در میانه‌ی جنگی سهمگین، هواپیمایی حامل گروهی از پسران انگلیسی بر فراز اقیانوسی سرنگون می‌شود. هواپیما در دل جنگلی انبوه بر روی جزیره‌ای متروکه سقوط می‌کند. پسران بازمانده که بر اثر سانحه پراکنده شده‌اند، یکدیگر را گم می‌کنند. خلبان هواپیما نیز در هیچ کجا دیده نمی‌شود. رالف، یکی از پسران بزرگ‌تر، در حالی که از جنگل به سمت ساحل سرگردان است، با پیگی، پسری چاق و باهوش، برخورد می‌کند. رالف و پیگی نمی‌دانند چه بر سر دیگر مسافران هواپیما آمده است. آن‌ها صدف دریایی بزرگی به رنگ سفید پیدا می‌کنند. پیگی متوجه می‌شود که می‌توان از آن به عنوان نوعی شیپور استفاده کرد. او رالف را متقاعد می‌کند تا با دمیدن در صدف به دنبال توجه دیگر پسران را جلب کرده آن ها را گرد هم آورند. با صدای مهیب صدف، پسران کم‌کم به سمت ساحل سرازیر می‌شوند. بزرگ‌ترین آن‌ها حدود دوازده ساله و کوچک‌ترین‌شان تنها پنج سال دارند. در میان گروه، گروهی از اعضای یک گروه کر پسرانه حضور دارند که لباس‌هایی به رنگ سیاه بر تن کرده و رهبری‌شان را پسر بزرگتری به نام جک بر عه候 دارد. آن‌ها با دو ردیف موازی به سمت ساحل راهپیمایی می‌کنند. پسران، پیگی را به سخره گرفته و با ظاهر و لقب او او را مسخره می‌کنند. جک با عصبانیت به آن‌ها دستور می‌دهد که ساکت شوند.
پسران تصمیم می‌گیرند رهبری را انتخاب کنند. اعضای گروه کر به جک رأی می‌دهند، اما سایر پسران همگی به رالف رأی می‌دهند. رالف با وجود اینکه جک آشکارا خواهان این جایگاه است، در انتخابات پیروز می‌شود. رالف برای آرام کردن جک، از گروه کر می‌خواهد که به عنوان شکارچیان گروه عمل کنند و رهبری آن‌ها را به جک می‌سپارد. پسران با توجه به ضرورت کاوش در محیط جدید خود، رالف، جک و یکی از اعضای گروه کر به نام سایمون را برای کاوش جزیره انتخاب می‌کنند و ناله‌های پیگی برای اینکه او هم جزو گروه باشد را نادیده می‌گیرند. سه کاوشگر محل تجمع را ترک کرده و به سمت دیگر جزیره حرکت می‌کنند.
پسران با هیجان کشف جزیره، احساس همبستگی‌ای بین خود پیدا می‌کنند، چرا که با هم در جنگل بازی می‌کنند. سرانجام به انتهای جنگل می‌رسند، جایی که صخره‌های بلند و تیز به سمت کوه‌های شیب‌دار امتداد یافته‌اند. پسران از صخره‌های یکی از تپه‌های شیب‌دار بالا می‌روند. از قله‌ی کوه می‌توانند ببینند که روی جزیره‌ای بدون هیچ نشانی از تمدن قرار دارند. منظره‌ی اطراف خیره‌کننده است و رالف احساس می‌کند که سرزمین خودشان را کشف کرده‌اند. آن‌ها در حالی که به سمت ساحل بازمی‌گردند، به خوکی وحشی برمی‌خورند که در میان انبوهی از تاک‌های رونده گیر کرده است. جک، شکارچی تازه منصوب‌شده، چاقویش را بیرون می‌کشد و برای کشتن خوک جلو می‌رود، اما تردید می‌کند و نمی‌تواند خودش را برای انجام این کار راضی کند. خوک خودش را رها کرده و می‌دود و جک قسم می‌خورد که دفعه‌ی بعد دیگر از انجام این کار عقب‌نشینی نکند. سه پسر سرانجام پس از طی کردن مسیری طولانی در دل جنگل انبوه، به نزدیکی گروهی از پسران که در ساحل منتظر آن‌ها هستند، می‌رسند.
