در تاریخ 21 فروردین سال 1368 مرحوم واعظ طبرسی، نامه‌ای به حضرت امام (ره) می‌نویسند و در آن نامه کسب تکلیف می‌نمایند به این مضمون:
آستان قدس و تمام شرکت‌ها و مؤسسات وابسته، مشمول پرداخت مالیات می‌شوند یا خیر؟ حضرت امام در جوابیه می‌نویسند همان طور که قبلا گفتم آستان قدس از پرداخت مالیات معاف است.در نظر داشته باشید مسائل مطرح شده، از مسائل فقهی است. یعنی وقتی که حضرت امام به عنوان حاکم شهر تصمیم می‌گیرند که آستان قدس و هدیا، نذورات و موسسات وابسته که بر اساس همین هدیا و نذورات فعالیت می‌کنند، مالیات نپردازند یک بحث فقهی است.
بر همین اساس که هدیا و نذورات از پرداخت مالیات آستان قدس معاف‌اند، طبق نظر حضرت امام، یک ماده‌ای در قانون مالیات‌های مستقیم وجود دارد به اسم ماده 139 که این ماده یک بندی دارد به نام بند الف. اگر می‌خواهید در مورد مالیات آستان قدس بیشتر بدانید، پیشنهاد می‌کنم ویدئو زیر که از طریق کانال رسمی نان رضوی در وبسایت عرضه شده است را مشاهده کنید.
در بند الف، ذکر می‌شود که نه تنها آستان قدس بلکه بسیاری از آستان‌های دیگر چون شاه چراغ، شاه عبدالعظیم، آستان حضرت معصومه (س)، مساجد و خیلی از جاهای دیگری که مرتبط با نذورات و کارهای فرهنگی هستند، از پرداخت مالیات معاف‌اند. و من جمله برای معافیت قانون مالیات‌های مستقیم ما اسم خیلی از سایت‌ها، موسسات فرهنگی و خیلی از موسسات مطبوعاتی را مشاهده می‌کنیم. یعنی همان کسانی که مدام ذکر می‌کنند چرا آستان قدس مالیات نمی‌دهد!
سوالی اینجا مطرح می‌شود: چرا مرقد امام مالیات نمی‌دهد؟ چرا کسی به نپرداختن مالیات مرقد امام اعتراض نمی‌‍‌کند؟ یا چرا شاه چراغ و آستان حضرت معصومه(س) مالیات نمی‌دهد یا حتی کسانی که کارهای فرهنگی یا مطبوعاتی می کنند چرا مالیات نمی‌پردازند؟ زیرا آستان قدسی که در آن اقای رئیسی باشد یا آستان قدسی که در آن دولت از حمله به آن منفعتی دارد، جنبه سیاسی کار بسیار بیشتر است تا جنبه عقلانی. نکته دیگر اینکه مرقد حضرت امام بودجه دولتی دارد و آستان قدس رضوی بودجه دولتی هم ندارد.
در سال 1395 اقای سید ابراهیم رئیسی، بر اساس حکم مقام معظم رهبری تولیت آستان قدس رضوی را بر عهده می‌گیرد. در 13/9/1395، اقای رئیسی مجدد در قالب یک نامه از مقام معظم رهبری کسب تکلیف مجدد می‌کنند که آیا آستان قدس از مالیات معاف هست؟ و مقام معظم رهبری در پاسخ نامه می‌فرماید که بله آستان قدس رضوی از مالیات معاف است.
لازم به ذکر است که آستان قدس و موسسات وابسته تنها مالیات‌های مستقیم را نمی‌پردازند اما مالیات بر ارزش افزوده و مالیات‌های تکلیفی را باید پرداخت کنند.حال در یک بررسی ساده:
55.000.000.000 تومان در سال، میزان مالیاتی است که آستان قدس بابت مالیات بر ارزش افزوده و مالیات‌های تکلیفی به دولت پرداخت می‌کنند. 3.400.000.000.000 تومان مبلغی است که دولت، به آستان قدس رضوی بدهکار است. اگر ما می‌توانستیم مبلغی که دولت به آستان قدس بدهکار است را در بانک سپرده کنیم، با سود 18% ماهیانه مبلغی حدود 51.000.000.000 تومان در ماه سود این پول است.
