محمد حنیف‌نژاد، سعید محسن و حسن نیک‌بین (معروف به عبدی) از دانشجویان دانشگاه تهران در طی سال‌های ۱۳۳۹ تا ۱۳۳۴ بودند. دو نفر اول از اعضای برجسته‌ی انجمن‌های اسلامی دانشجویان دانشگاه تهران و هم‌چنین از اعضای نهضت آزادی ایران و از فعالین بخش دانشجویی آن بودند. فرد سوم از اعضای نهضت آزادی بود که در سال ۱۳۴۱ و در رابطه با فعالیت‌های سیاسی، دانشکده را رها کرد و با دو نفر فوق همکاری داشت. این ۳ تن که اساسا در بخش دانشجویی نهضت آزادی و در محیط دانشگاه و دانشجویان فعالیت می‌کردند، از همان ابتدای تشکیل نهضت مرتبا رهبران نهضت آزادی را برای سازش‌کاری و عدم قاطعیت در برخورد به رژیم شاه مورد انتقاد قرار دادند.
این انتقادات به خصوص در مقطع ۶ بهمن ۱۳۴۱ بالا گرفت و در مدت زندان و یا پیش آمدن ۱۵خرداد عمق بیشتری یافت و موجب گردید تا پس از آزادی محمد حنیف‌نژاد و سعید محسن در شهریور ۱۳۴۲ از زندان این دو تن به همراه نفر سوم جمع‌بندی از وضعیت سیاسی موجود و دلایل شکست نهضت آزادی را به عمل آورند و به این صورت به تشکیل سازمان مجاهدین خلق مبادرت کردند.
۲ - فعالیت‌سازمان در دوره ۱۳۳۴ تا ۱۳۵۰
به دنبال بنیانگذاری سازمان و به عنوان اولین اقدام کلاس‌های آموزشی از سوی محمد حنیف‌نژاد و سعید محسن در تهران تشکیل گردید که به توصیه آنها و از طریق مسئولین انجمن‌های اسلامی و یا نهضت آزادی جلسات به صورت هفتگی برگزار می‌شد و در آن مسائل ۴ گانه ایدئولوژی، اقتصاد، سیاست و تشکیلات آموزش داده می‌شد و درباره آنها بحث به عمل می‌آمد. در کنار این جلسات آموزشی برنامه کوهنوردی و یا جامعه‌گردی در رفتن به مناطق فقیرنشین شهر و صحبت با مردم درباره وضعیت زندگی آنها و عقاید سیاسی و مذهبی‌شان و جمع‌بندی از این بازدیدها و استفاده از آن در مباحث کلاس‌های آموزشی و نوشتن مقاله و..) نیز مرتبا توسط افراد کلاس، با حضور و چه بدون حضور او انجام می‌گردید. پس از گذشت چند ماه کلاس‌های آموزشی گسترش بیشتری یافت به طوری که محمد حنیف‌نژاد و سعید محسن به تنهایی قادر به اداره همه آنها نبودند. از این رو به تدریج از افراد تحت آموزش دوره اول برای اداره حوزه‌ها و کلاس‌های جدید که عموما افراد شرکت کننده در آنها در سطح پایین‌تری قرار داشتند، استفاده به عمل می‌آمد.
۳ - مرکزیت سازمان و روند عضوگیری
از جمله وظایف اعضاء و به خصوص اعضای اولیه سازمان عضوگیری افراد قابل اعتماد پس از گذراندن دوره آموزشی و تحت نظر مسائل مربوطه بود. روند عضوگیری از همان ابتدا به طور جدی دنبال می‌شد به طوری که تعداد حوزه‌های سازمان که در بدو بنیانگذاری آن از حدود ۵ حوزه تجاوز نمی‌کرد، پس از گذشت حدود ۱.۵ سال تقریبا به ۳ برابر میزان اولیه رسید. پس از تهران به فعالیت سازمان در برخی از شهرستان‌ها نظیر تبریز و شیراز نیز شروع گردید و به خصوص در این دو شهرستان فعالیت سازمان به تدریج رشد و گسترش زیادی یافت. در اوایل سال ۴۶ عبدی از سازمان کناره‌گیری کرد. در سال ۱۳۴۸، به تدریج بر تعداد اعضای مرکزیت افزوده شد و افراد زیر نیز به عضویت مرکزیت درآمدند: علی باکری، بهمن بازرگانی، حسین روحانی، علی میهن دوست، محمود عسگری‌زاده، ناصر صادق و نصرالله اسماعیل زاده. در بهار سال ۱۳۵۰، ۴ نفر دیگر به نامه‌ای زیر به مرکزیت راه پیدا کردند: رضا رضایی، محمد بازرگانی، مسعود رجوی و کریم تسلیمی.