ارباب مگسها کشمکش میان غریزه‌ی تمدن‌ساز و غریزه‌ی وحشی‌گری‌ای را به تصویر می‌کشد که در وجود تمام انسان‌ها وجود دارد. هر انتخاب هنری که گلدینگ در رمان انجام می‌دهد، بر تأکید بر مبارزه‌ی میان عناصر نظم‌بخش جامعه که شامل اخلاق، نظم، قانون و فرهنگ می‌شود و عناصر آشوبناک غرایز وحشیانه‌ی انسان، از جمله هرج و مرج، خونخواسته، بی‌اخلاقی، خودخواهی و خشونت، طراحی شده است. فنی او برای نمایش این کشمکش، نشان دادن ظهور و سقوط سریع یک تمدن منزوی و بداهه است که توسط غرایز وحشیانه‌ی افرادی که آن را تشکیل می‌دهند، از هم پاشیده می‌شود. گلدینگ در این فصل اول، چارچوبی را که این تمدن در آن عمل خواهد کرد، تعیین می‌کند.
اول اینکه، این تمدن تنها با پسران، گروه پسران انگلیسی که بر روی جزیره‌ی وحشی پوشیده از جنگل سرنگون شده‌اند، پر خواهد شد. انتخاب گلدینگ برای اینکه شخصیت‌هایش پسر باشند، قابل توجه است: پسران جوان تنها نیمی از مسیر را طی کرده‌اند و به گونه‌ای بین فرهنگ و وحشی‌گری قرار دارند که به بهترین وجه بیانگر تضاد موضوعی رمان است. فرض گلدینگ در سراسر رمان این است که محدودیت‌های اخلاق و جامعه آموخته می‌شوند تا ذاتی باشند، اینکه تمایل انسان به پیروی از قوانین، رفتار مسالمت‌آمیز و تبعیت از دستورات توسط سیستمی از قدرت و کنترل اعمال می‌شود و به خودی خود، جزء جدایی‌ناپذیر ذات بشر نیست. پسران جوان نمونه‌ی مناسبی برای این فرض هستند، زیرا آن‌ها در حالت کشمکش دائمی با قوانین و مقرراتی هستند که انتظار می‌رود آن‌ها را دنبال کنند. هنگامی که به حال خود رها می‌شوند، اغلب با بی‌رحمی و خشونت غریزی رفتار می‌کنند. گلدینگ با ساختن تمدنی که محصول غرایز اجتماعی پسران نوجوان است، آن را از همان ابتدا در معرض خطر قرار می‌دهد.
در فصل ۱، پسران که هنوز از نحوه‌ی رفتار بدون حضور بزرگسال برای کنترل رفتارشان مطمئن نیستند، تا حد زیادی به رفتارهای آموخته‌شده‌ی تمدن و نظم پایبند هستند و تلاش می‌کنند تا ساختارهای جامعه را در جزیره‌ی متروکه‌ی خود بازسازی کنند: آن‌ها رهبری را انتخاب می‌کنند، تقسیم کار را برقرار می‌کنند و به طور سیستماتیک به کاوش در جزیره می‌پردازند. اما حتی در این مرحله‌ی اولیه، خطری که غرایز ذاتی‌شان برای تمدن آن‌ها ایجاد می‌کند، در مسخره کردن پیگی و تمایل شدید جک برای انتخاب شدن به عنوان رهبر پسران مشهود است.
یکی از تکنیک‌های اصلی گلدینگ برای ارائه‌ی کشمکش داستانی او، استفاده از نماد است. ارباب مگسها رمانی سرشار از نماد است و بسیاری از نمادهای آن به راحتی قابل تفسیر هستند. برای مثال، در این فصل، پیگی عینکی برای نشان دادن جنبه‌های علمی و فکری تمدن به کار رفته است، زیرا او به طور انتقادی درباره‌ی صدف دریایی فکر می‌کند و استفاده‌ی مفیدی برای آن - فراخواندن پسران دیگر به ساحل - پیدا می‌کند. سایر نمادهایی که بعداً در کتاب ظاهر می‌شوند، پیچیده‌تر هستند و تفاسیر متعددی را به خود می‌پذیرند.
فصل ۱ یکی از مهم‌ترین نمادهای رمان را معرفی می‌کند: صدف دریایی. صدف دریایی نشان‌دهنده‌ی قانون، نظم و مشروعیت سیاسی است، زیرا به دارنده‌ی آن حق سخنرانی می‌دهد و پسران را به گردهمایی‌های دموکراتیک فرامی‌خواند. بعداً در کتاب، این شیء طبیعی به شدت با شیء دیگری به نام «ارباب مگسها» که سر خوک وحشی است، متضاد خواهد شد که نمادی از هرج و مرج اولیه و وحشت خواهد بود.
