شد و تمایل نداشتن ابرقدرت‌ها به بازنده شدن عراق را به حتمی بودن شکست جمهوری اسلامی و در نهایت سرنگونی آن تعبیر کرد.
پس از ورود رجوی به عراق، نیروهای نظامی سازمان سلسله عملیات‌هایی را در طول نوار مرزی ایران با حمایت و پشتیبانی ارتش عراق علیه نیروهای ایران در مناطقی مانند سردشت، دهلران، مریوان، سرپل ذهاب، جنوب بانه و ارتفاعات کرمانشاه اجرا کردند. در این عملیات‌ها تلفات جانی و تسلیحاتی فراوانی به برخی یگان‌ها و پایگاه‌های پراکندهٔ نیروهای نظامی ایران وارد شد. بر اساس آمار، این عملیات‌ها برای سازمان یک موفقیت محسوب می‌شد و با طراحی و خواست ارتش عراق و در قالب برنامه‌های جنگی حکومت صدام سیر صعودی داشت (محمد درودیان، آغاز تا پایان، تهران: مرکز مطالعات و تحقیقات جنگ، چاپ پانزدهم، 1389، ص 276).
سازمان به ویژه پس از استقرار مرکزیت آن در عراق، به شیوه‌های گوناگون دولت بعثی عراق را برای دست‌یابی به اهدافش یاری می‌کرد، که از جمله فعالیت‌ها و خدمات سازمان به عراق می‌توان به این موارد اشاره کرد: اجرای عملیات‌های خراب‌کاری و ترور در داخل ایران به ویژه ترور رزمندگان و فرماندهان نظامی ایران؛ جاسوسی از فعالیت‌های نظامی ایران؛ به راه انداختن تبلیغات و شایعات ضد ایرانی از طریق رادیوی این سازمان در عراق به منظور تضعیف اراده و کاهش حمایت عمومی از جبهه‌های نبرد؛ شنود مکالمات بی‌سیمی و تلفنی نیروهای ایرانی؛ ارائهٔ اطلاعات ارزشمندی دربارهٔ تأسیسات نظامی و اقتصادی ایران به سازمان‌های اطلاعاتی عراق و در مواردی درگیری مستقیم و حمله به نیروهای ایرانی در جبهه‌های جنگ (جمال حسینی، "حملات تهران علیه مخالفان در عراق"، ماهنامه نگاه، سال اول، شماره 3، خرداد 1379، ص 20 – 19).
مهم‌ترین خدمات اطلاعاتی سازمان مجاهدین خلق به عراق
سازمان در این برهه علاوه بر کمک‌های نظامی به ارتش عراق، در زمینهٔ اطلاعاتی نیز به دولت عراق خدمات شایان توجهی کرد که به طور کلی مهم‌ترین آن‌ها را می‌توان تحت عناوین جاسوسی برای عراق، شنود در جبهه‌ها، بازجویی از اسیران و تخلیهٔ تلفنی طبقه‌بندی کرد.
الف) جاسوسی به نفع عراق:
جاسوسی را می‌توان یکی از ابعاد مهم خدمات سازمان به حکومت بعثی عراق دانست. بررسی‌ها نشان می‌دهد نیروهای سازمان برای جمع‌آوری و انتقال اطلاعات به ارتش بعثی به صورت گسترده فعالیت می‌کرده‌اند و این اقدامات نقش مهمی در تصمیم‌گیری و اجرای طرح‌های نظامی دشمن داشته است. براساس اظهارات محمدحسین سبحانی که در گذشته از مسئولان اطلاعات و امنیت سازمان مجاهدین خلق بوده، استخبارات عراق از طریق مهدی ابریشم‌چی، پرسش‌های اطلاعاتی ارتش عراق را در مورد شناسایی محل پل‌ها، تأسیسات آب و برق، کارخانه‌ها و مراکز اقتصادی و نظامی ایران با سازمان مطرح می‌کرده و ستاد اطلاعات سازمان پس از انجام دادن کار اطلاعاتی، پاسخ‌ها را تهیه کرده و در اختیار آنان می‌گذاشته است (محمدحسین سبحانی، روزهای تاریک بغداد، کلن: کانون آوا، چاپ اول، زمستان 1383، جلد اول، ص 304).
ب) ایجاد شبکه شنود در جبهه‌ها:
نیروهای مجاهدین خلق از ابتدای جنگ اقدام به شنود مکالمات واحدهای نظامی کشور می‌کردند. در این خصوص می‌توان به استراق سمع به وسیلهٔ یک دستگاه بی‌سیم مسروقهٔ سپاه پاسداران در خانه‌ای تیمی واقع در شهر آبادان اشاره کرد که در آبان 1359 با کشف این خانهٔ تیمی بر ملأ شد. (روزنامهٔ جمهوری اسلامی، 17/ 8/1359، ص 1، به نقل از عباس افلاطونی، "بررسی نقش منافقین در جنگ ایران و عراق"، فصلنامه نگین ایران، شماره 28، ص 47). این قبیل اقدامات سازمان پس از استقرار در خاک عراق و با کمک‌های تجهیزاتی حکومت بعث به شدت گسترش یافت، به‌گونه‌ای که آن‌ها یک شبکهٔ شنود در جبهه‌های جنگ ایجاد کردند.
