سازمان مجاهدین خلق ایران سازمان سیاسی اسلام‌گرا و چپ‌گرا با ساختار شبه‌نظامی است. رهبری این سازمان با مسعود رجوی و مریم رجوی است. از سال ۱۳۸۲ زنده بودن مسعود رجوی در پرده ابهام قرار دارد و در غیاب وی همسرش مریم رجوی عملاً رهبری این سازمان را برعهده دارد. از ۱۵ شهریور ۱۳۹۶ دبیرکل این سازمان زهرا مریخی است.
این سازمان در ۱۵ شهریور سال ۱۳۴۴ به رهبری محمد حنیف‌نژاد، سعید محسن و عبدالرضا نیک‌بین پایه‌گذاری شد؛ اما بعد از انقلاب سال ۱۳۵۷، عبدالرضا نیک‌بین از فهرست رسمیِ بنیان‌گذاران، حذف شد و علی‌اصغر بدیع‌زادگان –که از سال ۱۳۴۵ به سازمان پیوسته بود– جایگزین او شد.
سازمان مجاهدین پس از شکل‌گیری، به اقدام مسلحانه بر ضد دودمان پهلوی پرداخت. در سال ۱۳۵۱ سازمان امنیت و اطلاعات کشور (ساواک)، موفق به دستگیری رهبران اولیه این سازمان شده و به حکم دادگاه نظامی وقت، به جُرم «اقدام علیه امنیت کشور، اعمال تروریستی (ترور اتباع ایرانی و آمریکایی)»، به اعدام، محکوم و برخی نیز زندانی شدند. در سال ۱۳۵۴ خورشیدی، برخی به رهبریِ تقی شهرام و بهرام آرام، اقدام به ترور و حذف اعضای مذهبی، از جمله، مجید شریف واقفی در بیرون زندان کردند و با به‌دست گرفتن بخشی از سازمان، بیانیهٔ اعلام تغییر ایدئولوژی از اسلام به مارکسیسم را منتشر کردند. پس از آن، اعضای سازمان به دو دسته: مارکسیست به رهبری تقی شهرام و بهرام آرام و نیز مسلمان به رهبری مسعود رجوی و موسی خیابانی، تقسیم شدند.
پس از پیروزی انقلاب ۱۳۵۷ ایران، بخش مذهبی سازمان مجاهدین خلق به رهبری موسی خیابانی و مسعود رجوی، فعالیت خود را تحت عنوان جنبش ملی مجاهدین، اعلام کردند؛ ولی دربارهٔ اختلاف نظر با روحانیان وقت، از جمله روح‌الله خمینی، به مخالفت بر ضد نظام جمهوری اسلامی روی آورد. پس از تظاهرات ۳۰ خرداد ۱۳۶۰ و برکناری ابوالحسن بنی‌صدر، این سازمان، هدف خود را سرنگونی نظام جمهوری اسلامی ایران عنوان کرد. اعضای سازمان مجاهدین، دو سال بعد از جنگ ایران و عراق، در سال ۱۳۶۱ به عراق رفتند و با همکاری ارتش عراق، اقدام به تشکیل بازویی نظامی به نام «ارتش آزادی‌بخش ملی ایران» کرد و در کنار ارتش عراق در جنگ بر ضد ایران، مشارکت کرد. این نیروی نظامی در طول جنگ ایران و عراق، از سوی خاک عراق، بیش از یک‌صد عملیات نظامی بر ضد مواضع نیروهای ایرانی شکل داد. مهم‌ترین عملیات نظامی سازمان در سال ۱۳۶۷ تحت عنوان فروغ جاویدان انجام شد و جمهوری اسلامی در واکنش به آن اعدام زندانیان سیاسی (تابستان ۱۳۶۷) همه اعضای زندانی سازمان را که حاضر به برائت از سازمان و ابراز ندامت از اعمال خود نشده بودند را در زندان‌های ایران اعدام کرد. اگرچه آمار دقیقی از تعداد اعدام شدگان منتشر نشده ولی گزارشگر ویژه حقوق بشر سازمان ملل متحد تعداد آنها را ۱۸۷۹ نفر و دیگر منابع ۳۰۰۰ نفر تخمین زده‌اند.
