به دنبال شروع مبارزه مسلحانه منافقین علیه نظام جمهوری اسلامی در خرداد 1360 و مقابله نظام با این گروه تروریستی، سازمان منافقین که تنها راه موجود برای مطرح کردن خود را ایجاد غائله و غوغا می‌دید، در اقدامی هماهنگ و با برنامه‌ریزی دست به ایجاد درگیری‌ها و آشوب‌هایی پراکنده و نامنظم در نقاط گوناگون کشور زد و به درگیری با قشرهای مختلف مردم و نهادهای انقلابی مانند سپاه پاسداران انقلاب اسلامی پرداخت. همان‌طور که گفته شد سازمان رفته‌رفته به مقابلهٔ مستقیم با نظام جمهوری اسلامی روی آورد و در سی‌ام خرداد با صدور اطلاعیه‌ای، رسماً وارد جنگ مسلحانه با نظام شد و برای براندازی حکومت اسلامی از طریق مسلحانه خیز برداشت. در این روز کادرهای سازمان به خیابان‌ها ریختند و مردم را به سرنگونی جمهوری اسلامی دعوت کردند.
7 مرداد 1360، ابوالحسن بنی‌صدر بعد از این‌که مجلس شورای ملی، به بی‌کفایتی سیاسی وی رأی داد و متعاقباً امام خمینی وی را از مقام ریاست‌جمهوری عزل کرد، همراه مسعود رجوی، سرکردهٔ سازمان مجاهدین خلق، از ایران گریختند و پس از ورود به فرانسه، از آن‌جا مبارزهٔ مسلحانه و تروریستی خود علیه نظام جمهوری اسلامی را ادامه دادند
سازمان مجاهدین، با ورود به فاز مسلحانه و برای براندازی نظام جمهوری اسلامی، به اقدامات تروریستی روی آورد. این سازمان علاوه بر ترورهای کور و بی‌هدف مردم بی‌گناه کوچه و بازار، شخصیت‌های سیاسی و مسئولان نظام را نیز ترور می‌کرد. در 6 تیر 1360 آیت‌الله سید علی خامنه‌ای در مسجد ابوذر تهران، هدف سوءقصد عوامل سازمان مجاهدین خلق قرار گرفت و مجروح شد. روز بعد در 7 تیر 1360، سازمان، در عملیاتی تروریستی، با گذاردن بمب در ساختمان حزب جمهوری اسلامی در تهران، آیت‌الله بهشتی و 72 تن از یاران امام خمینی را به شهادت رساند. در 14 مرداد 1360 دکتر حسن آیت نماینده مجلس خبرگان و نماینده مجلس شورای ملی و عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی، به دست افراد سازمان مجاهدین ترور شد. این سازمان در 8 شهریور همین سال، در فاجعه تروریستی دیگری، با انفجار بمب در ساختمان نخست‌وزیری، محمدعلی رجائی رئیس‌جمهور و محمدجواد باهنر نخست‌وزیر را ترور کرده و به شهادت رساند. در 7 مهر 1360 سید عبدالکریم هاشمی‌نژاد دبیر حزب جمهوری اسلامی استان خراسان، به دست یکی از اعضای سازمان، ترور شد. همچنین در 30 آذر 1360 آیت‌الله عبدالحسین دستغیب امام جمعهٔ شیراز، بر اثر انفجار بمب، به شهادت رسید که سازمان مجاهدین مسئولیت این حادثه و ترور را بر عهده گرفت
بدین ترتیب، سازمان مجاهدین خلق از ۳۰ خرداد ۱۳۶۰ رسماً وارد دورهٔ جنگ مسلحانه با نظام جمهوری اسلامی شد که سازمان آن را فاز نظامی می‌نامید. در واقع نظریه‌پردازان سازمان معتقد بودند که در پیش گرفتن فاز نظامی در نهایت به پیروزی سازمان و سرنگونی جمهوری اسلامی خواهد انجامید؛ این افراد بر این باور بودند که سازمان ضمن داشتن درکی واقع‌بینانه از نظام جمهوری اسلامی و ماهیت آشتی‌ناپذیر آن، استراتژی مبارزهٔ مسلحانه و وارد آوردن ضربات تعیین‌کننده [با هدف سرنگونی نظام] و در نهایت تشکیل آلترناتیو را در دستور کار خود قرار داده است
مسعود رجوی در تابستان 1361 سلسله مصاحبه‌هایی با نشریهٔ اتحادیه انجمن‌های دانشجویان مسلمان در خارج از کشور انجام داد که تحت عنوان جمع‌بندی یکساله مقاومت در قالب کتابی چاپ و منتشر شد. وی در این کتاب به توضیح کامل این امر می‌پردازد که مجاهدین حتی قبل از ورود آیت‌الله خمینی به ایران می‌دانسته‌اند که در نهایت با وی کنار نخواهند آمد و کار به جنگ مسلحانه خواهد کشید
گفتنی است در جبهه‌های جنگ ایران و عراق در این مقطع تحولاتی رخ داد که برجسته‌ترین آن را می‌توان پیروزی‌های پی‌درپی نیروهای ایرانی در بازپس‌گیری مناطق اشغالی از طریق یک سلسله عملیات پیروزمندانه دانست که با عملیات ثامن‌الائمه آغاز شد و در نهایت با عملیات بیت‌المقدس به آزادسازی خرمشهر انجامید.
سازمان مجاهدین خلق (منافقین) در سال 1344 با هدف مبارزه با حکومت شاهنشاهی تأسیس و در سال 1350 موجودیت خود را اعلام کرد. این سازمان پس از 10 سال (1354) با این استدلال که اسلام دین مبارزه نیست، به مارکسیسم تغییر ایدئولوژی داده و از این رو حمایت مردم و مبارزین مسلمان را از دست داد. پس از انقلاب، سازمان که خود را محور و اساس پیروزی می‌دانست در تقابل با انقلاب اسلامی قرار گرفت و در 30 خرداد 1360 اعلام قیام مسلحانه علیه جمهوری اسلامی ایران نمود. پس از خروج سازمان از کشور، رهبریت سازمان که به دنبال فرصتی جهت براندازی حکومت اسلامی بود، جنگ ایران و عراق را بهترین فرصت دانسته و به ارتش صدام ملحق شد. در طی جنگ هشت ساله، سازمان با اقداماتی نظیر جاسوسی، شنود و... به صورت تمام قد در اختیار ارتش عراق قرار گرفت.
سارا اسمعیل جو
استاد:علی اکبر حسنوند