۴ - برنامه آموزشی سازمان
برنامه آموزشی از همان ابتدای تشکیل در سال ۱۳۴۴ و در درون حوزه‌ها شامل ۴ بخش ایدئولوژی سیاست، اقتصاد و تشکیلات بود که معمولا در هر جلسه هفتگی درباره تمامی و یا چند بخش از آنها بحث و گفتگو به عمل می‌آمد. برنامه آموزشی در ابتدا محدود و در سال‌های بعدی مفصل‌تر و شامل سه مورد مقدماتی متوسط و عامی گردید، اما در زمینه ایدئولوژی اساس کار را قرآن و سپس نهج‌البلاغه تشکیل می‌داد و در هر جلسه حوزه ابتدا چند آیه از سوره‌های مختلف قرآن (بیشتر سوره‌های توبه، انفال، احزاب، محمد) قرائت و تفسیر می‌شد و گاه به جای قرآن بخشی از نهج‌البلاغه (و از آن جمله خطبه‌ی وصیت حضرت علی (علیه‌السّلام) و نامه به عثمان بن حنیف) بحث و تفسیر می‌شد. در ارتباط با مباحث ایدئولوژیک به غیر از قرآن از تفسیر قرآن و نهج‌البلاغه، ابتدا متن مقاله‌ای ۴۰ صفحه‌ای که درباره جهان آفرینش هدف‌د‌ار بودن آن جایگاه انسان و هدف آفرینش آن و بالاخره هدف انبیا و مفهوم پرستش بحث کرده بود، آموزش داده می‌شد. بعدها در سال ۱۳۴۷، ۱۳۴۸ با تشکیل گروه ایدئولوژی و تهیه جزوات شناخت تکامل (راه انبیا، راه بشر) این گروه مضمون آموزشی ایدئولوژی سازمان را این جزوات تشکیل می‌داد.
۵ - مواضع ایدئولوژیک سازمان
سازمان از همان ابتدا معتقد به ایدئولوژی اسلامی بود، لیکن آنچه را که به عنوان ایدئولوژی اسلامی مورد نظر داشت، دارای ویژگی‌هایی بود که در جریان رشد و به اصطلاح تکامل خود، بیانگر طرز تفکر و عقیده‌ی خاصی درباره‌ی اسلام می‌گردید و در حقیقت، با اسلام و شریعتی که از سوی فقهای برجسته‌ی اسلامی معرفی گردیده بود، تفاوت اساسی داشت.
سازمان عقیده داشت که اسلام و حقیقت آن، پس از دوره‌ی صدر اسلام و امامت ائمه طاهرین (علیه‌السّلام)، دچار انحرافات اساسی گردیده است. سازمان اصول دین و مذهب را قبول داشت، با این توضیح که در مورد نبوت و امامت قائل به عصمت حضرت رسول و ائمه هدی نبود و معتقد بود که آنها نیز دچار خطا و اشتباه می‌شدند.
در مورد غیبت حضرت مهدی نیز در عین حال که سکوت اختیار کرده و روی آن بحثی به عمل نمی‌آورد، لیکن در مجموع به آن اعتقادی نداشت.
سازمان معاد را هم جسمانی می‌دانست و تفسیرش از بهشت و جهنم و نعمات و عذاب‌های آن جنبه مثالی داشت که قرآن برای برجسته ساختن آن جهت مردم آن دوره به آن تمثیلات، تمسک جسته است.
در رابطه با اجتهاد و ولایت فقیه، در عین حال که به طور کلی این مساله را قبول داشت، لیکن با توجه به تفسیر و تحلیلی که درباره‌ی اجتهاد داشت، آن را، دست‌کم در آن شرایط، صرفا در صلاحیت خود می‌دید، نه در صلاحیت روحانیت. از همین رو برای اعضای سازمان، هیچ گاه مساله‌ی تقلید از مجتهدین مطرح نبود و مرجع نهایی آنها در کلیه‌ی مسائل عبادی و سیاسی، سازمان بود.
۶ - گروه سیاسی در سال ۱۳۴۸ و جهت تدوین مقالات و تحلیل‌های سیاسی وجود آمد که سعید محسن در راس آن قرار داشت. این گروه موفق شد اطلاعات بسیار زیادی از افراد و تاسیسات عمده رژیم شاه را جمع‌آوری نماید.
۷ - گروه روحانیت و بازار محمد حنیف نژاد در راس گروهی قرار داشت که در سال ۱۳۴۸ به وجود آمده بود و وظیفه داشت که با روحانیون و بازاری‌های مبارز ارتباط برقرار کند. در این رابطه سازمان و به خصوص شخص حنیف‌نژاد با عناصر مختلفی از روحانیت مبارز و بازاری‌ها ارتباط داشت لیکن این ارتباط به جز در موارد معدود موجب طرح مستقیم وجود سازمان با آنها نمی‌گردید و مسائل به صورت کلی و عمومی مطرح می‌شد.
