اصلی ترین نشانه های بارز حاکمیت دولت اعمال شدن نیروی مالیاتی میباشد.که در مشاوره شرکت حسابداری و مدیریت ریسک و همچنین طراحی فرایند و استقرار کنترل های داخلی بر اساس ماده ی 237 ق.م.م مشخص شدن مالیات میبایست بر طبق یک ماده صحیح و متکی به اطلاعات کافی باشد. در بعضی موارد مؤدیان به عدم رعایت قوانین و تشخیص مالیات به صورت خودسرانه محکوم میباشند .در این شرایطی قانون با وجود ایجاد اعتماد و اطمینان در مودیان و موارد اینگونه و رعایت حال آنها امکان اعتراض به تشخیص دستگاه مالیاتی را فراهم کرده است. و پرونده به منظور رسیدگی به هیئت های حل اختلاف مالیاتی ارجاع میشود.این هیئت ها دارای استقلال کامل بوده و صرفا مسئولیت امور دبیرخانه ای و ایجاد جلسات هیئت ها به عهده سازمان است.نماینده قانونی وی وظیفه دارد به حضور کامل در جلسه و ارائه دفاعیات به طور شفاهی یا کتبی است.
سازمان حل اختلاف مالیاتی به منظور اعمال نظارت موثر بوده و این هیئت مکلف است نسبت به مستند سازی فرایند برگزاری جلسات هیئت به نحو متقاضی اقدام کند.از ابتدایی ترین حقوق مودیان امکان اعتراض به عملکرد دستگاه مالیاتی است . اعتراض به عملکرد دستگاه مالیات از طریق زیر صورت میگیرد:
مؤدی ظرف سی روز بعد از اینکه برگ تشخیص به وی ابلاغ شد قادر است که به مندرجات برگ تشخیص اعتراض کند .اولویت برای کوتاه نمودن مسیر رسیدگی، اعتراض به شکل اداری مورد رسیدگی قرار میگیرد.
رد شدن در این مرحله به معنای منتفی دانستن برگ تشخیص مالیات قلمداد میشود. زیرا در این زمان برگ تشخیص صادرمیشود و مالیات مؤدی منتفی میگردد.به طور معمول در مهلت مقرر شده برگ تشخیص جدید صادر نمی‌نمایند بلکه برگ قطعی مالیات را صادر میکنند و یا اگر اسناد و مدارک را در در تعدیل درآمد موثر تشخیص دهند آن را تعدیل میکنند.
در این مرحله تعدیل به معنای کم نمودن ماخذ مالیات نسبت به صدور برگ تشخیص صادره است . لذا در هر دو مورد در صورتی که موجبات رضایت مؤدی فراهم گردد ظهر برگ تشخیص به امضای مؤدی و مسئول مربوطه برسد اختلاف موجود بین مؤدی و دستگاه مالیاتی حل و فصل شده و پرونده مختومه اعلام میشود و مؤدی موظف به پرداخت مالیات متعلق خواهدشد.در غیر این صورت، پرونده به منظور رسیدگی به هیئت های حل اختلاف مالیاتی ارجاع میشود.رسیدگی در هیئت‌های حل اختلاف مالیاتی به صورت حضوری میباشد و مؤدی یا نماینده وی و همچنین نماینده اداره امور مالیاتی می‌توانند در جلسه رسیدگی حاضر شوند.
امروزه در اکثر قوانین رسیدگی‌های خارج از دستگاه قضایی پدید آمده است و این هیئت‌ها یا کمیسیون‌ها به صورت تخصصی به موضوع مورد نظر رسیدگی مینمایند.هیئت های حل اختلاف مالیاتی متشکل از سه نفر میباشند :
اعضای هیئت های حل اختلاف مالیاتی دارای استقلال رای هستند و با حفظ بی‌طرفی کامل به موضوع رسیدگی مینمایند و این جلسات با حضور سه نفر اعضا به رسمیت شناخته میشود.
سازمان امور مالیاتی، اداره و کنترل امور هیئت های حل اختلاف مالیاتی را بر عهده دارد و حق‌الزحمه اعضا این هیئت ها از بودجه سازمان امور مالیاتی تامین میگردد.
ق.م.م مصوب 1388 آرایی که هیئت حل اختلاف بدوی صادر مینماید.غیرقطعی میباشد و در هیئت حل اختلاف تجدید نظر قابل اعتراض میباشد.
براساس ماده ی 247 ق.م.م رای هیأت های حل اختلاف مالیاتی بدوی قطعی و لازم الاجراء است. ولی اگر ظرف مدت بیست روز از تاریخ ابلاغ رأی بر اساس ماده(203) این قانون و تبصره های آن، از طرف مأموران مالیاتی یا مودیان مورد اعتراض کتبی قرار گیرد پرونده جهت رسیدگی به هیأت حل اختلاف مالیاتی تجدید نظر ارسال خواهد شد. رأی هیأت حل اختلاف مالیاتی تجدید نظر قطعی و لازم الاجراء می باشد.
