شهر ناگازاکی یکی از شهرهای بندری مهم و یکی از بنادر بزرگ زمان جنگ ژاپن به شمار می رفت در این شهر کارخانجات بزرگ زیادی وجود داشت که به تولید مهمات جنگی و کشتی و تجهیزات جنگی می پرداختند ناکازاکی در مقایسه با هیروشیما که یک شهر مدرن بود دارای ساختمان کهنه بود که با سبک قدیمی ژاپنی و همه از چوب ساخته شده بود حتی بسیاری از کارخانجات نیز در ساختمان های ساخته شده بودند که از چوب بوده و یا چوب بود و یا چوب در آن به مقدار بسیار زیادی به کار رفته بود شهر برای سال های زیادی بدون داشتن یک برنامه جامع رشد کرده و کارخانجات بسیاری در دره ای که در نزدیکی شهر قرار داشت ساخته شده بود.
ناگازاکی همچنین هرگز در سطح وسیعی مورد حمله هوایی بمباران متفقین قرار نگرفته بود اگرچه در تاریخ ۱ آگوست ۱۹۴۵ شهر توسط چند بمب افکن آمریکایی بمباران شد از چند آتش سوزی در بندرگاه و در ناحیه جنوب غربی شهر رخ داد و کارخانجات استیل و تولید جنگ افزار میتسوبیشی نیز آتش گرفت و شش بمب نیز بر روی مدرسه پزشکی و بیمارستان شهر افتاد اما خسارات وارده اندک بود این واقعه موجب شد تا مقامات اقدام به تخلیه مردم شهر به خصوص کودکان از ناگازاکی به مناطق روستایی نماید در اوایل آگوست شهر مجهز به چهار توپ ۸/۲اینچی دو نورافکن شد در شمال ناگازاکی کمپ نگهداری اسرای انگلیسی و دیگر کشورهای مشترک المنافع قرار داشت که بعضی از آن در معدن زغال سنگ کار می کردند و صرف زمانی از بمباران اتمی باشند که از اعماق معدن به سطح زمین آمدند.
در صبح روز ۹ آگوست ۱۹۴۵ بمب افکن بی- ۲۹به نام بوکاسکار که توسط سرگرد چارلز دبلیو سوینی هدایت میشد و بمب اتمی مرد چاق را حمل میکرد از جزیره تینیان به قصد بمب باران شهر کو کورای ژاپن از زمین برخاست در حالی که شهر ناگازاکی به عنوان هدف دوم شهر کوکورا انتخاب شده بود گروهی که مأموریت دوم را اجرا میکرد تقریباً مشابه گروهی بود که هیروشیما را بمب باران .کرد این بار نیز دو هواپیمای بی ۲۹- یک ساعت قبل از گروه اصلی هدف پرواز نمودند تا وضعیت آب و هوایی شهر هدف را بررسی کنند سوینی در حالی از زمین برخاست که بمب اتمی با یک ضامن الکتریکی در وضعیت امنیتی بی خطر قرار گرفته .بود زمانی که هواپیمای سوینی به محل ملاقات هواپیماهای دیگر رسید یکی از هواپیماها به نام تعفن بزرگ به رهبری جیمز ای هاپکینز موفق به رسیدن به محل ملاقات نشد و برای مدت ۴۰ دقیقه به گشت زنی در اطراف محل ملاقات مشغول شد و سپس در حالی که فقط ۳۰ دقیقه از زمان برنامه ریزی شده باقی مانده بود تصمیم گرفت تا بدون هاپکینز به مأموریت خود ادامه دهد. نیم ساعت بعد این تیم عملیاتی برفراز شهر کوکورا رسید و مشاهده نمود که ۷۰ درصد آسمان شهر را ابر پوشانده است و امکان دیدن هدف و یا فیلم برداری از آن امکان پذیر نیست. پس از سه دور پرواز برفراز شهر و به دلیل کمبود سوخت تصمیم گرفتند تا با تغییر مسیر به سوی شهر ناگازاکی رهسپار شوند کمبود سوخت مشخص نمود که پس از بمب باران بوکاسکار نمیتواند به ایوجیما برسد و بایستی به سوی اوکیناوا حرکت کند سوینی همچنین تصمیم گرفت تا در صورتی که امکان بمبباران ناگازاکی وجود نداشت در هنگام بازگشت بمب را در صورت نیاز بر روی اقیانوس رها و منفجر کند.
در ساعت ۷:۵۰ دقیقه به وقت ژاپن صدای آژیر خطر حمله هوایی در ناگازاکی شنیده شد و در ساعت ۸:۳۰ دقیقه صدای آژیر خطر تمام عیار در ناگازاکی به صدا درآمد. ساعت ۱۰:۵۳ دو هواپیمای بمب افکن بی -۲۹ برفراز شهر مشاهده شد ساعت ۱۱:۰۰ هواپیمای شناسایی تصور گردید و اعلام خطر بیشتری صورت نگرفت در هواپیمای آرتیست بزرگ اقدام به فروریختن سه سند که با چتر نجات پرتاب شده بودند نمود.
ساعت ۱۱:۰۱ ابرها از فراز شهر ناگازاکی کنار رفتند و کاپیتان کرومیت بیاهان که وظیفه پرتاب بمب را برعهده داشت موفق شد هدف را به خوبی مشاهده نماید و بمب اتمی موسوم به مرد چاق که دارای ۴/۶ کیلوگرم پلوتونیوم ۲۳۹ بود برفراز شهر ناگازاکی رها شد. این بمب ۴۳ ثانیه پس از رها سازی در فاصله ۴۶۹ متری از زمین و بر روی دره ای که صنایع شهر در آن مستقر شده بود منفجر شد.
این نقطه تقریباً در سه کیلومتری شمال غربی نقطه ای بود که می بایست منفجر می شد انفجار بمب برفراز یک دره موجب حبس قدرت تخریب در دره شد و دلیل اصلی وارد شدن خسارت کمتر به شهر بود. قدرت این انفجار در حد انفجار ۲۱ کیلو تن تی ان تی برآورد شده است و گرمای تولید شده در این انفجار در حد ۳,۹۰۰ سانتیگراد و شدت موج ناشی از آن در حدود ۱,۰۰۵ کیلومتر در ساعت برآورد می شود.
تعداد کسانی که بلافاصله پس از انفجار کشته شدند بین ۴۰ تا ۷۵ هزار نفر برآورد و تخمین زده می شود که تعداد کشته شدگان تا پایان سال ۱۹۴۵ به رقم ۸۰ هزار بالغ شده باشد. حداقل هشت اسیر جنگی متفقین که شناسایی شدند در میان کشته شدگان بودند و احتمالاً ۱۳ اسیر متفقین در این حادثه کشته شده باشند که یکی از آنها از اتباع کشورهای مشترک المنافع و شش تن از آنها از کشور هلند بودند جو کی یومیا" که یک آمریکایی بود و در زمان بمب باران در شهر حضور داشت از این حادثه جان به در برد. او که در یک زندان بسیار مستحکم قرار داشت به دلیل استحکام سلولش از تأثیرات ناشی از بمب در امان ماند. شعاع تخریب در حدود ۶/۱ کیلومتر بود و پس از تخریب یک آتش سوزی به شعاع ۲/۳ کیلومتر شهر را درنوردید کارخانه تولید اژدر که از تولیداتش در حمله به پرل هاربور استفاده شد در این بمب باران تخریب شد و مکان آن امروزه به عنوان بنای یادبود بمب باران اتمی شناخت می شود.