افراد شاغل در این شبکه، به منظور کسب اطلاعات نظامی ایران، اقدام به شنود شبکه‌های بی‌سیمی و مخابراتی می‌کردند. آن‌ها به دلیل تسلط کامل به زبان فارسی، گویش‌ها و لهجه‌های محلی و آشنایی با فرهنگ اقوام گوناگون کشور، پیام‌های ارسال‌شده با دستگاه‌های مخابراتی را رمزگشایی می‌کردند. این پیام‌های کشف‌شده توسط اعضای ارشد سازمان از جمله مهدی ابریشم‌چی در اختیار نیروهای بعثی قرار می‌گرفت (سازمان مجاهدین خلق، پیدایی تا فرجام (1384-1344)، تهران: مؤسسه مطالعات و پژوهش‌های سیاسی، 1385، جلد 3، ص 260).
با توجه به این که در مناطق جنگی معمولاً اطلاعات مهم مربوط به عملیات نظامی از جمله انتقال نیرو و تجهیزات و استحکامات، زمان اجرای عملیات و... از طریق بی‌سیم بیان می‌شد، جمع‌آوری این اطلاعات نقش مهمی در آمادگی عراقی‌ها برای مقابله با حملهٔ نیروهای خودی داشت.
ج) بازجویی از اسیران ایرانی:
علی‌اکبر راستگو، که در گذشته از اعضای عالی‌رتبه سازمان بوده است، در کتاب خود در این باره نوشته است: یکی دیگر از اقدامات نیروهای سازمان کسب اطلاعات از نیروهای ایرانی بود که به اسارت درمی‌آمدند. (علی‌اکبر راستگو، مجاهدین خلق در آیینهٔ تاریخ، تهران: مرکز اسناد انقلاب اسلامی، ص 379). افراد سازمان به دلیل کسب اطلاعات اولیه از طریق شنود بی‌سیم ایرانی‌ها و اشراف نسبی به اطلاعات نظامی مناطق جنگی و نیز تسلط به زبان فارسی در تخلیهٔ اطلاعاتی اسرا بهتر از نیروهای عراقی عمل می‌کردند. آن‌ها با شکنجهٔ اسیران، اخبار و اطلاعاتشان را تا حد امکان تخلیه و به سرویس اطلاعاتی ارتش عراق منتقل می‌کردند.
د) تخلیه تلفنی:
تخلیه تلفنی یا کسب اطلاعات با استفاده از تلفن، یک روش آسان، ارزان و بی‌خطر برای جاسوسی است. این روش با استفاده از تکنیک‌های گوناگون اجرا می‌شود و میزان موفقیت آن بستگی کامل به مهارت فرد تخلیه‌کننده و سهل‌انگاری و حسن‌نیت بی‌جای فرد تخلیه‌شونده دارد.
نوارهای مربوط به مذاکرات سران سازمان مجاهدین با افسران سرویس‌های اطلاعاتی عراق که پس از سقوط حکومت بعثی به دست آمد، حکایت از آن دارد که حکومت عراق امکانات مخابراتی گسترده‌ای در اختیار سازمان گذاشته بود و آن‌ها با استفاده از این امکانات، تماس‌های تلفنی متعددی با افراد مختلف در داخل کشور می‌گرفتند و به جاسوسی می‌پرداختند (عباس افلاطونی، "بررسی نقش منافقین در جنگ ایران و عراق"، نگین ایران، فصل‌نامهٔ تخصصی مطالعات جنگ ایران و عراق، شماره 28، ص 47). به دستور صدام، بهترین امکانات تخلیهٔ تلفنی در اختیار سازمان قرار گرفت؛ تخلیهٔ تلفنی و جمع‌آوری اطلاعات از جبهه‌های جنگ، یکی از وظایف اصلی مقرهای سازمان در مناطق هم‌جوار با ایران به شمار می‌آمد. راه‌اندازی شبکهٔ ارتباطی بین مقرهای سازمان در عراق، نقش مؤثری در انتقال سریع اطلاعات به دست آمده از طریق جاسوسی و تخلیهٔ تلفنی به سرویس اطلاعاتی عراق داشت (سازمان مجاهدین خلق، پیدایی تا فرجام (1384-1344)، تهران: مؤسسه مطالعات و پژوهش‌های سیاسی، 1385، جلد 3، ص 261
استاد : علی اکبر حسنوند