شماری از روحانیون (آیت‌الله منتظری، آیت‌الله بهشتی، آیت‌الله طالقانی، محمدتقی جعفری و گلزاده غفوری) در ایران از فعالیت سیاسی مجاهدین حمایت کرده و مخصوصا به لحاظ مالی آنان را تامین کردند. این رویه تا زمانی که سازمان مشی خود را به آرامی از اردیبهشت سال ۵۲ به بعد عوض کرد، ادامه داشت. پس از آن که در شهریور ۱۳۵۴ تحول درونی سازمان آشکار شد این کمک‌ها نیز قطع شد.
۸ - ارتباط با نهضت آزادی علاوه بر روحانیون سازمان با برخی از افراد نهضت آزادی تماس داشت و این افراد مهندس بازرگان، دکتر عباس شیبانی و عزت‌الله سحابی بودند که در این رابطه مهندس بازرگان به دلیل اختلاف با مواضع و تحلیل‌های سازمان حاضر به همکاری آنان نشد و دو تن دیگر از این قضیه استقبال و آمادگی خود را جهت همکاری با آنان اعلام کردند. سازمان با عناصری چون دکتر شریعتی تماس مستقیم نداشت، چرا که کلا سازمان با شیوه‌های مبارزاتی دکتر شریعتی و امثال او که حاضر نبودند به صورت سازمان یافته به مبارزه علیه رژیم بپردازند اعتقادی نداشت.
۹ - گروه کارگری در سال ۱۳۴۸ و با مسئولیت یکی از افراد مرکزیت (گروه ناصر صادق) به وجود آمد این گروه وظیفه داشت با کارگران کارخانجات تماس گرفته و با کار آموزشی روی آنها به تدریج آنها را جذب سازمان کرده و به کمک آن دست به فعالیت سیاسی گسترده در سطح کارخانجات بزنند این گروه در مجموع فعالیت چشمگیری نداشت و نتوانست به جز تعداد بسیاری معدودی از کارگران را جذب نماید.
۱۰ - تشکیل گروه مطالعات روستایی گروه روستایی با مسئولیت عبدالرسول مشکین‌فام از همان سال ۱۳۴۸ تشکیل شد. از عوامل ضرورت تشکیل گروه به زعم تشکیلات، برنامه اصلاحات ارضی رژیم شاه و پیروزی مبارزات دهقانی در جریان انقلاب چین بود.
۱۱ - موضع سازمان در قبال چین و شوروی در تحلیل سازمان، انقلاب سوسیالیستی روسیه و چین به عنوان انقلاب زحمتکشان و توده‌های تحت سیستم این کشورها به رهبری لنین و مائو که ادامه دهنده راه انبیاء در دوران معاصر و انقلابیون پیشتاز تلقی می‌شدند، ارزیابی می‌شد. سازمان همواره انقلاب چین و رهبری آن را مورد تایید قرار می‌داد. این امر به ویژه در سال‌های نخستین بنیانگذاری سازمان بیشتر مشهود بود، چرا که در آن زمان چین، موضعی به شدت ضد آمریکایی داشت.
۱۲ - سیستم امنیتی سازمان سیستم امنیتی سازمان در تکامل یافته‌ترین شکل خودش و در مقایسه با آن چه که در سال‌های پس از ۱۳۵۰ و به خصوص در سال‌های ۱۳۵۴ و ۱۳۵۵ در سازمان‌های سیاسی معتقد به مشی مسلحانه وجود داشت تا حد زیادی ابتدایی و غیره پیچیده بود. به طوری که ضربه نخوردن سازمان را در طول چندین سال یعنی ۴۴ تا ۵۵، باید تا میزان قابل ملاحظه‌ای ناشی از عدم پیچیدگی ساواک و ضعف تجربه‌ای دانست.
۱۳ - مسائل خارج از کشور شروع فعالیت‌های خارج از کشور سازمان را باید از سال ۱۳۴۸ و از هنگام مسافرت برخی از افراد سازمان به خارج از کشور جهت تماس و ارتباط با سازمان الفتح دانست. این تماس‌ها به خاطر تامین آموزش نظامی افراد سازمان بود. که یکبار در پائیز سال ۱۳۴۸ در پاریس و سپس در دوحه مرکز قطر برقرار گردید. و این هر دو تماس، خود زمینه را برای ملاقات و مذاکرۀ نهایی هیات نمایندگی سازمان با نمایندگان سازمان الفتح در امان مرکز اردن در تابستان ۱۳۴۹فراهم کرد. فعالیت خارج از کشور سازمان را باید به طور عمده در فرستادن افراد مورد نظر سازمان به اردوگاه‌های فلسطین و فعالیت‌های تدارکاتی مربوط به این مساله تامین آموزش این افراد، تامین و ارسال میزان محدودی سلاح و مهمات (که عمدتا توسط فلسطینی‌ها فراهم می‌شد) تماس با برخی از سفارتخانه‌ها (چین، الجزایر، و کوبا) در فرانسه و بلاخره فعالیت‌های مربوط به جریان آزادی زندانیان دوبی و مسائل مربوط به آن خلاصه کرد.
