سازمان مجاهدین خلق ایران، سازمانی سیاسی اسلام گرا و چپ گرا با ساختار شبه نظامی است. رهبری این سازمان با مسعود رجوی و مریم رجوی است. از سال 1382 زنده بودن مسعود رجوی در پرده ابهام قرار دارد و در غیاب وی همسرش مریم رجوی عملا رهبری این سازمان را برعهده دارد. از 15 شهریور 1396 دبیرکل این سازمان، زهرا مریخی است.این سازمان در تاریخ 15شهریور 1344 به رهبری محمدحنیف نژاد، سعید محسن و عبدالرضا نیک بین پایه گذاری شد، اما بعد از انقلاب سال 57 ،عبدالرضا نیک بین از فهرست رسمی بنیان گذاران حذف شد و علی اصغر بدیع زادگان که از سال 1345 به سازمان پیوسته بود جایگزین او شد.
سازمان مجاهدین پس از شکل‌گیری، به اقدام مسلحانه بر ضد دودمان پهلوی پرداخت. در سال ۱۳۵۱ سازمان امنیت و اطلاعات کشور (ساواک)، موفق به دستگیری رهبران اولیه این سازمان شده و به حکم دادگاه نظامی وقت، به جُرم «اقدام علیه امنیت کشور، اعمال تروریستی (ترور اتباع ایرانی و آمریکایی)»، به اعدام، محکوم و برخی نیز زندانی شدند. در سال ۱۳۵۴ خورشیدی، برخی به رهبریِ تقی شهرام و بهرام آرام، اقدام به ترور و حذف اعضای مذهبی، از جمله، مجید شریف واقفی در بیرون زندان کردند و با به‌دست گرفتن بخشی از سازمان، بیانیه ی اعلام تغییر ایدئولوژی از اسلام به مارکسیسم را منتشر کردند. پس از آن، اعضای سازمان به دو دسته: مارکسیست به رهبری تقی شهرام و بهرام آرام و نیز مسلمان به رهبری مسعود رجوی و موسی خیابانی، تقسیم شدند.
پس از پیروزی انقلاب ۱۳۵۷ ایران، بخش مذهبی سازمان مجاهدین خلق به رهبری موسی خیابانی و مسعود رجوی، فعالیت خود را تحت عنوان جنبش ملی مجاهدین، اعلام کردند؛ ولی درباره ی اختلاف نظر با روحانیان وقت، از جمله روح‌الله خمینی، به مخالفت بر ضد نظام جمهوری اسلامی روی آورد. پس از تظاهرات ۳۰ خرداد ۱۳۶۰ و برکناری ابوالحسن بنی‌صدر، این سازمان، هدف خود را سرنگونی نظام جمهوری اسلامی ایران عنوان کرد. اعضای سازمان مجاهدین، دو سال بعد از جنگ ایران و عراق، در سال ۱۳۶۱ به عراق رفتند و با همکاری ارتش عراق، اقدام به تشکیل بازویی نظامی به نام «ارتش آزادی‌بخش ملی ایران» کرد و در کنار ارتش عراق در جنگ بر ضد ایران، مشارکت کرد. این نیروی نظامی در طول جنگ ایران و عراق، از سوی خاک عراق، بیش از یک‌صد عملیات نظامی بر ضد مواضع نیروهای ایرانی شکل داد. مهم‌ترین عملیات نظامی سازمان در سال ۱۳۶۷ تحت عنوان فروغ جاویدان انجام شد و جمهوری اسلامی در واکنش به آن اعدام زندانیان سیاسی (تابستان ۱۳۶۷) همه اعضای زندانی سازمان را که حاضر به برائت از سازمان و ابراز ندامت از اعمال خود نشده بودند را در زندان‌های ایران اعدام کرد. اگرچه آمار دقیقی از تعداد اعدام شدگان منتشر نشده ولی گزارشگر ویژه حقوق بشر سازمان ملل متحد تعداد آنها را ۱۸۷۹ نفر و دیگر منابع ۳۰۰۰تا ۴۴۸۲نفر تخمین زده‌اند.
