اهداف اجرای سیستم‌ها: هدف از اجرای نرم افزار اتوماسیون اداری، ساماندهی و نظام بخشیدن به فرایندهای مرتبط با سازمان الکترونیکی دبیرخانه است. واحدهایی که نیاز به مکاتبات داخلی با هم دارند و یا در فرایند تولید نامه صادره و یا ثبت نامه وارده و پيگيري آن درگیر هستند از آن استفاده می‌کنند. در صورتیکه هدف از اجرای نرم افزار BPMS، ساماندهی، اجرا و بهبود فرایندهای سازمانی بوده که ممکن است برخی بسیار عمومی و برخی بسیار تخصصی باشند.
روش استقرار و اجرا: معمولا استقرار، اجرا و آموزش نرم افزار اتوماسیون اداری طی یک برنامه از پیش تعیین شده با توجه به حدود و ثغور یک سازمان قابل ارائه خواهد بود. در صورتیکه استقرار یک BPMS با در نظر گرفتن حیطه نفوذ آن در سطح کل فرایندهای سازمانی متفاوت بوده و با توجه به پیچیدگی فرایند قابل ارائه خواهد بود. به بیان دیگر فرایند استقرار اتوماسیون اداری کلاسیک و فرایند استقرار نرم افزار BPMS است.
کمیته راهبری و مدیریت سیستم متفاوت: کمیته راهبری نرم افزار اتوماسیون اداری معمولا شامل همکاران دبیرخانه و مسئولین دفاتر بوده در صورتیکه کمیته راهبری نرم افزار BPMS شامل زیر کمیته‌های تخصصی با اعضای مالکین فرایند و کمیته اصلی راهبری با هدف حفظ یکپارچگی زیر فرایندها است.
آنالیز محتوایی فرایند: امکان آنالیز محتوایی فرایند در BPMS وجود دارد در صورتیکه با توجه به متن محور بودن نرم افزار اتوماسیون اداری، محدود آنالیز در سطح متن بسیار محدود خواهد بود. با این تحلیل‌ها امکان تولید داشبوردهای مدیریتی وجود دارد. این قدرت تحلیل محتوایی مهمترین تفاوت نرم افزار اتوماسیون اداری و BPMS است.
