فیلم‌های زیادی از خیانت مجاهدین خلق در زمان جنگ تحمیلی وجود دارد که وقتی حزب بعث علیه مردم ما می‌جنگد منافقین درحال دریافت پول و امکانات هستند و اعلام می‌کنند که در اماکن عمومی بمب‌گذاری کرده و به این وسیله مردم را از بین می‌برند. در زمان جنگ کشور ما مورد هجمه قرار گرفته و خاک آن در اختیار دشمن بود و کسانی مثل منافقین دست در دست صدام به این جنایات دامن زدند. هر سال هفته دفاع مقدس برنامه‌های زیادی برگزار می‌شود اما هیچ سال نقش نفاق را در جنگ تحمیلی به‌خوبی بیان نمی‌کنیم. گروهک منافقین از سال 60 درجهت کمک به صدام نقش پررنگی داشته است. سازمان منافقین وقتی دید مارکسیست‌ها در جامعه پذیرش ندارند تلاش کرد شکل دیگری بگیرد و با شعارهای اسلامی توانست حدود 30 هزار نفر از مردم را جذب سازمانش کند.
منافقین مرتب شکل عوض می‌کنند. آنها یک گروهک وابسته بوده و هستند که آن روزها با عملیات نظامی با مردم مواجه می‌شدند و امروز هرچند مواجهه نظامی با ایران ندارند اما فروپاشاندن جامعه و اتحاد مردم هدف اصلی آن‌هاست و قدرت‌های بزرگ دنیا از آنها حمایت می‌کنند. مقام معظم رهبری هم فرمودند: «نباید جای شهید و جلاد با هم عوض شود.»، وقتی حافظه تاریخی یک ملت تغییر کند این اتفاق خواهد افتاد. هفته‌های دفاع مقدس فرصت خوبی برای پرکردن جای خالی این حقایق است. فراموش نکنیم وقایعی همچون تشییع پیکر غواصان دست‌بسته شهید نیز سندی بر جنایت منافقین است اما متأسفانه این موضوع را درست تبیین نکردیم، هرچند خود جریان نفاق در آن موضوع جهت‌گیری مشخصی را اعلام کرد.
محمدرضا سرابندی، نویسنده کتاب جنایت پیشگان نیز درباره این موضوع گفت: خیانت‌های منافقین در جنگ تحمیلی در اذهان عمومی منحصر به عملیات مرصاد شده است درحالی که ما در کتاب هم بارها گفته‌ایم این جنایت ابعاد بیشتری داشته است، از شنود تلفنی گرفته تا سیاه‌نمایی‌های پشت‌جبهه، تحریف اخبار و ترورها را در بر می‌گیرد. منافقین مأموریتی را تحت عنوان اعزام و عزیمت داشتند که در آن فرماندهان و رزمندگان ایرانی را به‌هنگام بازگشت از جبهه ترور می‌کردند تا به این وسیله مردم را از رفتن به جبهه پشیمان و دلسرد کنند. تا خرداد سال 60 این تبلیغات و سیاه‌نمایی‌ها ادامه داشت و وقتی بدنه اصلی به کردستان عراق منتقل شد، مسعود رجوی وارد عراق شد و از سال 64 پایگاه‌های رسمی در عراق دایر کرد.
عناصر سازمان منافقین با توجه به اینکه به زبان فارسی مسلط بودند با تجهیزات رژیم بعث اخبار را شنود کرده و در رمزگشایی کلمات به بعثی‌ها کمک می‌کردند همچنین با لباس رزمندگان ایرانی وارد خطوط جبهه می‌شدند و تخلیه اطلاعات می‌کردند. عملیات کربلای4 به همین شکل لو رفت همچنین عملیات آفتاب در فروردین سال 67 که به‌زعم سازمان برنامه‌ریزی و اجرا شد توسط انتقال اطلاعاتی از لشگر 77 خراسان بود که توسط آن بسیاری از رزمندگان ارتشی به شهادت رسیدند.
