سپتوم رحمی، یک بیماری مادرزادی است که از زمان رشد شما در رحم مادرتان به وجود آمده است. جنین در حال رشد در شکم مادر دارای دو مجرای مولری است که در رحم قرار دارند. این مجراها رشد می کنند و حفره رحم را تشکیل می دهند. اگر در شکم مادر، این دو حفره با یکدیگر ادغام نشوند، یک لایه به نام سپتوم تشکیل می شود که احتمالا در بزرگسالی می توان آن را تشخیص داد. بنابراین هنوز به طور دقیق مشخص نیست که دلیل بروز سپتوم رحمی چیست؛ اما آن چیزی که مسلم است این است که به دلیل مادرزادی بودن این مشکل، امکان پیشگیری از آن وجود ندارد.