سازمان مجاهدین خلق سازمان سیاسی اسلام گرا و چپ گرا با ساختار شبه نظامی است.رهبری این سازمان با مسعود رجوی و مریم رجوی است.این سازمان در ۱۵شهریور سال۱۳۴۴ به رهبری محمد حنیف نژاد،سعیدمحسن و عبدالرضا نیک بین پایه گذاری شد،اما بعد از انقلاب ۱۳۵۷ عبدالرضا نیک بین از فهرست رسمی بنیان گذاران حذف شد. سازمان مجاهدین پس از شکل گیری به اقدام مسلحانه بر ضد دودمان پهلوی پرداخت.درسال ۱۳۵۱ ساواک موفق به دستگیری رهبران اولیه این سازمان شد و به حکم دادگاه نظامی موقت،به جرم اقدام علیه امنیت کشور،اعمال تروریستی(ترور اتباع ایرانی و آمریکایی)به اعدام محکوم و برخی زندانی شدند.
پس از انقلاب پس از پیروزی انقلاب ۱۳۵۷بخش مذهبی این سازمان به رهبری موسی خیابانی و مسعود رجوی فعالیت خود را تحت عنوان جنبش ملی مجاهدین اعلام کردند ولی درباره اختلاف نظر با روحانيون از جمله روح الله خمینی به مخالفت بر ضد نظام جمهوری اسلامی روی آورد.پس از تظاهرات ۳۰ خرداد ۱۳۶۰ و برکناری بنی صدر،این سازمان هدف خود را سرنگونی نظام جمهوری اسلامی ایران عنوان کرد. .اعضای این سازمان دوسال بعد از جنگ ایران و عراق در سال ۱۳۶۱ به عراق رفتند و با همکاری ارتش عراق،اقدام به تشکیل ارتش آزادی بخش ملی ایران کردند و در کنار ارتش عراق در جنگ بر ضد ایران مشارکت کردند.
جاسوسی سازمان برای صدام سازمان مجاهدین خلق از بدو ورود رژیم بعث عراق تا سقوط صدام از همکاری با آن خودداری نکرد. سرکوب قیام مردم کردستان عراق، مقابله با انتفاضه شعبانیه شیعیان عراق، شنود و تخلیه اطلاعات و حتی شکنجه اسرای ایرانی وهمچنین برای جاسوسی با لباس رزمندگان ایرانی وارد خطوط جبهه می‌شدند، اطلاعات کسب می‌کردند و به ارتش بعث عراق می‌دادند این ها از جمله اقدامات منافقین در همکاری یا به عبارتی مزدوران صدام بود. این سازمان علاوه بر انجام عملیات علیه ایران، برای صدام جاسوسی می کرد. با توجه به اهمیت تخلیه تلفنی، با وجود مشکلات مختلف عراقی ها، بهترین و گسترده ترین امکانات برای این منظور به دستور صدام حسین در اختیار منافقین قرار گرفت.
یکی از مهم ترین دلایل همکاری رجوی با عراق تمایل وی برای به رسمیت شناخته شدن در عرصه دیپلماتیک بود.
زنان در مجاهدین خلق سازمان مجاهدین خلق تا سال۱۳۴۸ یعنی تا ۴سال بعد از اینکه توسط افرادی از نهضت آزادی ایجاد شد اصلا هیچ نیروی خانمی در آن عضو نبود و یک سیستم کاملا مردانه داشت.تا این که ساواک طرحی برای مقابله با اقدامات مجاهدین خلق تهیه کرد .در این طرح به همه بنگاه های املاک کشور دستور داده شد تا هر خانه ای که به مرد مجرد اجاره می دهند اطلاعات آن را در اختیار ساواک قرار دهند،با این شرایط نیرو های مجاهدین خلق نمی توانستند خانه های تیمی اجاره کنند و پای خانم ها به این گروه باز شد که اغلب مذهبی بودند چون در آن زمان هنوز ظاهر سازمان مجاهدین خلق،گروهی بود که مقید به احکام اسلامی است و این روند جذب خانم ها کم کم موضوعی را به اسم ازدواج سازمانی به وجود آورد. در دوران حکومت پهلوی و جمهوری اسلامی از لقب «مارکسیست اسلامی» برای این سازمان استفاده می‌شده‌است.در ادبیّاتِ حکومتی ایران از سازمان مجاهدین خلق با عناوینی چون «سازمان منافقین» یاد می‌شود. بسیاری از اعضای جدا شده و همچنین محققان این سازمان را دارای ماهیت فرقه‌ای دانسته و از عنوان فرقه رجوی برای اشاره بدان استفاده می‌گردد.
