ریل تایم PCR – اصل، فرآیند، نشانگرها، مزایا، موارد استفاده
دستگاه Real Time PCR چیست؟اصطلاحات PCR
اصل Real Time PCR
مراحل Real Time PCR (پروتکل)
الف. تقویت
ب. تشخیص
نشانگرهای فلورسانس مورد استفاده در Real Time PCR
مزایای
برنامه های کاربردی
منابع
دستگاه Real Time PCR- اصل، فرآیند، نشانگرها، مزایا، کاربردها
ریل تایم PCR چیست؟
این تکنیکی است که برای نظارت بر پیشرفت واکنش PCR در ریل تایم استفاده می شود.
در همان زمان، مقدار نسبتاً کمی از محصول PCR (DNA، cDNA یا RNA) را می توان کمی سازی کرد.
این بر اساس تشخیص فلورسانس تولید شده توسط یک مولکول گزارشگر است که با ادامه واکنش افزایش می یابد.
همچنین به عنوان یک واکنش زنجیره ای پلیمراز کمی (qPCR) شناخته می شود، که یک تکنیک آزمایشگاهی زیست شناسی مولکولی بر اساس واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) می باشد.
دستگاه qPCR یک تکنیک قدرتمند است که امکان تقویت نمایی توالی های DNA را فراهم می کند.
یک واکنش PCR به یک جفت پرایمر نیاز دارد که مکمل توالی مورد نظر باشد. پرایمرها توسط DNA پلیمراز گسترش می یابند.
کپی های تولید شده پس از گسترش، به اصطلاح آمپلیکون ها، با همان آغازگرها دوباره تکثیر می شوند که در نتیجه منجر به تقویت نمایی مولکول های DNA می شود.
با این حال، پس از تقویت، از الکتروفورز ژل برای تجزیه و تحلیل محصولات PCR تقویت شده استفاده می شود و این امر باعث می شود PCR معمولی وقت گیر باشد. از آنجایی که واکنش باید قبل از انجام آنالیز پس از PCR تمام شود. Real-Time PCR بر این مشکل غلبه می کند.
اصطلاح “ریل تایم” نشان می دهد که می تواند پیشرفت تقویت را هنگامی که فرآیند در حال انجام است نظارت کند، برخلاف روش PCR معمولی که تجزیه و تحلیل تنها پس از تکمیل فرآیند امکان پذیر است.
همین اصل تقویت PCR در ریل تایم PCR استفاده می شود. اما به جای نگاه کردن به نوارهای روی یک ژل در پایان واکنش، فرآیند در “ریل تایم” نظارت می شود. واکنش در یک دستگاه PCR ریل تایم قرار می گیرد که با دوربین یا آشکارساز واکنش را مشاهده می کند.
اگرچه بسیاری از تکنیک های مختلف برای نظارت بر پیشرفت واکنش PCR استفاده می شود، اما همه یک چیز مشترک دارند. همه آنها تکثیر DNA را به تولید فلورسانس مرتبط می کنند که به سادگی با دوربین در طول هر چرخه PCR قابل تشخیص است. از این رو، با افزایش تعداد نسخه های ژن در طول واکنش، فلورسانس نیز افزایش می یابد که نشان دهنده پیشرفت واکنش است.
مراحل ریل تایم PCR (پروتکل)
روند کار را می توان به دو مرحله تقسیم کرد:
الف. تقویت
دناتوره سازی
انکوباسیون در دمای بالا برای “ذوب” DNA دو رشته ای به تک رشته ها و سست کردن ساختار ثانویه در DNA تک رشته ای استفاده می شود. بالاترین دمایی که DNA پلیمراز می تواند تحمل کند معمولاً استفاده می شود (معمولاً 95 درجه سانتیگراد). اگر محتوای GC الگو زیاد باشد، زمان دناتوره شدن را می توان افزایش داد.
آنیلینگ
در طول بازپخت، توالی های مکمل فرصت هیبرید شدن دارند، بنابراین از دمای مناسبی استفاده می شود که بر اساس دمای ذوب محاسبه شده (Tm) پرایمرها (5 درجه سانتی گراد زیر Tm پرایمر) باشد.
افزونه
در دمای 70-72 درجه سانتی گراد، فعالیت DNA پلیمراز بهینه است و گسترش پرایمر تا سرعت 100 باز در ثانیه رخ می دهد. هنگامی که یک آمپلیکون در ریل تایم PCR کوچک است، این مرحله اغلب با مرحله بازپخت با استفاده از 60 درجه سانتیگراد به عنوان دما ترکیب می شود.
ب. تشخیص
تشخیص مبتنی بر فناوری فلورسانس است.
