سازمان مجاهدین خلق ایران سازمان سیاسی اسلام‌گرا و چپ‌گرا با ساختار شبه‌نظامی است. رهبری این سازمان با مسعود رجوی و مریم رجوی است. از سال ۱۳۸۲ زنده بودن مسعود رجوی در پرده ابهام قرار دارد و در غیاب وی همسرش مریم رجوی عملاً رهبری این سازمان را برعهده دارد. از ۱۵ شهریور ۱۳۹۶ دبیرکل این سازمان زهرا مریخی است.
این سازمان در ۱۵ شهریور سال ۱۳۴۴ به رهبری محمد حنیف‌نژاد، سعید محسن و عبدالرضا نیک‌بین پایه‌گذاری شد؛ اما بعد از انقلاب سال ۱۳۵۷، عبدالرضا نیک‌بین از فهرست رسمیِ بنیان‌گذاران، حذف شد و علی‌اصغر بدیع‌زادگان –که از سال ۱۳۴۵ به سازمان پیوسته بود– جایگزین او شد.
سازمان مجاهدین پس از شکل‌گیری، به اقدام مسلحانه بر ضد دودمان پهلوی پرداخت. در سال ۱۳۵۱ سازمان امنیت و اطلاعات کشور (ساواک)، موفق به دستگیری رهبران اولیه این سازمان شده و به حکم دادگاه نظامی وقت، به جُرم «اقدام علیه امنیت کشور، اعمال تروریستی (ترور اتباع ایرانی و آمریکایی)»، به اعدام، محکوم و برخی نیز زندانی شدند. در سال ۱۳۵۴ خورشیدی، برخی به رهبریِ تقی شهرام و بهرام آرام، اقدام به ترور و حذف اعضای مذهبی، از جمله، مجید شریف واقفی در بیرون زندان کردند و با به‌دست گرفتن بخشی از سازمان، بیانیهٔ اعلام تغییر ایدئولوژی از اسلام به مارکسیسم را منتشر کردند. پس از آن، اعضای سازمان به دو دسته: مارکسیست به رهبری تقی شهرام و بهرام آرام و نیز مسلمان به رهبری مسعود رجوی و موسی خیابانی، تقسیم شدند.
پس از پیروزی انقلاب ۱۳۵۷ ایران، بخش مذهبی سازمان مجاهدین خلق به رهبری موسی خیابانی و مسعود رجوی، فعالیت خود را تحت عنوان جنبش ملی مجاهدین، اعلام کردند؛ ولی دربارهٔ اختلاف نظر با روحانیان وقت، از جمله روح‌الله خمینی، به مخالفت بر ضد نظام جمهوری اسلامی روی آورد. پس از تظاهرات ۳۰ خرداد ۱۳۶۰ و برکناری ابوالحسن بنی‌صدر، این سازمان، هدف خود را سرنگونی نظام جمهوری اسلامی ایران عنوان کرد. اعضای سازمان مجاهدین، دو سال بعد از جنگ ایران و عراق، در سال ۱۳۶۱ به عراق رفتند و با همکاری ارتش عراق، اقدام به تشکیل بازویی نظامی به نام «ارتش آزادی‌بخش ملی ایران» کرد و در کنار ارتش عراق در جنگ بر ضد ایران، مشارکت کرد.این نیروی نظامی در طول جنگ ایران و عراق، از سوی خاک عراق، بیش از یک‌صد عملیات نظامی بر ضد مواضع نیروهای ایرانی شکل داد. مهم‌ترین عملیات نظامی سازمان در سال ۱۳۶۷ تحت عنوان فروغ جاویدان انجام شد و جمهوری اسلامی در واکنش به آن اعدام زندانیان سیاسی (تابستان ۱۳۶۷) همه اعضای زندانی سازمان را که حاضر به برائت از سازمان و ابراز ندامت از اعمال خود نشده بودند را در زندان‌های ایران اعدام کرد. اگرچه آمار دقیقی از تعداد اعدام شدگان منتشر نشده ولی گزارشگر ویژه حقوق بشر سازمان ملل متحد تعداد آنها را ۱۸۷۹ نفر و دیگر منابع ۳۰۰۰تا ۴۴۸۲ نفر تخمین زده‌اند.