این سازمان به وسیله حکومت پهلوی سابق و جمهوری اسلامی ایران و دولت عراق به عنوان یک سازمان تروریستی شناخته شده‌است. برخی دولت‌های غربی نیز برای حدود یک دهه این سازمان را در فهرست گروه‌های تروریستی قرار داده بودند اما بعداً این سازمان را از این فهرست خارج کردند.
در دوران حکومت پهلوی و جمهوری اسلامی از لقب «مارکسیست اسلامی» برای این سازمان استفاده می‌شده‌است. در ادبیّاتِ حکومتی ایران از سازمان مجاهدین خلق با عناوینی چون «سازمان منافقین» یاد می‌شود. بسیاری از اعضای جدا شده و همچنین محققان این سازمان را دارای ماهیت فرقه‌ای دانسته و از عنوان فرقه رجوی برای اشاره بدان استفاده می‌گردد.
طبق گزارش سال ۱۳۸۸ مؤسسه بروکینز این سازمان به نظر غیر دموکراتیک است و محبوبیت ندارد اما به عنوان یک پروکسی در داخل ایران علیه حکومت تهران حضور عملیاتی دارد. یگانه ترابی خبرنگار رویترز و جاناتان وایت استاد علوم سیاسی مؤسسه اروپا گفته‌اند که این گروه هنوز هم میان ایرانیان نامحبوب است.
پس از انقلاب اسلامی ایران :
دیدار مسعود رجوی و موسی خیابانی با روح‌الله خمینی
روز ۳۰ دی ۱۳۵۷ آخرین سری زندانیان سیاسی سازمان مجاهدین از زندان قصر آزاد شدند، مسعود رجوی در اولین سخنرانی پس از آزادی از زندان در ۴ بهمن ۱۳۵۷ در دانشگاه تهران بر شعار «پیروز باد انقلاب دموکراتیک ایران» تأکید کرد و گفت «مگر می‌شود بهار را از آمدن بازداشت و مانع روئیدن لاله‌ها شد، و مگر می‌شود ملتی را تا به ابد اسیر نگه داشت؟ مگر می‌شود خلقی را تا به ابد در زنجیر نگه داشت؟ نه … نه …»
در پیروزی انقلاب ۱۳۵۷ ایران، مجاهدین خلق این واقعه را به رهبر انقلاب (سید روح‌الله خمینی) و ملّت ایران تبریک گفتند و او را «امام» نامیدند. مسعود رجوی که مدتی پیش از انقلاب ۱۳۵۷ و سرنگونی شاه، در ۳۰ دی ۱۳۵۷ از زندان آزاد شده و ریاست سازمان مجاهدین را به عهده گرفته بود، به همراه موسی خیابانی به دیدار سید روح‌الله خمینی رفتند. مجاهدین با استفاده از فضای آزادتری که پدید آمده بود، با بالا گرفتن تب فعّالیت‌های سیاسی همچون سایر احزاب به سرعت رشد کرد. دیدگاه‌ها و نگرش‌های مختلف احزاب و گروه‌ها پیرامون نوع حکومت پس از سرنگونی حکومت پهلوی، مطالبات قومی و در خواست فدرالیسم در میان برخی اقوام ایران، دخالت برخی دولت‌های خارجی و نهایتاً ضعف نهادهای مدنی و فرهنگ فعالیت دموکراتیک، تب شدید فعالیت‌های سیاسی در ایران پس از انقلاب را به سمت تنش و درگیری مسلحانه پیش برد. مرگ سید محمود طالقانی، باعث افزایش تنش میان دو طرف گردید، چرا که با توجّه به محبوبیت فراوان او در میان مجاهدین و مقبولیتش در بین روحانیون سنتی و دیگر گروه‌های مذهبی، دعوت او به آرامش ممکن بود کارساز واقع شود.
