بیش از 80 درصد زیرساخت انتقال آب زاینده رود به یزد در زمان ریاست جمهوری هاشمی رفسنجانی انجام شد ولی این انتقال مشروط بر انتقال خط دوم و سوم آبرسانی به حوضه زاینده رود بود و صراحتا در قانون تدوین شده بوده تا قبل از تکمیل و راه اندازی این خطوط انتقال هیچ بارگذاری جدیدی بر زاینده رود نباید باشد با ریاست جمهوری خاتمی قول تکمیل خطوط دوم و سوم آبرسانی به فلات مرکزی ایران را طی 2/5 سال می دهد و خاتمی می خواهد با این وعده انتقال آب از زاینده رود را به یزد کلید بزند اما همچنان این کار تا قبل از تکمیل خطوط غیرقانونی است این رئیس جمهور یزدی حیله ای به کار می گیرد تا انتقال آب یزد قبل از تکمیل خطوط آبرسانی انجام شود امنیتی کردن اوضاع یزد و کشاندن موضوع انتقال آب به شورای عالی امنیت ملی .
رئیس جمهور آقای خاتمی ید طویلی در بهم زدن امنیت و ایجاد آشوب داشت او با تشکیل شورای عالی امنیت ملی برای درگیری های یزد در جلسه گفته بود آخر به من بگوید یزد جزء ایران هست یا نه؟ تکلیف ما را روشن کنید!
خلاصه خروجی این جلسه کلید زدن اضطراری انتقال آب به یزد بدون بارگذاری ها با توجه به شرایط امنیتی پیش آمده بود و قرار شد ابتدا سالی 60 الی 70 میلیون متر مکعب از حوضه زاینده رود به یزد منتقل شود .
اسفند 1378 اولین انتقال آب به یزد با احتساب سالی 67 میلی متر مکعب انجام شد اما این آمار رفته رفته افزایش یافت تا جایی که تیرماه 79 میزان آب انتقالی به بزد به سالی 98 میلی متر مکعب رسید و سال 79 اولین خشکی زاینده رود اتفاق افتاد از آن سال به طور متوسط سالی 100 میلی متر مکعب آب به یزد منتقل می شود بدون اینکه وعده خطوط دوم و سوم آبرسانی محقق شود و توسعه گلخانه ها صنعت و گردشگری یزد با آب زاینده رود انجام شده است از آن سال تا امروز حق آبه محیط زیست اصفهان و حق آبه گاوخونی پرداخت نشد و رفته رفته زیر این شهر خالی و خالی تر شد .
خشکاندن زاینده رود پشت پرده های دیگری هم داشت مزایده خاک کف زاینده رود برای کشاورزی و برنده شدن هلند در این مزایده و فروش میلیاردی این خاک جمع آوری ماسه های کف رودخانه در طی سالیان متمادی و فروش میلیاردی این ماسه ها تجاوز به بستر رودخانه و فروش میلیاردی بستر و کاسبی با این تجاوز آشکار آب فروش با نهادینه کردن این بستر خشک نزد حق آبه داران و القای خشکی چهل ساله به جای نمایش حقیقت !