ترورها این سازمان به وسیله حکومت پهلوی سابق و جمهوری اسلامی ایران و دولت عراق به عنوان یک سازمان تروریستی شناخته شده‌است. برخی دولت‌های غربی نیز برای حدود یک دهه این سازمان را در فهرست گروه‌های تروریستی قرار داده بودند اما بعداً این سازمان را از این فهرست خارج کردند. سازمان مجاهدین خلق از ۳۰خرداد ۱۳۶۰ علیه نظام جمهوری اسلامی ایران اعلام مبارزه مسلحانه کرد.مسعود رجوی گفته است در مرحله اول از سال ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۱،دوازده هزار نفر کشته شدند.به همین جهت این سازمان از سوی جمهوری اسلامی ایران سازمان تروریستی محسوب می‌شود. علاوه بر عملیات های مسلحانه ای که سازمان مسؤلیت آن را پذیرفته است برخی ترور ها و عملیات های نظامی دیگر هم به سازمان نسبت داده شده است.
ترورهای ناموفق:
عباس واعظ طبسی،در سال ۱۳۶۱
صادق احسان بخش،امام جمعه رشت در سال ۱۳۶۱
سید احمد خمینی،۲۵ خرداد ۱۳۶۱
ترور های دیگر:
انفجار در دفتر نخست وزیری جمهوری اسلامی ایران که در آن محمد علی رجایی،محمد جواد باهنر و هوشنگ وحید دستجردی به همراه یک نفر دیگر کشته شدند.
سید علی خامنه ای،۶ تیر سال ۱۳۶۰ در مسجد ابوذر تهران که منجر به صدمه دیدن دست راست او شد.
بمب گذاری در دفتر حزب جمهوری اسلامی در ۷ تیر ۱۳۶۰،که در آن سید محمد بهشتی و بیش از ۷۰ تن از اعضای حزب جمهوری اسلامی کشته شدند.
کشته شدگان سرشناس:
اسدالله مدنی،۲۰ شهریور ۱۳۶۰
عبدالکریم هاشمی نژاد،۷ مهر ۱۳۶۰
عطاالله اشرفی اصفهانی،۲۳ مهر سال ۱۳۶۱
علی صیاد شیرازی،۲۱ فروردین ۱۳۷۸
شکنجه و فریب اسرا اما اقدام دیگری که منافقین در قبال هم‌وطنانان خود در زندان‌های رژیم بعث عراق انجام می‌دادند، شکنجه آنان بود. این شکنجه‌ها جسمی و بیشتر و مهمتر از همه روحی بود. منافقین در برخورد با اسرای ایرانی به دنبال دو هدف بودند؛ نخست اینکه از آنان برای رژیم بعث عراق کسب اطلاعات کنند و دوم اینکه از بین اسرا، نیرو جذب کنند. فریب و شکنجه روحی دو روش منافقین برای دستیابی به این اهداف بود. آنان تلاش داشتند با تضعیف روحیه اسرا، هم اطلاعات کسب کنند و هم نیرو جذب کنند، اما به اعتراف اعضای جداشده سازمان تنها تعداد کمی از اسرا که زیرشکنجه بعثی‌ها تحت فشار بودند، در برابر عملیات روانی منافقین کم آوردند و به امید اینکه با رفتن به پادگان اشرف به کشور بازخواهند گشت، به آنان پیوستند.
هادی شعبانی، یکی از اعضای جدا شده سازمان، در خاطرات خود با عنوان شعار آزادی سازمان مجاهدین به مزدور و جاسوسی می نویسد: اسرای جنگی که در اردوگاه های عراق وضعیت خوبی نداشتند و توسط سربازان عراقی مورد آزار و اذیت قرار می گرفتند، مسئولان سازمان می گویند: که عملیاتی در پیش داریم، اگر به ما ملحق شوید، بعد از پیروزی آزاد می شوید تعداد کمی از اسرا به اشرف منتقل شدند، تعدادی از آنها در عملیات جان باختند یا تعدادی فرار کردند. بسیاری از اعضای جداشده سازمان و همچنین محققان این سازمان را دارای ماهیت فرقه‌ای می‌دانند. مخالفت با خانواده و مغزشویی از ویژگی‌های اصلی فرقه است. مسعود رجوی در سال ۱۹۸۵ اولین مرحله از آنچه انقلاب ایدئولوژیک می‌خواند را اعلام کرد. مرحله تبدیل شدن مجاهدین خلق از سازمان به فرقه از این مرحله آغاز گردید. در این مرحله مهدی ابریشمچی از اعضای رده بالای سازمان همسر خود مریم قجَر عضدانلو را طلاق داد و مریم قجر با مسعود رجوی ازدواج کرد. در فاز بعدی از آنچه رجوی انقلاب ایدئولوژیک می‌نامید در سال ۱۹۹۰ و پس از پایان جنگ ایران و عراق و شکست سازمان در برابر ایران، همه اعضا متأهل ملزم شدند که طلاق بگیرند و یکسال بعد وی فرزندان اعضا را از پایگاه اشرف به اروپا منتقل کرد و از خانواده‌ها جدا نمود. حدود ۸۰۰ کودک از خانواده‌ها جدا شده و اروپا انتقال یافتند تا تحت نظر سازمان بزرگ شوند.