پس از انقلاب سازمان مجاهدین خلق با نام رسمی جنبش ملی مجاهدین فعالیت خود را آغاز کرده و در تراکت‌های رسمی نیز خود را به همین نام می‌خواند.
فاز سیاسی سازمان
در پی تعیین صلاحیت نامزدهای اولین انتخابات ریاست جمهوری در سال ۱۳۵۸، مسعود رجوی به عنوان کاندید سازمان مجاهدین، اعلام آمادگی نمود که مخالفت برخی همچون جمعیت فدائیان اسلام را برانگیخت. این گروه طی نامهٔ سرگشاده‌ای به شورای انقلاب، خواستار حذف برخی کاندیداها، که منحرف نامیده بود، شد و عنوان داشت که در غیر این صورت، خود وارد عمل خواهد شد. متعاقباً در تاریخ ۲۹ دی، از سید روح‌الله خمینی دربارهٔ انتخابات ریاست جمهوری و اعتقاد نامزدها به قانون اساسی، پرسشی به عمل آمد و وی در پاسخ نوشت:
کسانی که به قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران رأی مثبت نداده‌اند، صلاحیت ندارند، رئیس‌جمهور ایران شوند
تلگراف سازمان مجاهدین خلق ایران به روح‌الله موسوی خمینی
با اعلام نظر خمینی، رجوی از دور انتخابات کنار رفت و سازمان مجاهدین خلق تلویحاً وزارت کشور را در این امر مقصر قلمداد کرد. از آن روز به بعد، مجاهدین به صورت علنی به محکوم کردن حکم خمینی پرداختند و مقامات دولتی نیز در پاسخ، به توقیف روزنامهٔ مجاهدین، که فروش آن ۱۶ برابر بیشتر از روزنامهٔ روحانیون حاکم (حزب جمهوری اسلامی) بود، بازداشت چندین تن از سران آن سازمان و ممنوع اعلام کردن فعّالیّت آنها پرداختند. اتفاقات دیگری همچون دستگیری محمدرضا سعادتی، یکی از مهم‌ترین اعضای سازمان، آن هم به اتهام جاسوسی، وضعیت را وخیم‌تر کرد .
اتحاد با بنی‌صدر و آغاز مبارزه مسلحانه:
به دنبال کشمکش‌ها و اختلاف نظرهای رئیس‌جمهور وقت، ابوالحسن بنی‌صدر با حزب جمهوری اسلامی و تلاش ناموفقش در جهت سلب اختیارات آنان و در نتیجه از دست دادن حمایت خمینی، از آن‌جا که او به تنهایی توان مقابله با مخالفانش را نداشت و پیش‌تر هیچ‌گاه به ایجاد یک حزب یا ائتلاف اقدام نکرده بود، با مجاهدین خلق که پیش‌تر از آنها به شدت انتقاد کرده بود، متحد شد. در اواخر ماه خرداد او که برای حفظ جان خویش در اختفا به سر می‌برد، مردم را به قیام فراخواند. مجاهدین خلق نیز در پی تعارضات شدید با نظام جمهوری اسلامی در سال ۱۳۵۹، از بنی‌صدر حمایت کرده و در تاریخ ۲۹ خرداد ۱۳۶۰ از هوادارانشان خواستند تا علیه نظام به خیابان‌ها بریزند. یک روز پس از آن، تظاهرات خشونت‌آمیزی در شهرهای مختلف کشور به راه افتاد. در تهران حدود پانصد هزار نفر در خیابان‌ها به دادن شعار و اعتراض و درگیری با نیروهای نظام پرداختند.[ نظام نیز با اعلام خمینی، مبنی بر اینکه «آنان که علیه حاکمان شرع حرف می‌زنند، با اسلام به مبارزه می‌پردازند»، به سرعت عکس‌العمل نشان داد. چنان‌که تنها در اطراف دانشگاه تهران حدود ۵۰ نفر کشته، ۲۰۰ نفر مجروح و ۱۰۰۰ نفر دستگیر شدند. روز بعد، بنی‌صدر برکنار و دستور بازداشت او توسط خمینی، به اتهام خیانت و توطئه علیه نظام، صادر شد و به این ترتیب رقابت‌های سیاسی وارد عرصهٔ خشونت‌آمیزی گشت.