البته دولت بدهی‌های خود را می‌دهد اما در قالب واگذاری شرکت‌های ورشکسته‌ی خود به آستان قدس! در این صورت در خبرها روی این قضیه مانور داده می‌شود که تعداد زیادی شرکت تحت نظر آستان قدس فعالیت می‌کنند که مالیات زیادی دارد و آستان قدس هم از پرداخت مالیات معاف است!
در حالی که طبق آمار رسمی، بسیاری از شرکت‌هایی که به آستان قدس واگذار شده‌اند، زیانده هستند! در این حالت، آستان قدس طبق قاعده طبق روندی که دولت پیش گرفته بود برای بستن واحدهای تولید باید شرکت‌های وابسته‌ای که زیانده هستند را تعطیل نماید و کارگران آن‌ها را بیکار کند. اما آستان قدس همین کار را هم انجام نداده است و از منابع آستان قدس، حقوق کارگران پرداخت می‌شود.
همان طور که ذکر شد بر اساس بند الف ماده 139 قانون مالیات‌های مستقیم، بسیاری جاهای دیگر هستند که از مالیات معاف هستند مانند خبرگزاری‌های ایرنا و بعضی از مطبوعات که بعضا خود منبع درآمد دارند. یعنی کارهای اقتصادی انجام می‌دهند. حتی بعضی از این موسسات یارانه دولتی هم دریافت می‌کنند.
همان طور که می‌دانید ما در کشورمان ایران، مناطق محروم بسیاری داریم که نیاز به رسیدگی دارند؛ وظایف دولت، رسیدگی به این مناطق محروم است. بودجه‌ای که در اختیار دولت قرار داده می‌شود از پول فروش نفت و منابع مالی مختلف دیگر برای بهبود وضع مناطق محروم است. آستان قدس رضوی در بسیاری از مناطق محروم کشور، مدرسه ساخته است. همچنین در زلزله کرمانشاه چند ده میلیارد تومان کمک‌های آستان قدس سریع‌تر از کمک‌های دولتی به کرمانشاه رسید. به علاوه آب رسانی که در سیستان و بلوچستان انجام شد با هزینه آستان قدس بود.
آستان قدس فعالیت‌ها و خدمت‌رسانی‌های پزشکی و بهداشتی بسیاری هم انجام داده‌است از جمله ساخت بیمارستان و درمانگاه و تامین داروهای مورد نیاز افراد تا جایی که با روند صعودی قیمت دارو، شرکت‌های داروسازی آستان قدس، بعضی داروها را با همان قیمت قبل عرضه می‌کنند. تنها در سه آستان خراسان شمالی، رضوی و جنوبی بیش از 10.000 بیمار به صورت رایگان درمان شدند و داروهایشان هم به صورت رایگان در اختیارشان قرار گرفت. همچنین روزانه حدود 10.000 غذای گرم و 20.000 غذای خشک بین نیازمندان عرضه می‌شود.
سالانه حدود 25000 زائری که از مرز مهران وارد کشور می‌شوند توسط آستان قدس پذیرایی می‌شوند. ساخت اقامتگاه‌های بین راهی، ساخت مراکز فرهنگی و تفریحگاهی که به صورت رایگان در اختیار دانشگاه‌ها و مدارس قرار می‌گیرند، کمک هزینه خرید جهیزیه، کمک به لایروبی قنات‌ها و کمک به اهداء دام زنده به دام‌پروران از جمله خدمت‌رسانی‌های آستان قدس رضوی در کشور است.