این سازمان به وسیله حکومت پهلوی سابق و جمهوری اسلامی ایران و دولت عراق به عنوان یک سازمان تروریستی شناخته شده‌است. برخی دولت‌های غربی نیز برای حدود یک دهه این سازمان را در فهرست گروه‌های تروریستی قرار داده بودند اما بعداً این سازمان را از این فهرست خارج کردند.
در دوران حکومت پهلوی و جمهوری اسلامی از لقب «مارکسیست اسلامی» برای این سازمان استفاده می‌شده‌است. در ادبیّاتِ حکومتی ایران از سازمان مجاهدین خلق با عناوینی چون «سازمان منافقین» یاد می‌شود..بسیاری از اعضای جدا شده و همچنین محققان این سازمان را دارای ماهیت فرقه‌ای دانسته و از عنوان فرقه رجوی برای اشاره بدان استفاده می‌گردد.
طبق گزارش سال ۱۳۸۸ مؤسسه بروکینز این سازمان به نظر غیر دموکراتیک است و محبوبیت ندارد اما به عنوان یک پروکسی در داخل ایران علیه حکومت تهران حضور عملیاتی دارد. یگانه ترابی خبرنگار رویترز و جاناتان وایت استاد علوم سیاسی مؤسسه اروپا گفته‌اند که این گروه هنوز هم میان ایرانیان نامحبوب است.
بنیان‌گذاران این سازمان، محمد حنیف‌نژاد، سعید محسن و علی‌اصغر بدیع‌زادگان که از فعالان مسلمان جبهه ملی دوم ایران بودند (که پس از تشکیل نهضت آزادی، از فعّالان یا هواداران آن سازمان شدند) و یکی از اعضای نهضت آزادی به نام عبدالرضا نیک‌بین رودسری معروف به «عبدی»، گرد هم آمدند و سازمانی را بنیان نهادند. در نخستین بیانیه ی سازمان که در ۲۰ بهمن ۱۳۵۰ پخش گردید، آمده‌است:
... هسته ی اولیّه ی سازمان که هم‌اکنون برای اولین بار نام آن را فاش می‌کنیم در ۶ سال قبل و با شرکت برخی از کادرهای سابق نهضت آزادی ایران … به شکل مخفی بنیاد یافت …
حنیف‌نژاد در بازجویی‌های خود چنین گفت:
... حاصل آنکه کم‌کم به فکر حل مسئله افتادم. آن‌وقت مدّتی بود که با سعید محسن و عبدالرضا نیک بین آشنا شدم با هم قرار گذاشتیم که مطالعاتی داشته باشیم … قرار بر این گذاشتیم که افرادی را در دور خودمان عضوگیری کنیم و آنها را به مطالعه بکشانیم.
