با روی کار آمدن منگوقاآن، خان بزرگ مغول، تصمیم بر تکمیل استیلای مغولان بر غرب آسیا گرفته شد و اولویت اصلی، ویرانی حکومت اسماعیلیان نزاری در ایران تعیین گردید. این مأموریت به برادرش هولاکوخان واگذار شد. فرمانروایی اسماعیلیان در آن زمان بر عهده رکنالدین خورشاه بود که یک سال بیش از حکومتش نمیگذشت.
لشکرکشی هولاکوخان به ایران برخلاف لشکرکشیهای پیشین مغولان، با طرح و نقشهای پیشپرداخته و سازمانیافته همراه بود. منازل بین راه از پیش تعیین شده و راهگذار لشکر آماده گردید و حتی پلها و گذرگاهها نیز بازسازی شدند. این بار مغولان با تجربهای که از حضور در ایران اندوخته بودند، به این نتیجه رسیده بودند که برای ایجاد یک قدرت پایدار در منطقه، برچیدن بساط دو قطب متضاد دنیای اسلام، یعنی خلافت بغداد و دولت اسماعیلیه، ضرورت دارد. این دو نهاد به خاطر نفوذ مذهبی خود، مانعی بزرگ در برابر استقرار فرمانروایی مغول به شمار میآمدند.
نخستین گام عملی هولاکوخان با قدرت نمایی آغاز شد؛ او به آسانی لرها را شکست داد و آوازه قدرت و وحشت او به سرعت پیچید، چنانکه بسیاری از حاکمان محلی از آناتولی، طبرستان، فارس، عراق عجم، آذربایجان، اران، شیروان، گرجستان و ارمنستان برای اعلام تبعیت به نزدش شتافتند. فرقه اسماعیلیه نیز از سوی هولاکو دعوت به تسلیم شدند، اما در این زمان رکنالدین خورشاه، آخرین خداوند الموت، مذاکره با هولاکو را رد کرد، درحالیکه گروه دیگری از اسماعیلیان به هولاکو پیوستند.با رد پیشنهاد تسلیم، مغولان حرکت خود را به سوی قلب سرزمین اسماعیلیان آغاز کردند. در اواخر سال ۶۵۴ هجری قمری، برابر با نوامبر ۱۲۵۶ میلادی، سپاه عظیم هولاکو به قلعه اصلی رهبر نزاریان، یعنی دژ میموندژ در منطقه رودبار الموت رسیدند و آن را به محاصره کامل درآوردند. شمار سپاه مغول به روایتی به ۸۰,۰۰۰ تن میرسید و شامل ۱,۰۰۰ جوخه از ادوات محاصره، از جمله منجنیقاندازان چینی و غیرمغول بود که در امر قلعهگشایی مهارت داشتند. این لشکر از نظر تعداد و تجهیزات، به مراتب برتر از نیروهای مدافع بود.
محاصره دژ میموندژ به فرماندهی مستقیم هولاکوخان از ۸ تا ۲۳ نوامبر ۱۲۵۶ میلادی، یعنی حدود پانزده روز به طول انجامید. در این مدت، مغولان بر برچیده شدن و ویرانی تمامی دژهای نزاری پافشاری میکردند، اما رکنالدین خورشاه میکوشید تا از راه سازش و مذاکره، شرایط بهتری به دست آورد. با این حال، فشار نظامی و برتری قاطع سپاه محاصرهکننده، راهی جز تسلیم باقی نگذاشت. سرانجام، به توصیهٔ خواجه نصیرالدین طوسی که در آن زمان در خدمت اسماعیلیان بود و در داخل دژ حضور داشت، رکنالدین خورشاه تصمیم به تسلیم گرفت.
خورشاه در ماه شوال یا اول ذیقعدهٔ سال ۶۵۴ هجری قمری، از دژ میموندژ پایین آمد و خود را به هولاکوخان تسلیم کرد. به دنبال این تسلیم، هولاکو با او و خانوادهاش به نیکی رفتار کرد و رکنالدین خورشاه را با احترام در اردوی خود پذیرفت. متعاقب این رویداد، رهبر اسماعیلیان به تمامی زیردستان خود در سایر دژها دستور داد تا مقاومت را کنار گذاشته و قلعههای خود را تسلیم و ویران کنند.
