چهار مسجد باشکوه اصفهان بیش از سایر مساجد شهر شناخته شده اند. از مسجد امام و مسجد جمعه که بگذریم به دو نام دیگر می رسیم: «مسجد سید» و «مسجد حکیم».
دست روزگار بر آن بوده است که حرکت علمی آیت الله حسین مظاهری از مسجد سید آغاز شود و پس از نیم قرن مجاهدت علمی سرانجام مسجد حکیم پایگاه معنوی ایشان باشد.
هنگامی که پدرش مرحوم حاج حسن مظاهری در سال 1326 او را برای تحصیل علوم دینی روانه اصفهان کرد، او تنها 14 سال سن داشت. حوزه علمیه اصفهان شکوه دیرین را نداشت. زخم خورده از سرکوب چکمه های پهلوی بود. حوزه ای که درخشان ترین روزگار خود را در بیش از 300 سال پیش و در زمان صفویه تجربه کرده بود و بار دیگر نیز در زمان قاجار به همت حاج کلباسی و سید شفتی دوباره قد برافراشته بود و خود را بعد از حوزه نجف، مهم ترین حوزه جهان تشیع معرفی کرده بود. اما اکنون دوران فترتی حاصل شده بود. بعد از قیام قم علیه رضا شاه و شهادت آیت الله حاج آقانورالله نجفی اصفهانی که هم به نوعی ریاست حوزه علمیه اصفهان را عهده دار بود و هم زعامت سیاسی مجاهدان را، دوران افول این حوزه آغاز شد.
هم زمان با این وقایع به همت شیخ عبدالکریم حائری یزدی، حوزه علمیه قم همچون نهالی نو پا در جوار حرم حضرت معصومه (س) کاشته شد تا در نهایت ملجأ و پناهگاه شیعیان در آخرالزمان باشد. حسین هم خوب می دانست که برای تحصیل علوم دینی راه طولانی و دشواری را باید بپیماید. اگر می خواهد عالم دوران شود باید اهل هجرت باشد و علم در قم بجوید و برای رسیدن به این مهم باید مقدمات امر را از هم اکنون آماده کند و برای درس و بحث در اصفهان محکم قدم بردارد.
در مسجد سید تحصیلاتش را آغاز کرد. مثل تمام طلاب، از ادبیات. مرحوم احمد مقدس و مرحوم جمال خوانساری عهده دار تربیت حسین در آن مقطع شدند. شاید هیچ کدام از آنان در آن روز فکر نمی کردند که این نوجوان، سال ها بعد عهده دار زعامت کل حوزه علمیه اصفهان بشود.
در آن ایام وی بسیار کوشا بود و نظمی مثال زدنی داشت. درس و بحث هر روز در مسجد سید برقرار بود. مسجد باشکوهی که به هم سید محمدباقر شفتی دائر شده بود و مشهور است که در بنای آن از هیچ حکومتی کمک گرفته نشده است. مسجد زیبا و الحق شاهکار دوران قاجار در اصفهان؛ دورانی که علم و هنر در این دیار رو به افول بود. مسجدی بزرگ که اگرچه ناتمام ماند اما بعدها پایگاهی برای شکل گیری بسیاری از فعالیت های سیاسی و اجتماعی گردید. مسجدی که قلب یکی از سنتی ترین محلات اصفهان واقع شده و درنهایت نزدیکی به بازار بیدآباد بود و این مهم باعث می شد که طلاب از همان ابتدای زندگانی تحصیلی خود با متن زندگی مردم در رفت و آمد باشند.
نیم قرن گذشت و حالا آیت الله مظاهری، به اصفهان بازگشته است. سال 1374 است. او پس از سال ها اقامت در قم جهت تکمیل مقامات علمی به شهری بازگشته که تحصیلات سطح خود را در آن نزد علمایی چون آیات خادمی، ادیب، طیب و فیاض گذرانده بود. مردم او را به بزرگ حوزه علمیه اصفهان می شناسند. برای دین و دیانت اهالی شهر، محل رجوع است.
آیت الله العظمی مظاهری مسجد حکیم را به عنوان پایگاه معنوی خود انتخاب می کند. مسجدی که یادگار دوان صفوی است. در هر شهر دیگر غیر از اصفهان بود، مسجد جامع و مهم ترین مسجد آن شهر قلمداد می شد. مسجدی در اوج عظمت و زیبایی در حالی که در آن چندان از رنگ های مسجد سید خبری نیست. ساده اما زیبا و در عین حال کم نظیر. مثل منبرهای حاج آقا، مثل دعاهای قرآن شب قدر.
نماز مغرب و عشا را هر شب آنجا می خوانند. بیست سال بیشتر می شود. شب های جمعه منبر می روند. همچون قم، درس اخلاق می گویند. به فرمایش استادشان امام خمینی، کتاب اخلاق باید خود نسخه و دوا باشد؛ شفا بدهد. آن کس که نسخه به شفا می دهد، حکیم است. حکیم اصفهان در فراز منبر مسجد حکیم برای دردهای اخلاقی بشر، نسخه می دهد. کسی که به مردم درس دین می دهد خود باید اول از همه به آن عامل باشد. ماجرای مسجد سید تا مسجد حکیم، ماجرای علم و عمل است. از بیت الله به بیت الله رفتن. هفتاد سال در حریم خدا، معتکف شدن.