شاید بیش از 90 درصد عملیات‌های جنگ توسط سازمان منافقین شنود و بازگو می‌شد در این میان سیستم اطلاعاتی ایران هم بیکار نبودند و طرح فریب سازمان در چند مورد اجرا شد از جمله عملیات فاو که نیروهای ایرانی با دادن اطلاعات غلط در بی‌سیم منافقین و ارتش عراق را بین هویزه و اهواز سرگردان کردند، در حالی که گردان‌های آماده ایران در آن شرایط به فاو حمله کردند. این مسئله برای سازمان منافقین خیلی ناگوار بود. دو سال بعد برای بازپس‌گیری فاو سازمان خیلی تلاش و در عملیات مشارکت کرد.
منافقین در عراق علاوه بر طرح ایجاد ستون پنجم به‌صورت آشکار در عملیات‌های نظامی هم شرکت می‌کرد. عملیات‌های کلاسیکی همچون فروغ جاویدان (مرصاد)، آفتاب، چلچراغ (مهران) از این جمله بودند. همچنین در عملیات‌های گردانی فعالیت داشت، شناسایی انجام داده و با پشتیبانی رژیم بعث عراق وارد عملیات می‌شد. اما سازمان هیچ وقت تصرف مناطق را در اهداف خود قرار نداده بود. منافقین به‌دنبال ضربه زدن و اسیرگرفتن از نیروهای ایرانی بودند تا با کارکردن به‌روی اسرا آنها را جذب سازمان کنند. همچنین آنها در دسته‌های چندنفره به دیده‌بان‌های ایرانی نزدیک شده آنها را به شهادت می‌رساندند. بیش از 20 پایگاه رژیم بعث عراق در جنگ در اختیار منافقین قرار داده شده بود.
جواد کامور بخشایش، نویسنده و پژوهشگر نیز درباره عملکرد منافقین در جنگ تحمیلی گفت: همکاری همه‌جانبه با رژیم بعثی در امور فنی از اصلی‌ترین محورهای فعالیت منافقین در جنگ بوده است که شامل شنود مخابراتی و بی‌سیمی و ترجمه آنها به‌همراه بازجویی از اسرای ایرانی بوده است. به‌دست آوردن اطلاعات محرمانه و سرّی جنگ از طریق عوامل داخلی، رویارویی نظام با عملیات‌های مختلف و ترور شخصیت‌ها در ایران برای تضعیف روحیه مردم از دیگر اقدامات منافقین در طول جنگ بوده است که نقطه عطف ترورها در حادثه 6 تیر اتفاق می‌افتد و در جریان آن مقام معظم رهبری آسیب دیده و از حضور جدی در جبهه‌ها محروم می‌شود. ضمناً اعلام جای اصابت موشک‌ها و ارزیابی میزان صدمات موشکی و نفوذ در اردوگاه‌ها به‌منظور جذب اسرا از دیگر اقدامات مهم منافقین در حمایت از تجاوز رژیم بعث عراق بوده است.
یکی از محوری‌ترین کارهای منافقین در طول جنگ که هنوز به آن پرداخته نشده است نفوذ و سانسور نامه‌های اسرا بود. آنها در جهت شکستن روحیه مقاومت و صبر اسرا نامه‌ها را تغییر داده و به دستشان می‌رساندند. مصداق‌های زیادی در این رابطه هست که باعث شده خیلی از اسرا دچار مشکلات عدیده روحی و روانی بشوند. از سال 65 به بعد محوری‌ترین کار آنها این بود که افراد درجه یک سازمان منافقین را به اردوگاه‌ها فرستاده تا برای اسرا صحبت کنند و به آنها وعده و وعید بدهند. اگر موفق نمی‌شدند عمدتاً افراد را زیر شکنجه قرار می‌دادند و با تاکتیک‌های شکنجه روانی تلاش خود را ادامه می‌دادند.
