منجی گرایی محور اصلی ماتریکس است. زمین در سیتره ماشین ها قرار گرفته و انسانها بکلی شکست خورده اند و در تنها شهر باقی مانده در شهر زیر زمینی زایان خزیده اند اما قرار است بر گزیده ای آنها را نجات دهد همچنان و در این رویداد گروهی منکر منجی هستند مانند فرمانده لاک و گروهی مومن و معتقد به منجی مانند مورفیوس و ترینیتی , ترینیتی از پیشگو شنیده است که عاشق منجی خواهد شد. گروهی از انسانهای خردمند یعنی اعضای شورای رهبری هم با توجه به عمل کرد منجی به او کمابیش اعتقاد داشته و در هر بزنگاهی نئو و مورفیوس را یاری میکنند مانند انجه یکی از اعضای شورا مورفیوس را از چنگ فرمانده لاک در هنگام بازجویی کردن بخاطر تمرد بیرون کشید و یا صفینه بخت النصر را در کمال مخالفت فرمانده لاک برای ارتباط با پیشگو فرستادند و در ادامه دو فروند صفینه را در قسمت سوم بدنبال بخت النصر فرستادند.
بار ها ار نئو بعنوان مسیح یاد میشود . منجی گرایی که محور اصلی فیلم است یکی از عناصر مرتبط با زیر لایه های مسیحی - یهودی فیلم است هر چند که فیلم از اساس ادعای دینی ندارد .
در ادیان بزرگ و ریشه دار آمدن منجی که در نبرد نهایی خیر و شر , شر را به نابودی نهایی خواهد کشید پیش گویی شده است . اما اینجا منجی نجاتدهنده زایان که درون مایه یهودی مسیحی دارد نشان دهنده گرایش فیلم ماتریکس به هویت مسیحی صهیونیتی دارد.
هر چند ماتریکس به تفکرات و باور های بسیاری اشاراتی دارد. در جایی که نئو و مورفیوس قرار است به ساختمان امنیتی که ارشیتکت در ان است بروند و باید برق را قطع کنند در اینجا کلید ساز میگوید که پس از قطع برق 314 ثانیه فرصت دارند زیرا پس از ان برق اظطراری وصل خواهد شد این چنین به درون مایه های شیعه ای نجات بخش نیز هر چند کم اشاراتی میشود.
نئو در عمل لباس کشیش های کاتولیک را بر تن دارد تا او را بیشتر بتوانیم با مسیح مسیحیان بشناسیم.
در نهایت وقتی نئو وارد اتاق ارشیتکت شد متوجه شد این ششمین نمونه از ماتریکس زایان و ششمین منجی ایست و تمام داستان از جمله خود منجی بخشی از سیستم کنترول بوده است.