پس از تسلیم خورشاه، نوبت به مهمترین و نمادینترین دژ اسماعیلیان، یعنی قلعه الموت رسید. این دژ که بر فراز صخرهای به بلندای ۲۱۶۳ متر از سطح دریا و با گسترهای حدود ۲۰,۰۰۰ متر مربع بنا شده بود، به عنوان مرکز قدرت و کتابخانه عظیم اسماعیلیان شهرت داشت. با وجود فرمان خورشاه، فرمانده دژ الموت، مقدمالدین محمد مبارز، اندکی مقاومت نشان داد، اما این مقاومت دیری نپایید. سرانجام در تاریخ ۱۵ دسامبر سال ۱۲۵۶ میلادی، هولاکوخان بدون درگیری بزرگ و جنگ واقعی وارد قلعه الموت شد و آن را به تصرف خود درآورد.با ورود سپاهیان مغول به درون قلعه، غارت گستردهای آغاز شد و آنان تمامی گنجینهها و اشیای ارزشمند موجود در دژ را به تاراج بردند. یکی از سرنوشتسازترین لحظات پس از فتح، تصمیم برای نابودی کتابخانه عظیم و افسانهای الموت بود. این کتابخانه که از زمان حسن صباح، بنیانگذار دولت نزاری، پایهگذاری شده و طی سالیان متمادی گسترش یافته بود، حاوی مجموعهای بینظیر از کتب و ادوات علمی به شمار میرفت. سپاهیان مغول ابتدا تصمیم داشتند تا تمامی کتابهای این کتابخانه را به آتش بکشند. اما در این میان، عطاملک جوینی، مورخ و ادیب برجسته ایرانی که هولاکوخان را در این سفر همراهی میکرد، از نفوذ خود استفاده کرد و از خان مغول اجازه گرفت تا پیش از هر اقدامی، کتابهای نفیس و علمی را از متون مربوط به اصول و فروع دین اسماعیلی جدا کند. هولاکو با درخواست جوینی موافقت کرد و بدین ترتیب، عطاملک جوینی موفق شد بخشی از میراث علمی و فرهنگی ارزشمند آن دوران را از نابودی حتمی نجات دهد. خود جوینی در تاریخ جهانگشای خود به وجود این کتابخانه و اهمیت آن اشاره کرده و آن را دارای ۴۰۰ هزار جلد کتاب توصیف نموده است.
پس از غارت و جداسازی کتب، هولاکوخان فرمان ویران کردن قلعه الموت را صادر کرد. این دژ که روزگاری تسخیرناپذیر مینمود، به دستور او به آتش کشیده و با خاک یکسان شد. ویرانی چنان کامل بود که از آن پس، قلعه الموت دیگر هرگز شکوه پیشین خود را بازنیافت و به عنوان تبعیدگاه و زندان مورد استفاده قرار گرفت.
سرنوشت رکنالدین خورشاه نیز پایانی تراژیک داشت. او مدتی پس از تسلیم، با یکی از دختران مغول ازدواج کرد و با اجازه هولاکو همراه او شد. سپس از هولاکو خواست تا به او اجازهٔ سفر به قراقروم، پایتخت خان بزرگ مغول، یعنی منگوقاآن، را بدهد. هولاکو او را به شرق فرستاد، اما منگوقاآن از پذیرفتن وی خودداری ورزید و او را نپذیرفت. خورشاه مجبور به بازگشت شد، اما در میانه راه بازگشت، گویا در حوالی رود جیحون، به دست همراهان مغولی خود به قتل رسید. با این اتمام کار، دستور رسمی از سوی هولاکو صادر شد که «در هرجا کسی از ایشان بر کسی دست یابند به قتل آورند». به دنبال این فرمان، اعضای بازمانده خانواده خورشاه، از فرزندان گرفته تا خواهران و برادرانش، نیز کشته شدند و چندین هزار نفر دیگر نیز به جرم یا بهانه اسماعیلی بودن قتلعام شدند. بدین ترتیب، با سقوط قلعه الموت و قتل آخرین خداوند الموت، بساط حکومت اسماعیلیان نزاری در ایران برای همیشه برچیده شد.
