بوتاکس به نواحی تزریق می شود که درگیر سردرد و درد میگرنی می باشد. بوتاکس روی پایانه های عصبی تأثیر گذاشته و ماده شیمیایی که درد را منتقل میکند را مسدود می کند. بعد از دریافت تزریق بوتاکس، ممکن است 10 تا 14 روز یا بیشتر برای تسکین درد منتظر بمانید. در برخی موارد، ممکن است بعد از اولین تزریق تسکین درد را داشته باشید.البته روش های دیگری مانند طب سوزنی سردرد و طب فیزیکی برای سردرد نیز وجود دارد.
ماده بوتاکس پس از تزریق به نواحی از سر ، که در هنگام بروز حملات میگرنی باعث ایجاد سردرد شدید و نبض‌دار می‌شود، رشته‌های عصبی را تحت تاثیر قرار داده ، و مانع از این می‌شود که پیامهای عصبی انتقال دهنده حس درد، آزاد شود. در واقع جلوگیری از فعالیت شبکه‌های ارتباطی انتقال دهنده درد از وظایف اصلی بوتاکس میگرن می‌باشد.
تزریق بوتاکس قبل از شروع سردرد میگرنی از بروز آن جلوگیری میکند. البته برای گرفتن نتیجه مناسب برای معالجه سردرد میگرنی بهتر است تزریق بوتاکس را تا چند جلسه تکرار کنید. هر چه تعداد تزریق‌ها بیشتر شود، نتیجه درمانی آن نیز موفقیت‌آمیزتر خواهد بود. بیشتر بیماران بعد از جلسه دوم بوتاکس میگرن از کاهش ۵۰ درصدی درد‌های خود ابراز خوشنودی می‌کنند. پس از پنج دوره تزریق شدت سردرد میگرنی تا حدود هفتاد درصد کاهش پیدا میکند
