یکی دیگر از تاثیرات فتنه 88 بر روند مذاکرات هسته ای بود. تا قبل از فتنه شاهد روند عقب‌نشینی‌های آمریکا در آستانه انتخابات با سرعت بیشتری بودیم، به گونه‌ای که 20 خرداد 88 در حالی که تنها 2 روز به برگزاری انتخابات ریاست جمهوری در ایران مانده بود، باراک اوباما به رهبر معظم انقلاب نامه نوشته و اعتراف می‌کند که بدون کمک و حضور ایران مسائل منطقه و بین الملل حل نخواهد شد. اما بعد از حوادث خرداد 88 و امنیتی شدن اوضاع ایران، فشارها بر کشورمان افزایش یافته و آمریکا از مواضع پیشین خود، عدول نموده و خواهان امتیاز بیشتر از ایران می‌شود.
سعید جلیلی، دبیر شورایعالی امنیت ملی ایران 3 ماه پس از وقوع فتنه یعنی در 18 شهریور 88 بسته پیشنهادی دوم ایران را به نمایندگان 1+5 در تهران تحویل داد و سرانجام پس از 17 ماه تعلیق مذاکرات، در مهرماه 88، مذاکرات در ژنو برگزار شد که در این نشست قرار بر مذاکره پیرامون بسته پیشنهادی بود اما طرف غربی بجای بسته پیشنهادی، از ایران خواست تا موضوع مبادله سوخت 5/3 درصد در مقابل 120 کیلوگرم صفحات سوخت 20 درصد برای مصارف رآکتور تهران را مورد بررسی قرار دهد. 18 روز بعد در نشست وین یک پیش‌نویس تهیه و تحویل ایران شد و ایران در پاسخ پیش نویس، طی نامه‌ای اعلام کرد درباره مبادله شرایطی باید لحاظ شود: «اولاً هرگونه مبادله باید همزمان انجام شود، ثانیاً باید این مبادلات در خاک ایران انجام شده و ثالثاً هرگونه مبادله باید تدریجی انجام شود یعنی مبادلات در طول یک محدوده زمانی 15 ماهه انجام پذیرد.» پس از این نامه ناگهان موضع طرف مقابل تغییر کرد! و آنان با هرگونه تبادل همزمان مخالفت کردند. بسیاری از تحلیلگران دلیل این رفتار را اینگونه دانستند که آمریکا با سوءاستفاده از فتنه داخلی، ایران را یک کشور ضعیف می‌پندارد و به دنبال ایجاد فضاهایی است که ایران را محترمانه مجبور به «باج‌دهی» کند.
16 روز پس از اهانت بی‌سابقه فتنه‌گران به عزاداری سالار شهیدان حضرت اباعبدالله‌الحسین (ع)، ژنرال دیوید پترائوس، فرمانده- سابق- نیروهای آمریکایی در منطقه از احتمال حمله به تاسیسات هسته‌ای ایران خبر داد،؛ وی به CNN گفت: «حتماً می‌توان تاسیسات هسته‌ای ایران را مورد هدف قرار داد. تاسیسات ایران در مقابل حملات بمب‌ها آسیب‌پذیر هستند».
قطعنامه 1929 با فشارهای فراوان آمریکا و اعطای امتیازهای فراوان به چین و روسیه در سالگرد فتنه 88 به تصویب رسید تا پیامی آشکار برای عوامل آشوب داخلی ایران داشته باشد.
کیم‌آر هولمز، تحلیلگر ارشد نشریه واشنگتن‌تایمز حدود 2 ماه پیش از قطعنامه 1929 در سرمقاله این نشریه نوشت: «تحریم به تنهایی کافی نیست. ما باید دیپلماسی عمومی را به نقض حقوق‌بشر در ایران متمرکز کنیم. جمهوری اسلامی به دلیل وجود اپوزیسیون داخلی دچار نقاط ضعف شده و باید بر این نقطه فشار وارد کرد.» روزنامه آلمانی «ولت» نیز چند هفته قبل از تحریم 1929 نوشت: «توان گروه‌های اپوزیسیون ایران برای تغییر رفتار مقامات این کشور کافی نیست به همین علت است که غرب باید همزمان تهدیدهای چندباره خود در اعمال تحریم‌های سخت علیه ایران را در پیش بگیرد».
آدام ارلی، سفیر آمریکا در بحرین قبل از مذاکرات اکتبر 2009 در ژنو افزود: «اگر مذاکرات ژنو موفقیت‌آمیز نباشد و در آن پیشرفتی حاصل نشود، آمریکا قصد دارد همزمان با تشدید تحریم‌ها، اعمال فشار سیاسی علیه تهران را با حمایت «رسمی»، «علنی» و «گسترده» از موسوی و خاتمی وسعت بخشد چرا که هیچ فشاری به دولت ایران بدون تقویت جریان‌های طرفدار غرب در ایران کارساز نیست». وی در بخش پایانی سخنانش می‌گوید: «همین حالا هم این موضوع پنهانی نیست که ما از موسوی و خاتمی حمایت می‌کنیم اما علنی شدن این حمایت همزمان با اعمال تحریم‌ها می‌تواند این فایده را داشته باشد که مردم ایران به این نتیجه برسند که تنها راه رهایی از تحریم‌ها گرایش به این افراد است. قطعنامه 1929 در واقع اقدام علنی آمریکا در حمایت از فتنه 88 بود». (سایت بولتن نیوز،20 فروردین 1391)