روز ۳۰ دی ۱۳۵۷ آخرین سری زندانیان سیاسی سازمان مجاهدین از زندان قصر آزاد شدند، مسعود رجوی در اولین سخنرانی پس از آزادی از زندان در ۴ بهمن ۱۳۵۷ در دانشگاه تهران بر شعار «پیروز باد انقلاب دموکراتیک ایران» تأکید کرد و گفت «مگر می‌شود بهار را از آمدن بازداشت و مانع روئیدن لاله‌ها شد، و مگر می‌شود ملتی را تا به ابد اسیر نگه داشت؟ مگر می‌شود خلقی را تا به ابد در زنجیر نگه داشت؟ نه … نه …»
در پیروزی انقلاب ۱۳۵۷ ایران، مجاهدین خلق این واقعه را به رهبر انقلاب (سید روح‌الله خمینی) و ملّت ایران تبریک گفتند و او را «امام» نامیدند. مسعود رجوی که مدتی پیش از انقلاب ۱۳۵۷ و سرنگونی شاه، در ۳۰ دی ۱۳۵۷ از زندان آزاد شده و ریاست سازمان مجاهدین را به عهده گرفته بود، به همراه موسی خیابانی به دیدار سید روح‌الله خمینی رفتند. مجاهدین با استفاده از فضای آزادتری که پدید آمده بود، با بالا گرفتن تب فعّالیت‌های سیاسی همچون سایر احزاب به سرعت رشد کرد. دیدگاه‌ها و نگرش‌های مختلف احزاب و گروه‌ها پیرامون نوع حکومت پس از سرنگونی حکومت پهلوی، مطالبات قومی و در خواست فدرالیسم در میان برخی اقوام ایران، دخالت برخی دولت‌های خارجی و نهایتاً ضعف نهادهای مدنی و فرهنگ فعالیت دموکراتیک، تب شدید فعالیت‌های سیاسی در ایران پس از انقلاب را به سمت تنش و درگیری مسلحانه پیش برد. مرگ سید محمود طالقانی، باعث افزایش تنش میان دو طرف گردید، چرا که با توجّه به محبوبیت فراوان او در میان مجاهدین و مقبولیتش در بین روحانیون سنتی و دیگر گروه‌های مذهبی، دعوت او به آرامش ممکن بود کارساز واقع شود.
پس از انقلاب سازمان مجاهدین خلق با نام رسمی جنبش ملی مجاهدین فعالیت خود را آغاز کرده و در تراکت‌های رسمی نیز خود را به همین نام می‌خواند.
به دنبال کشمکش‌ها و اختلاف نظرهای رئیس‌جمهور وقت، ابوالحسن بنی‌صدر با حزب جمهوری اسلامی و تلاش ناموفقش در جهت سلب اختیارات آنان و در نتیجه از دست دادن حمایت خمینی، از آن‌جا که او به تنهایی توان مقابله با مخالفانش را نداشت و پیش‌تر هیچ‌گاه به ایجاد یک حزب یا ائتلاف اقدام نکرده بود، با مجاهدین خلق که پیش‌تر از آنها به شدت انتقاد کرده بود، متحد شد. در اواخر ماه خرداد او که برای حفظ جان خویش در اختفا به سر می‌برد، مردم را به قیام فراخواند. مجاهدین خلق نیز در پی تعارضات شدید با نظام جمهوری اسلامی در سال ۱۳۵۹، از بنی‌صدر حمایت کرده و در تاریخ ۲۹ خرداد ۱۳۶۰ از هوادارانشان خواستند تا علیه نظام به خیابان‌ها بریزند. یک روز پس از آن، تظاهرات خشونت‌آمیزی در شهرهای مختلف کشور به راه افتاد. در تهران حدود پانصد هزار نفر در خیابان‌ها به دادن شعار و اعتراض و درگیری با نیروهای نظام پرداختند. نظام نیز با اعلام خمینی، مبنی بر اینکه «آنان که علیه حاکمان شرع حرف می‌زنند، با اسلام به مبارزه می‌پردازند»، به سرعت عکس‌العمل نشان داد. چنان‌که تنها در اطراف دانشگاه تهران حدود ۵۰ نفر کشته، ۲۰۰ نفر مجروح و ۱۰۰۰ نفر دستگیر شدند. روز بعد، بنی‌صدر برکنار و دستور بازداشت او توسط خمینی، به اتهام خیانت و توطئه علیه نظام، صادر شد و به این ترتیب رقابت‌های سیاسی وارد عرصهی خشونت‌آمیزی گشت.
