سازمان مجاهدین خلق ایران سازمان سیاسی اسلام‌گرا و چپ‌گرا با ساختار شبه‌نظامی است.
رهبری این سازمان با مسعود رجوی و مریم رجوی است. از سال ۱۳۸۲ زنده بودن مسعود رجوی در پرده ابهام قرار دارد و در غیاب وی همسرش مریم رجوی عملاً رهبری این سازمان را برعهده دارد.
این سازمان در ۱۵ شهریور سال ۱۳۴۴[۳۲] به رهبری محمد حنیف‌نژاد، سعید محسن و عبدالرضا نیک‌بین پایه‌گذاری شد؛ اما بعد از انقلاب سال ۱۳۵۷، عبدالرضا نیک‌بین از فهرست رسمیِ بنیان‌گذاران، حذف شد و علی‌اصغر بدیع‌زادگان –که از سال ۱۳۴۵ به سازمان پیوسته بود– جایگزین او شد.
مسعود رجوی در اولین سخنرانی پس از آزادی از زندان در ۴ بهمن ۱۳۵۷ در دانشگاه تهران بر شعار «پیروز باد انقلاب دموکراتیک ایران» تأکید کرد و گفت «مگر می‌شود بهار را از آمدن بازداشت و مانع روئیدن لاله‌ها شد، و مگر می‌شود ملتی را تا به ابد اسیر نگه داشت؟ مگر می‌شود خلقی را تا به ابد در زنجیر نگه داشت؟ نه … نه …»
در پیروزی انقلاب ۱۳۵۷ ایران، مجاهدین خلق این واقعه را به رهبر انقلاب و ملّت ایران تبریک گفتند و او را «امام» نامیدند.
پس از انقلاب سازمان مجاهدین خلق با نام رسمی جنبش ملی مجاهدین فعالیت خود را آغاز کرده و در تراکت‌های رسمی نیز خود را به همین نام می‌خواند.
در سال 1357 در پی تعیین صلاحیت نامزدهای اولین انتخابات ریاست جمهوری مسعود رجوی اعلام آمادگی کرد اما با مخالف های برخی همچون جمعیت فدائیان اسلام رو به رو شد این گروه طی نامه خواستار حذف برخی از کاندیدا های منحرف شدو عنوان داشت که در غیر این صورت، خود وارد عمل خواهد شد. متعاقباً در تاریخ ۲۹ دی، از سید روح‌الله خمینی دربارهٔ انتخابات ریاست جمهوری و اعتقاد نامزدها به قانون اساسی، پرسشی به عمل آمد و وی در پاسخ نوشت:
کسانی که به قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران رأی مثبت نداده‌اند، صلاحیت ندارند، رئیس‌جمهور ایران شوند
با اعلام نظر خمینی، رجوی از دور انتخابات کنار رفت و سازمان مجاهدین خلق تلویحاً وزارت کشور را در این امر مقصر قلمداد کرد.از آن روز به بعد، مجاهدین به صورت علنی به محکوم کردن حکم خمینی پرداختند.
اعضای سازمان مجاهدین، دو سال بعد از جنگ ایران و عراق، در سال ۱۳۶۱ به عراق رفتند و با همکاری ارتش عراق، اقدام به تشکیل بازویی نظامی به نام «ارتش آزادی‌بخش ملی ایران» کرد و در کنار ارتش عراق در جنگ بر ضد ایران، مشارکت کرد.
این نیروی نظامی در طول جنگ ایران و عراق، از سوی خاک عراق، بیش از یک‌صد عملیات نظامی بر ضد مواضع نیروهای ایرانی شکل داد. مهم‌ترین عملیات نظامی سازمان در سال ۱۳۶۷ تحت عنوان فروغ جاویدان انجام شد و جمهوری اسلامی در واکنش به آن اعدام زندانیان سیاسی (تابستان ۱۳۶۷) همه اعضای زندانی سازمان را که حاضر به برائت از سازمان و ابراز ندامت از اعمال خود نشده بودند را در زندان‌های ایران اعدام کرد. اگرچه آمار دقیقی از تعداد اعدام شدگان منتشر نشده ولی گزارشگر ویژه حقوق بشر سازمان ملل متحد تعداد آنها را ۱۸۷۹ نفر و دیگر منابع ۳۰۰۰ تا ۴۴۸۲ نفر تخمین زده‌اند.
این سازمان علاوه بر انجام عملیات علیه ایران، برای صدام جاسوسی می کرد. با توجه به اهمیت تخلیه تلفنی، با وجود مشکلات مختلف عراقی ها، بهترین و گسترده ترین امکانات برای این منظور به دستور صدام حسین در اختیار منافقین قرار گرفت.
یکی از وظایف اصلی ستادهای مختلف سازمان در مناطق مجاور ایران تخلیه تلفنی و جمع آوری اطلاعات جبهه و جنگ بود. ایجاد شبکه ارتباطی بین ستاد و ستاد تاکتیکی سازمان در عراق، علاوه بر نقش عملی آن در انسجام سازمانی، تأثیر بسزایی در انتقال سریع اطلاعات به دست آمده از جاسوسی و تخلیه تلفنی و انتقال به موقع اطلاعات به سازمان داشت.
ايدئولوژي اي که ادعاي کمال و برتري نسبت به ديگر ايدئولوژي ها راداشت، از همين رو، اعضاي سازمان را به مطلق انگاري دچار کرد، به طوري که در اين مطلق انگاري، هر کس جز خود را در مسير باطل ديدند. التقاط در انديشه، انحراف ديگري بود که سازمان از همان روز نخست تشکيل، بدان دچار شد.
در واقع، عمليات مرصاد شليک نهايي به سازمان بود، چرا که آنان پس از افتادن به دامان عراق از ديد مردم ايران به يک طرف جنگي تبديل شدند و فرصت هر گونه بازگشت را از خود گرفتند. امروز، سازمان مانند بيمار محتضري است که سرنوشتش به سرنوشت بيمار در حال احتضار ديگري پيوند خورده است. از همين رو، اين روزها در جرايد مي خوانيم که سازمان مجاهدين با اندک طرفدارانش در عراق در پي جايي براي استقرار است.
