ژن‌ها واحدهای ساختاری و عملکردی DNA هستند که حاوی اطلاعات لازم برای سنتز یک پروتئین هستند. جهش‌های ژنتیکی تغییراتی در توالی DNA هستند که می‌توانند منجر به تغییر در ساختار یا عملکرد پروتئین‌ها شوند.
نامگذاری جهش‌های ژنتیکی یک استاندارد مهم است که به محققان در شناسایی و مقایسه جهش‌ها کمک می‌کند. یکی از استانداردهای رایج برای نامگذاری جهش‌های ژنتیکی در انسان، استاندارد Human Genome Variation Sequence (HGUS) است.
در این مطلب، به بررسی استاندارد HGUS و نحوه استفاده از آن برای نامگذاری جهش‌های ژنتیکی در انسان می‌پردازیم.
ژن‌ها را همیشه به صورت ایتالیک و با حروف بزرگ می‌نویسیم. یک ژن وجود دارد و با ngs آنالیز انجام شده و متوجه شدند در ژن TTN یک واریانتی ایجاد شده است. اگر این واریانت تک نوکلئوتیدی در ناحیه اگزون باشد و باعث تغییر در پروتئین شود از حرف C استفاده می‌کنند. به این استانداردها که برای گزارش واریانت استفاده می‌شود HGUS گفته می‌شود.
Human Genome Variation Sequence = HGUS
HGUS Nomenclature = نامگذاری به شیوه HGVS
۱- هر واریانتی به معنای تغییر است و تمام واریانت‌ها باید در سطح DNA گزارش شوند و بعد می‌توان اختیار داشت برای گزارش واریانت در سطح mRNA و پروتئین.
۲- جهش‌های نقطه‌ای(point mutation):
الف. جایگزینی باز= substitution همیشه از علامت "<" استفاده می‌شود.
ب. Insertion
ج. Deletion
۳- در این روش یکسری پیش‌فرض‌هایی وجود دارد:
الف. ".C" می‌شود coding DNA = به طور مثال وقتی گفته می‌شود C.62185 یعنی با احتساب اینکه نوکلئوتید A در ATG آغاز، +1 است، نوکلئوتید شامل واریانت نوکلئوتید 62185 از نقطه آغاز دور ناحیه coding است.
ب. ".P" می‌شود Protein = همیشه یک توالی مرجع وجود دارد که بر اساس آن واریانت‌ها را بررسی می‌کنند = reference sequence.
به طور مثال P.R20729G یعنی در Pr در موقعیت 20729 آمینواسید R تبدیل به آمینواسید G شده است. این واریانت به این دلیل ایجاد شده است که در ناحیه coding، باز A تبدیل به G شده است.
ج. ".g" می‌شود genomic = زمانیکه تغییر در ناحیه اینترون اتفاق افتاده است و تغییری در سطح Pr دیده نمی‌شود به همین دلیل در سطح genomic بیان می‌شود. اما تغییراتی که در سطح coding است می‌توان در سطح genomic هم گزارش کرد با تفاوت اینکه در سطح coding این +1 باز A در ATG است اما در سطح ژنومیک +1 اولین نوکلئوتید است که رونویسی می‌شود.
اگر واریانتی در اینترون باشد و جایگاه Splicing باشد می‌توان هم در سطح coding و هم در سطح genomic این واریانت را گزارش کرد.
استاندارد HGUS یک روش استاندارد و جامع برای نامگذاری جهش‌های ژنتیکی در انسان است. این استاندارد به محققان در شناسایی و مقایسه جهش‌ها کمک می‌کند و می‌تواند در تحقیقات ژنتیکی، پزشکی و زیست‌شناسی مولکولی کاربرد داشته باشد.