بمب‌گذاری در دفتر حزب جمهوری اسلامی
در روز ۷ تیر ۱۳۶۰ در حالی که در دفتر حزب جمهوری اسلامی، اجلاسی از سران آن در حال برگزاری بود، بمب قدرتمندی منفجر شده و بیش از هفتاد تن از مقامات بلندپایه حکومتی از جمله، دبیرکل حزب و رئیس دیوان عالی کشور بهشتی، چهار تن از وزرای کابینه ی دولت، ۲۳ نمایندهی مجلس و چندین تن از دیگر مقامات ترور شدند. مدتی بعد کرسی ریاست جمهوری به محمدعلی رجایی سپرده شد و به سمت دبیرکل حزب جمهوری اسلامی انتخاب شد. هم چنین وی محمدجواد باهنر را به مقام نخست‌وزیری خویش برگزید. مسعود رجوی و ابوالحسن بنی‌صدر که در خفا به سر می‌بردند، توسط خلبان اختصاصی شاه سابق ایران، بهزاد معزی، طی یک عملیات پروازی از پایگاه یکم شکاری مهرآباد به وسیلهی یک جت مسافربری از کشور خارج و در فرودگاه پاریس فرود آمدند. رجوی و بنی‌صدر به همراه برخی گروه‌های دیگر، آغاز فعالیت شورای ملی مقاومت را برای مبارزه با نظام جمهوری اسلامی اعلام کردند.
بمب‌گذاری در دفتر نخست‌وزیری ایران
دو ماه بعد از حادثه ی بمب‌گذاری ماه تیر، در انفجار مهیب دیگری در دفتر نخست‌وزیری به تاریخ ۸ شهریور، رجایی و باهنر ترور شدند. گرچه هیچ گروهی مسئولیت بمب‌گذاری‌ها را برعهده نگرفت، اما جمهوری اسلامی، مجاهدین خلق را عامل این اقدامات اعلام نمود. با این وجود مجاهدین مسئولیت دیگر ترورها را پس از عزل بنی‌صدر پذیرفتند. از جمله ترورهایی که در فاصله چند ماه اتفاق افتاد، می‌توان به ترور امام جمعه ی شهرهای تبریز، کرمان، شیراز، یزد و باختران، یک استاندار، سرپرست زندان اوین، تنی چند از قضات دادگاه‌های انقلاب، نمایندگان مجلس، مقامات پایین رتبه دولتی و اعضای سازمان‌های انقلابی اشاره کرد.
درگیری با نیروهای سپاه پاسداران
در ماه شهریور ۱۳۶۰، مجاهدین، هواداران جوان خود را برای اعتراض و درگیری مسلحانه با عوامل حکومتی به خیابان‌ها فرستادند. در تاریخ ۵ مهر ماه ۱۳۶۰ آنان از تیربار و موشک انداز آر پی جی علیه نیروهای سپاه پاسداران استفاده نموده و برخی از گروه‌های کوچک‌تر چپ‌گرا همچون چریک‌های فدایی، دست به اقدامات چریکی مشابهی زدند. حکومت وقت در پاسخ به اقدامات مسلحانه، نیروهای ضداطلاعاتی سپاه را بسط داد و در ابعادی وسیع به دستگیری بسیاری از اعضای گروه و افراد مشکوک به همکاری با آنان شد.
در روز ۱۹ بهمن ۱۳۶۰ نیروهای سپاه پاسداران موفق به کشف محل اختفای اصلی رهبران مجاهدین در تهران در محله ی زعفرانیه شده و پس از محاصره ی آن محل و چند ساعت درگیری مسلحانه آن را تصرف کردند. در این واقعه ۲۳ نفر از جمله موسی خیابانی مرد شماره ۲ سازمان، آذر رضایی همسر موسی خیابانی و اشرف ربیعی، همسر اول مسعود رجوی، کشته و پسر خردسال مسعود و اشرف نیز به اسارت درآمد. این واقعه از سوی مجاهدین به «عاشورای مجاهدین» نامیده شد.