نمونه ابتدا در چاهک مناسب نگهداری می شود و مانند PCR معمولی تحت سیکل حرارتی قرار می گیرد.
با این حال، دستگاه در Real Time PCR در معرض تنگستن یا منبع هالوژن قرار می گیرد که منجر به فلورسانس نشانگر اضافه شده به نمونه می شود و سیگنال با تقویت تعداد کپی DNA نمونه تقویت می شود.
سیگنال ساطع شده توسط یک آشکارساز شناسایی شده و پس از تبدیل به سیگنال دیجیتالی که روی صفحه نمایش داده می شود به کامپیوتر ارسال می شود.
هنگامی که سیگنال به سطح آستانه (پایین ترین سطح تشخیص آشکارساز) می رسد، قابل تشخیص است.
نشانگرهای فلورسانس مورد استفاده در Real Time PCR
مارکرهای مختلفی در Real Time PCR استفاده می شود اما رایج ترین آنها عبارتند از:
1. Taqman Probe
2. SYBR Green
Taqman Probe
این یک پروب هیدرولیز است که حاوی یک رنگ گزارشگر، اغلب فلورسین (FAM) در انتهای 5′ و یک خاموش کننده تترمتیل رودامین (TAMRA) است که به انتهای 3′ اولیگونوکلئوتید متصل است.
در شرایط عادی، پروب روی خودش پیچ خورده باقی می ماند و رنگ فلورسانس را به خاموش کننده نزدیک می کند، که سیگنال فلورسنت رنگ را مهار یا خاموش می کند.
الیگونوکلئوتید Taqpolymerase دارای یک ناحیه همولوگ با ژن هدف است و بنابراین هنگامی که توالی هدف در مخلوط وجود دارد، با DNA نمونه متصل می شود.
همانطور که taqpolymerase شروع به آمیختن رشته DNA جدید در مرحله گسترش می کند، باعث تخریب پروب با فعالیت هسته 5′ انتهایی می شود و فلورسئین از خاموش کننده جدا می شود که در نتیجه سیگنال فلورسانس تولید می شود.
با ادامه این روش، در هر چرخه تعداد مولکول های سیگنال افزایش می یابد و باعث افزایش فلورسانس می شود که به طور مثبت با تقویت هدف مرتبط است.
2. SYBR Green
این رنگی است که سیگنال فلورسنت برجسته ای را منتشر می کند که به طور غیر اختصاصی به شیار کوچک DNA متصل می شود.
سایر رنگ های فلورسنت مانند اتیدیوم بروماید یا آکریدین نارنجی نیز می توانند استفاده شوند، اما SYBR Green برای شدت سیگنال بالاتر بهتر است.
پروپ SYBR Green نسبت به پروب Taqman ترجیح داده می شود زیرا می تواند اطلاعاتی در مورد هر چرخه تقویت و همچنین در مورد دمای ذوب که از پروب Taqman به دست نمی آید ارائه دهد.
با این حال، نقطه ضعف آن عدم ویژگی خاص در مقایسه با پروب Taqman است.
مزایا
مزایای زیادی نسبت به PCR معمولی دارد:
این نگاهی به واکنشی می‌دهد که کمک می‌کند تصمیم بگیریم کدام واکنش‌ها خوب کار کرده‌اند و کدام‌یک شکست خورده‌اند.
بازده واکنش را می توان دقیقاً محاسبه کرد.
نیازی به اجرا کردن محصول PCR بر روی ژل پس از واکنش نیست زیرا تجزیه و تحلیل منحنی مذاب این هدف را انجام می دهد.
داده های PCR ریل تایم را می توان برای انجام تجزیه و تحلیل کمی واقعاً بیان ژن استفاده کرد. در مقایسه، PCR قدیمی در بهترین حالت فقط نیمه کمی بود.
سریعتر از PCR معمولی.
پیچیدگی کمتر در تعیین کمیت نمونه و غیره
بنابراین، بر خلاف PCR آماده سازی معمولی، Real Time PCR اجازه می دهد تا موفقیت واکنش PCR چندگانه به طور خودکار پس از چند سیکل، بدون تجزیه و تحلیل جداگانه هر واکنش، تعیین شود و از مشکل “منفی کاذب” جلوگیری شود.
همچنین بخوانید:
37 نوع PCR با تعریف، اصل و کاربرد
رونویسی DNA (سنتز RNA) – مقاله، نمودارها و ویدئو
دستگاه RT-PCR: تعریف، اصل، آنزیم ها، انواع، مراحل، موارد استفاده
22 نوع طیف سنجی با تعریف، اصل، مراحل، کاربرد
ماشین PCR- اصل، قطعات، مراحل، انواع، موارد استفاده، مثال