بمب‌گذاری در دفتر حزب جمهوری اسلامی
در روز ۷ تیر ۱۳۶۰ در حالی که در دفتر حزب جمهوری اسلامی، اجلاسی از سران آن در حال برگزاری بود، بمب قدرتمندی منفجر شده و بیش از هفتاد تن از مقامات بلندپایه حکومتی از جمله، دبیرکل حزب و رئیس دیوان عالی کشور بهشتی، چهار تن از وزرای کابینهٔ دولت، ۲۳ نمایندهٔ مجلس و چندین تن از دیگر مقامات ترور شدند. مدتی بعد کرسی ریاست جمهوری به محمدعلی رجایی سپرده شد و به سمت دبیرکل حزب جمهوری اسلامی انتخاب شد. هم چنین وی محمدجواد باهنر را به مقام نخست‌وزیری خویش برگزید. مسعود رجوی و ابوالحسن بنی‌صدر که در خفا به سر می‌بردند، توسط خلبان اختصاصی شاه سابق ایران، بهزاد معزی، طی یک عملیات پروازی از پایگاه یکم شکاری مهرآباد به وسیلهٔ یک جت مسافربری از کشور خارج و در فرودگاه پاریس فرود آمدند. رجوی و بنی‌صدر به همراه برخی گروه‌های دیگر، آغاز فعالیت شورای ملی مقاومت را برای مبارزه با نظام جمهوری اسلامی اعلام کردند.
بمب‌گذاری در دفتر نخست‌وزیری ایران:
دو ماه پس از حادثهٔ بمب‌گذاری ماه تیر، در انفجار مهیب دیگری در دفتر نخست‌وزیری به تاریخ ۸ شهریور، رجایی و باهنر ترور شدند. گرچه هیچ گروهی مسئولیت بمب‌گذاری‌ها را برعهده نگرفت، اما جمهوری اسلامی، مجاهدین خلق را عامل این اقدامات اعلام نمود. با این وجود مجاهدین مسئولیت دیگر ترورها را پس از عزل بنی‌صدر پذیرفتند. از جمله ترورهایی که در فاصله چند ماه اتفاق افتاد، می‌توان به ترور امام جمعهٔ شهرهای تبریز، کرمان، شیراز، یزد و باختران، یک استاندار، سرپرست زندان اوین، تنی چند از قضات دادگاه‌های انقلاب، نمایندگان مجلس، مقامات پایین رتبه دولتی و اعضای سازمان‌های انقلابی اشاره کرد.
چندی پس از انتقال اغلب نیروهای سازمان به عراق و تغییر استراتژی جنگ چریکی به جنگ کلاسیک، در آخرین سال جنگ ایران و عراق و در شرایطی که توان نظامی ایران در پی چندین سال جنگ فرسایشی و توان اقتصادی و روحی ایرانیان با کاهش بسیار شدید درآمدهای نفتی شدیداً تحلیل رفته‌است، سازمان مجاهدین، رویارویی علنی با نیروهای ایرانی در جبهه‌ها را آغاز می‌کند.
عملیات فروغ جاویدان
سازمان مجاهدین خلق از ۳۰ خرداد ۱۳۶۰، علیه نظام جمهوری اسلامی ایران، اعلام مبارزهٔ مسلحانه کرد. مسعود رجوی در گزارشی گفته‌است در مرحله اول از سال ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۱، ۱۲ هزار نفر کشته شده‌اند. به همین جهت این سازمان از سوی جمهوری اسلامی ایران سازمان تروریستی محسوب می‌شود. علاوه بر عملیات‌های مسلحانه‌ای که سازمان مسئولیت آن را پذیرفته‌است، برخی ترورها و عملیات‌های نظامی دیگر هم به سازمان نسبت داده شده‌است.