با وجود وقوع حوادث خشونت‌آمیز سال ۱۳۶۰ و کشته شدن برخی مقامات بلندپایه، بر خلاف پیش‌بینی مجاهدین خلق و سایر مبارزان مسلح که با ضربه وارد آوردن به وسیله ی عملیات مسلحانه و حذف فیزیکی نیروهای «مکتبی»، امید به سلب قدرت و ضعیف نمودن آنان داشتند، نه تنها از قدرت این نیروها کاسته نگردید، بلکه تمامی مراکز تصمیم‌گیری نیز در اختیار آنان قرار گرفته و فضای سیاسی کشور بسته شد. بدین ترتیب، همه گروه‌های سیاسی، جز آن‌هایی که در ردیف نیروهای «مکتبی» قرار داشتند، از میدان خارج شدند.
چندی پس از انتقال اغلب نیروهای سازمان به عراق و تغییر استراتژی جنگ چریکی به جنگ کلاسیک، در آخرین سال جنگ ایران و عراق و در شرایطی که توان نظامی ایران در پی چندین سال جنگ فرسایشی و توان اقتصادی و روحی ایرانیان با کاهش بسیار شدید درآمدهای نفتی شدیداً تحلیل رفته‌است، سازمان مجاهدین، رویارویی علنی با نیروهای ایرانی در جبهه‌ها را آغاز می‌کند.
عملیات آفتاب
این عملیات برای اول فروردین سال ۱۳۶۷ در اطراف شوش برنامه‌ریزی شده بود، امّا درگیری دو تن از نیروهای شناسایی سازمان و دستگیر شدن آنها توسط نیروهای ایرانی، منجر به تردیدهایی پیرامون لو رفتن احتمالی عملیات و تعویق یک هفته‌ای آن شد. نهایتاً این عملیات در ۸ فروردین آغاز شد.
در جریان این عملیات و بر اساس ادعای مجاهدین، تلفات وارده به لشکر ۷۷ خراسان ۳۵۰۰ تن کشته و مجروح و ۵۰۸ اسیر، بیان می‌شود و مقدار زیادی تجهیزات جنگی به غنیمت آنان درآمد. مجاهدین تعداد تلفات خود را ۱۲۳ نفر گزارش داده و پس از اجرای عملیات منطقه را ترک و به خاک عراق بازگشتند.
عملیات چلچراغ
سه ماه پس از عملیات آفتاب که مجاهدین را در موقعیت سیاسی و تبلیغاتی مناسبی قرار داد، در ۲۸ خرداد ۱۳۶۷، سازمان عملیات چلچراغ را اجرا می‌کند. هدف از این عملیات تصرف شهر مهران است که محقّق می‌شود. این عملیات در ابتدا به صورت مشترک بین تیپ‌های زرهی عراق و پیاده سازمان مجاهدین شروع شد. این تهاجم در چهار محور به‌طور ۵۰ کیلومتر و عمق ۲۰ کیلومتر صورت گرفت. گفته می‌شود شب قبل از آغاز عملیات، ارتش عراق اقدام به آتش بر روی محورهای منطقه می‌کرد.
مجاهدین برای حمله و تصرف مهران از از چهار محور به شهر مرزی مهران هجوم برده و شهر را تصرف کردند.
بنا به ادعای سازمان مجاهدین در عملیات چلچراغ لشکر ۱۶ زرهی قزوین، لشکر ۱۱ سپاه پاسداران و گردان‌های مختلف توپخانه و کاتیوشای حکومت اسلامی به‌طور کامل از بین رفته و ۸ هزار تن از نیروهای نظامی کشته و زخمی شدند. ۱۵۰۰ نفر نیز در داخل این عملیات اسیر شدند. پس از انجام عملیات و تصرف مهران، نیروهای سازمان اقدام به جمع‌آوری تجهیزات و وسایل خود کرده و در ظرف دو روز به پشت مرزهای عراق برگشتند.
منابع ایرانی ضمن پذیرش شکست در مهران، اعلام کردند که پیروزی مجاهدین ناشی از پشتیبانی ارتش عراق و استفاده از تسلیحات شیمیایی بوده‌است.
