مسجد جامع عتیق و مدرسه چهارباغ، دو مکانی بودند که در دوره پهلوی دوم تعطیل شدند. این اقدامات حکومت وقت برای ضربه زدن به جایگاه تاریخی حوزه علمیه و روحانیت بود. بهانه آنان برای چنین تعطیلی ها حفاظت از میراث! و تبدیل کردن آن ها به مکان هایی صفا برای گردشگری بود.
این دو مکان ارزشمند در اصفهان با خون دل مردم و علما پس گرفته شد. مسجد جامع را آیت الله محمد باقر زندکرمانی با تلاش های خود در زمان پهلوی دوم و مدرسه چهارباغ را آیت الله سید رضا خراسانی احیا کردند.
در مقطعی از زمان حاج آقا رحیم ارباب که نماز جمعه را واجب می دانست، با دعوت آقای زندکرمانی نماز جمعه را در مسجد جامع یا مسجد جمعه اقامه کردند. آیت الله ارباب در مکان های مختلفی در سال های طولانی اقامه نماز جمعه داشتند که پایدارترین و آخرین آن مسجد جامع گورتان بود.
همچنین آیت الله خراسانی نیز که زعامت حوزه علمیه اصفهان در دوره پهلوی دوم را بر عهده داشتند، توانستند موافقت حکومت را کسب کنند و سی طلبه تحصیل کرده را با امتحان و شرایط خاص طلبه مدرسه چهارباغ کنند. ایشان با دعوت از بهترین اساتید در رشته های مختلف و برقراری کلاس های درس باکیفیت در این مدرسه حیاتی دوباره به این مدرسه زیبای صفوی بخشید.
همچنین پهلوی قصد تصرف مدرسه صدر بازار را هم داشت. مدرسه ای که محوری ترین مدرسه علمیه اصفهان بود، درست از زمانه ای که دیگر اثری از ده ها مدرسه حوزوی به یادگار مانده از دوران صفوی نبود. مدرسه صدر، مدرسه باشکوهی در دل بازار بود که در دوره قاجار ساخته شده بود و آن هم با رشادت های آیت الله خراسانی برقرار ماند. آن دوران اوج بی توجهی به علوم دینی بود و گفته می شود دیوارها و کف مدرسه صدر بازار نم گرفته بوده و طلاب در وضعیت اسفناکی به درس خواندن ادامه می دادند. حتی این مدرسه مهم تا دهه پنجاه برق کشی نشده بود و در نهایت به همت بازاریان این امر صورت پذیرفت.
اندیشه پهلوی بر دو رکن باستانگرایی و مدرن گرایی بنا شده بود و در زمینه اداره کشور هم دو رکن نظامی گری و بزرگ شدن دولت همه امور دیگر را می بلعید.
وی با بیان اینکه مقابل این باستان گرایی و مدرن شدن، نظامی گری و دولت گرایی، دو ستون بازار و روحانیت همچنان مقاومت می کردند و به طور کامل حل نشده بودند. این دو ستون در آن زمان با هم هماهنگ بودند؛ تلاش هایی برای کاهش قدرت هر یکی از این دو رکن در دستور حکومت مرکزی بود.
در واقع حوزه و روحانیت باید به نحوی کنترل می شد که این دو پایگاه نتوانند علیه سیاست های پهلوی اقدام کنند. مسجد و حوزه دو پایگاه فیزیکی روحانیون است که اصلی ترین نمادهای آن در اصفهان تضعیف شد اما جامعه دينی اصفهان با مقاومت های خود اجازه نداد این پروژه به نهایت برسد و در نهایت اقدامات پهلوی به نتیجه کامل نرسید.
