پس از پایان جنگ ائتلاف اول و امضای پیمان کامپو فورمیو در ۱۷۹۷، فرانسه در ظاهر به پیروزی بزرگی دست یافته بود. اتریش شکست خورده بود، جمهوریهای اقماری فرانسه در ایتالیا، هلند و سوئیس شکل گرفته بودند و نفوذ سیاسی و نظامی پاریس بهطرز بیسابقهای گسترش یافته بود. اما این پیروزیها به جای ایجاد ثبات، ترس و دشمنی عمیقتری در میان قدرتهای بزرگ اروپا به وجود آورد. بریتانیا، که از ابتدا سرسختترین دشمن انقلاب فرانسه بود، خود را در برابر قدرتی میدید که نهتنها نظامی بلکه ایدئولوژیک تهدیدکننده بود. روسیهٔ تزاری به رهبری پل اول، اتریش، امپراتوری عثمانی، پادشاهی ناپل، پرتغال و چند دولت آلمانی بهتدریج به این نتیجه رسیدند که بدون یک ائتلاف تازه، نفوذ فرانسه مهارشدنی نیست.
جرقهٔ اصلی جنگ ائتلاف دوم را میتوان در سیاستهای تهاجمی فرانسه پس از ۱۷۹۷ دید. اشغال سوئیس و تأسیس جمهوری هلوتیک، دخالت مستقیم در ایتالیا و سرنگونی دولتهای محلی، و مهمتر از همه لشکرکشی ناپلئون بناپارت به مصر در ۱۷۹۸، قدرتهای اروپایی را به شدت نگران کرد. حمله به مصر نه فقط تهدیدی علیه منافع عثمانی بود، بلکه بهطور غیرمستقیم منافع حیاتی بریتانیا در مسیرهای تجاری هند را نیز هدف میگرفت. به این ترتیب، جنگ در چند جبهه همزمان آغاز شد و ابعادی جهانی به خود گرفت.
در سال ۱۷۹۸ و ۱۷۹۹، ائتلاف دوم عملاً شکل گرفت و فرانسه خود را در برابر دشمنانی متعدد یافت. در ایتالیا، نیروهای اتریشی و روسی به فرماندهی ژنرال مشهور روس، الکساندر سووروف، حملات سنگینی را آغاز کردند. ارتشهای فرانسه که پیشتر ایتالیا را فتح کرده بودند، یکی پس از دیگری عقب رانده شدند. میلان، تورین و بخش بزرگی از شمال ایتالیا از دست فرانسویها خارج شد. این شکستها ضربهای جدی به اعتبار نظامی فرانسه وارد کرد و نشان داد که ارتش انقلابی، برخلاف تصور رایج، شکستناپذیر نیست.
در جبههٔ آلمان و سوئیس نیز درگیریها شدید بود. نیروهای اتریشی تلاش کردند نفوذ فرانسه را در راین و آلپ محدود کنند. سوئیس که بهتازگی تحت سلطهٔ فرانسه درآمده بود، به میدان نبردی خونین تبدیل شد. در این منطقه، فرماندهان فرانسوی با وجود کمبود منابع و اختلافات سیاسی داخلی، مقاومت سرسختانهای نشان دادند و مانع پیشروی کامل دشمن شدند.
در دریا، بریتانیا برتری قاطعی داشت. نیروی دریایی سلطنتی که از آغاز انقلاب فرانسه قدرت برتر دریاها بود، با محاصرهٔ بنادر فرانسه و مستعمرات آن، فشار اقتصادی شدیدی وارد کرد. شکست ناوگان فرانسه در نبرد نیل (ابوقیر) در ۱۷۹۸، که ناوگان ناپلئون را در مصر عملاً نابود کرد، نقطهٔ عطفی در جنگ بود. این شکست باعث شد ارتش فرانسه در مصر منزوی شود و ارتباطش با اروپا تقریباً قطع گردد.
در همین حال، وضعیت داخلی فرانسه نیز بحرانی بود. حکومت دیرکتوار با فساد، ناکارآمدی و نارضایتی عمومی دستوپنجه نرم میکرد. شکستهای نظامی، فشار اقتصادی ناشی از جنگ و بیثباتی سیاسی، زمینه را برای تغییرات بزرگ فراهم ساخت. در چنین شرایطی، بازگشت ناپلئون بناپارت از مصر در سال ۱۷۹۹ اهمیتی سرنوشتساز یافت. او که هنوز بهعنوان یک قهرمان ملی شناخته میشد، از این بحران بهخوبی بهره برد.
با کودتای ۱۸ برومر در نوامبر ۱۷۹۹، ناپلئون قدرت را در دست گرفت و نظام کنسولگری را برقرار کرد. این تحول سیاسی مستقیماً بر روند جنگ ائتلاف دوم تأثیر گذاشت. ناپلئون با سازماندهی دوبارهٔ ارتش و تمرکز بر جبهههای کلیدی، ورق جنگ را به نفع فرانسه برگرداند. در سال ۱۸۰۰، او شخصاً فرماندهی ارتش را در ایتالیا بر عهده گرفت و با عبور جسورانه از آلپ، ارتش اتریش را غافلگیر کرد.
نبرد مارنگو در ژوئن ۱۸۰۰ نقطهٔ عطف جنگ بود. هرچند در آغاز، فرانسویها در آستانهٔ شکست قرار داشتند، اما با ضدحملهای ناگهانی، ارتش اتریش را وادار به عقبنشینی کردند. این پیروزی، کنترل فرانسه بر شمال ایتالیا را دوباره تثبیت کرد و روحیهٔ ارتش و ملت فرانسه را بهشدت بالا برد. تقریباً همزمان، ژنرال مورو در آلمان نیز پیروزیهای مهمی به دست آورد و اتریش را تحت فشار قرار داد.
در نهایت، اتریش که ستون اصلی ائتلاف دوم در اروپا بود، توان ادامهٔ جنگ را از دست داد. شکستهای پیاپی و فشار مالی، وین را وادار به مذاکره کرد. نتیجهٔ این روند، امضای پیمان لونویل در سال ۱۸۰۱ بود که عملاً اتریش را از جنگ خارج کرد و برتری فرانسه در قارهٔ اروپا را به رسمیت شناخت. اندکی بعد، با پیمان آمیین در ۱۸۰۲، بریتانیا نیز بهطور موقت با فرانسه صلح کرد و جنگ ائتلاف دوم رسماً پایان یافت.
جنگ ائتلاف دوم نشان داد که انقلاب فرانسه، علیرغم تمام دشمنیها، نهتنها زنده مانده بلکه به مرحلهای جدید وارد شده است. این جنگ راه را برای تثبیت قدرت ناپلئون و تبدیل فرانسهٔ انقلابی به یک امپراتوری فراهم کرد. از نظر تاریخی، ائتلاف دوم آخرین تلاش جدی اروپا برای مهار فرانسهٔ انقلابی پیش از ظهور کامل ناپلئون بهعنوان قدرت مسلط قاره بود؛ تلاشی که با وجود پیروزیهای مقطعی، در نهایت شکست خورد و اروپا را وارد عصر تازهای از جنگهای ناپلئونی کرد