در روز ۷ تیر ۱۳۶۰ در حالی که در دفتر حزب جمهوری اسلامی، اجلاسی از سران آن در حال برگزاری بود، بمب قدرتمندی منفجر شده و بیش از هفتاد تن از مقامات بلندپایه حکومتی از جمله، دبیرکل حزب و رئیس دیوان عالی کشور بهشتی، چهار تن از وزرای کابینهٔ دولت، ۲۳ نمایندهٔ مجلس و چندین تن از دیگر مقامات ترور شدند. مدتی بعد کرسی ریاست جمهوری به محمدعلی رجایی سپرده شد و به سمت دبیرکل حزب جمهوری اسلامی انتخاب شد. هم چنین وی محمدجواد باهنر را به مقام نخست‌وزیری خویش برگزید. مسعود رجوی و ابوالحسن بنی‌صدر که در خفا به سر می‌بردند، توسط خلبان اختصاصی شاه سابق ایران، بهزاد معزی، طی یک عملیات پروازی از پایگاه یکم شکاری مهرآباد به وسیلهٔ یک جت مسافربری از کشور خارج و در فرودگاه پاریس فرود آمدند. رجوی و بنی‌صدر به همراه برخی گروه‌های دیگر، آغاز فعالیت شورای ملی مقاومت را برای مبارزه با نظام جمهوری اسلامی اعلام کردند.
دو ماه پس از حادثهٔ بمب‌گذاری ماه تیر، در انفجار مهیب دیگری در دفتر نخست‌وزیری به تاریخ ۸ شهریور، رجایی و باهنر ترور شدند. گرچه هیچ گروهی مسئولیت بمب‌گذاری‌ها را برعهده نگرفت، اما جمهوری اسلامی، مجاهدین خلق را عامل این اقدامات اعلام نمود. با این وجود مجاهدین مسئولیت دیگر ترورها را پس از عزل بنی‌صدر پذیرفتند. از جمله ترورهایی که در فاصله چند ماه اتفاق افتاد، می‌توان به ترور امام جمعهٔ شهرهای تبریز، کرمان، شیراز، یزد و باختران، یک استاندار، سرپرست زندان اوین، تنی چند از قضات دادگاه‌های انقلاب، نمایندگان مجلس، مقامات پایین رتبه دولتی و اعضای سازمان‌های انقلابی اشاره کرد.
چندی پس از انتقال اغلب نیروهای سازمان به عراق و تغییر استراتژی جنگ چریکی به جنگ کلاسیک، در آخرین سال جنگ ایران و عراق و در شرایطی که توان نظامی ایران در پی چندین سال جنگ فرسایشی و توان اقتصادی و روحی ایرانیان با کاهش بسیار شدید درآمدهای نفتی شدیداً تحلیل رفته‌است، سازمان مجاهدین، رویارویی علنی با نیروهای ایرانی در جبهه‌ها را آغاز می‌کند.
این عملیات برای اول فروردین سال ۱۳۶۷ در اطراف شوش برنامه‌ریزی شده بود، امّا درگیری دو تن از نیروهای شناسایی سازمان و دستگیر شدن آنها توسط نیروهای ایرانی، منجر به تردیدهایی پیرامون لو رفتن احتمالی عملیات و تعویق یک هفته‌ای آن شد. نهایتاً این عملیات در ۸ فروردین آغاز شد.
در جریان این عملیات و بر اساس ادعای مجاهدین، تلفات وارده به لشکر ۷۷ خراسان ۳۵۰۰ تن کشته و مجروح و ۵۰۸ اسیر، بیان می‌شود[۹۰] و مقدار زیادی تجهیزات جنگی به غنیمت آنان درآمد. مجاهدین تعداد تلفات خود را ۱۲۳ نفر گزارش داده و پس از اجرای عملیات منطقه را ترک و به خاک عراق بازگشتند.
سازمان مجاهدین خلق در کنفرانسی در سال ۲۰۰۲ اطلاعاتی پیرامون سایت نطنز ارائه کرده و مدعی افشای برنامه هسته‌ای ایران برای اولین بار شد. اما منابع آمریکایی و اسراییلی چندی بعد افشا کردند که این اطلاعات تماماً از منابع دیگر از جمله دستگاه اطلاعاتی اسراییل بدست آنان رسیده بوده‌است و همچنین پیش از این کنفرانس تصاویر ماهواره‌ای نطنز از سوی برخی سازمان‌های دیگر در آمریکا ارائه شده بود.همچنین در سال ۲۰۰۹ میلادی، این سازمان ادعاهای تازه‌ای پیرامون برنامهٔ هسته‌ای ایران ارائه داد که صحت آن را هنوز ثابت نکردند.
