دربخشی از کیفرخواست متهمان فتنه 88 که در شعبه 15 دادگاه انقلاب اسلامی، توسط معاون دادستان قرائت شد چنین آمده است:
« اولا: اقاریر متهمین حاکی از آن است که این توطئه‌ها از سالها پیش طراحی شده و انتخابات دهم ریاست جمهوری بستر اجرای آن بوده است.
ثانیا: حوادث مشابه که در برخی کشورهای حوزه قفقاز و اروپای شرقی به وقوع پیوست، تردیدی باقی نمی‌گذارد که یک جریان خارجی همسو با آشوبگران و فتنه‌انگیزان داخلی مصمم بوده‌اند که با الگوگیری از حوادث مذکور نظام مقدس جمهوری اسلامی را با چالش امنیتی مواجه نمایند... اظهارات قبل، حین و بعد از انتخابات برخی از کاندیداها و جریان هوادار ایشان دال بر هدفمند بودن اقدامات ساختارشکن آنان می‌باشد، خصوصا اینکه یکی از کاندیداها در مصاحبه با یک نشریه آمریکایی قبل از برگزاری انتخابات تصریح کرده است که این برنامه‌ها از مدت‌ها پیش آغاز گردیده و هدف آن ایجاد تغییرات اساسی در نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران بوده که پیروزی در انتخابات تنها بخشی از آن است و این مسیر غیرقابل بازگشت می‌باشد.»
امام خامنه ای که با اشراف بر دقیقترین اطلاعات میدان اظهار نظر می فرمایند در این باره چنین فرمودند:
« فتنه‌ی ۸۸ تنها آن چیزی نبود که توی خیابان به وسیله‌ی تعدادی آدم دیده شد؛ این یک چیز ریشه‌داری بود، یک بیماری عمیقی درست کرده بودند، اهدافی داشتند، زمینه‌ها و مقدمات فراوانی برایش چیده شده بود، کارهای بزرگی شده بود و هدفهای بسیار خطرناکی دنبال این کار بود، که با این برخوردهای گوناگون سیاسی و امنیتی و اینها حل نمیشد؛ (.۱۳۹۰/۰۹/۲۱بیانات در دیدار اعضای ستاد بزرگداشت ۹ دی)»
در جای دیگری چنین فرمودند:
« من بارها گفته‌ام؛ طراح و نقشه‌کش و مدیر صحنه، در بیرون از این مرزها بود و هست. در داخل با آنها همکاری کردند؛ بعضی دانسته، بعضی ندانسته.» (۱۳۸۹/۱۱/۱۵خطبه‌های نماز جمعه تهران )
و نیز:
« من در همین فتنه‌ی ۸۸ به بعضی دوستان قرائن و شواهد را نشان دادم؛ حداقل از ده سال، پانزده سال قبل از آن، برنامه‌ریزی وجود داشت. از بعد از رحلت امام برنامه‌ریزی وجود داشت؛ اثر آن برنامه‌ریزی در سال ۷۸ ظاهر شد؛ مسائل کوی دانشگاه و آن قضایائی که اغلب یادتان هست، بعضی هم شاید درست یادشان نباشد. قضایائی که سال گذشته پیش آمد، یک تجدید حیاتی بود برای آن برنامه‌ریزی‌ها. » (۱۳۸۹/۰۸/۰۴بیانات در دیدار دانشجویان و جوانان استان قم)
و نیز: «کسانی که فتنه‌ی سال ۸۸ را شروع کردند - حالا یا خودشان طراحی کرده بودند، یا دیگران طراحی کرده بودند؛ نمیخواهیم نسبتی بدهیم، ولی به هر حال این فتنه طراحی شده بود - به کار کشور ضربه‌ی سختی زدند. اگر این فتنه نبود، بلاشک کارهای گوناگون کشور بهتر پیش میرفت. اینها دشمنان را امیدوار کردند و روحیه دادند به کسانی که علیه نظام اسلامی جبهه‌بندی کرده‌اند و یک جبهه‌ای تشکیل داده‌اند(۱۳۸۹/۰۶/۰۸ بیانات در دیدار رئیس جمهور و اعضای هیأت دولت)
و در جایی دیگر:
«در جنگ امنیّتی ـ سیاسی هم ما پیروز شدیم. جنگ امنیّتی ـ سیاسی‌شان (آمریکایی‌ها) سال ۸۸ و حوادث سال ۸۸ بود. برای آن حوادث سالها زحمت کشیده بودند؛ آن‌جور حوادث یک‌ساعته و یک‌روزه که به وجود نمی‌آمد؛ چند سال برای آن زحمت کشیده بودند؛ ملّت ایران و نظام جمهوری اسلامی بر توطئه‌ی دشمن فائق آمد و پیروز شد(۱۳۹۷/۰۵/۲۲بیانات در دیدار اقشار مختلف مردم)
عبدالکریم سروش از سرکرده های فتنه یاد شده در مصاحبه ای در اوج حوادث فتنه گفت که «کلید این حوادث از 20 سال پیش خورده است.»
تشکیل کمیته صیانت از آرا توسط سران فتنه و برخی شخصیتهای همسو حامی مانند مرحوم هاشمی رفسنجانیدر سال 1387 یعنی یک سال پیش از انتخابات، اماره مهم دیگری برای اثبات سازمان یافته بودن این حرکت بود.