عملیات فروغ جاویدان
شش روز پس از قبول قطعنامه ی آتش‌بس توسط ایران و در شرایطی که نیروهای عراقی با بهره‌برداری از ضعف شدید روحیه ی نیروهای ایرانی، مجدداً به خرمشهر حمله کرده و تا آستانه ی تصرّف آن پیش می‌روند، سازمان مجاهدین عملیاتی با نام فروغ جاویدان را آغاز می‌کند.
مسعود رجوی در شب آغاز عملیات گفت: «براساس تقسیمات انجام شده، ۴۸ ساعته به تهران خواهیم رسید… کاری که ما می‌خواهیم انجام دهیم در حد توان و اشل یک ابرقدرت است؛ چون فقط یک ابرقدرت می‌تواند کشوری را ظرف این مدت تسخیر کند… از پایگاه نوژه هم ترسی نداشته باشید؛ هر سه ساعت به سه ساعت دستور می‌دهم هواپیماهای عراقی بیایند و آن‌جا را بمباران کنند. پایگاه هوایی تبریز را هم با هواپیما هر سه ساعت به سه ساعت مورد هدف قرار خواهیم داد… علاوه بر آن، ضدهوایی و موشک سام ۷ هم که داریم… هوانیروز عراق تا سرپل ذهاب به همراه ستون‌ها خواهد بود. از نظر هوایی ناراحت نباشید چون هواپیماهای عراقی پشتیبان ما هستند و تمام ماشین‌ها به صورت ستون حرکت می‌کنند.»
هدف مجاهدین از این عملیات تصرف تهران اعلام شد امّا بر خلاف دو عملیات قبلی، به شکست گسترده و تلفات شدید سازمان منتهی می‌شود. مطابق اعلام رسمی مجاهدین ۱۳۰۴ نفر از اعضای آن طی این عملیات کشته شدند. هاشمی رفسنجانی در این مورد می‌گوید: "تدارک منافقین خیلی وسیع بوده و ضربه وارده بر آنها خیلی عمیق است. ۱۲۰ تانک زرهی دجله، ۶۰ نفربر و ۶۰۰ خودرو دیگر، حدود ۵۰۰۰ رزمنده و همین تعداد پشتیبانی و تدارک‌چی و طرح رسیدن به تهران، خیلی احمقانه و ساده لوحانه و هفتاد درصد انهدام".
این آخرین فرصتی بود که از سوی صدام به مجاهدین برای تجزیهی بخشی از خاک ایران و ایجاد یک منطقهی خودمختار داده شده بود.
بعد از آن که محمد خاتمی به ریاست جمهوری ایران انتخاب گردید، سیاستمداران آمریکایی در دولت وقت آمریکا، یعنی دولت کلینتون که سالیان به دنبال جناح میانه‌رویی درون نظام جمهوری اسلامی بودند، از انتخاب محمد خاتمی استقبال کرده و برای نزدیک شدن به وی و بنا به درخواست وی به منظور نشان دادن حسن نیّت خود، نام سازمان مجاهدین را در لیست سازمان‌های تروریستی قرار دادند. در همان اوان، مارتین ایندیک، معاون وزارت خارجه ی آمریکا در امور خاور نزدیک، به این واقعیت اذعان نمود. این واقعیّت توسّط مقامات دیگری از ایالات متّحده نیز اذعان شده‌است. بار دیگر در تاریخ ۱۲ ژانویه سال ۲۰۰۹ وزارت امور خارجه آمریکا، مجاهدین خلق را یک گروه تروریستی شناخت.
سازمان مجاهدین خلق از طریق لابی‌ها و آکسیون‌های برنامه‌ریزی شده و صرف هزینه‌های هنگفت، سعی در جلب شخصیت‌های پرنفوذ سیاسی به عنوان «حامی» خروج نام این گروه از «فهرست گروه‌های تروریستی» در اتحادیه اروپا و ایالات متحده آمریکا کرده‌است.
برای مثال شرکت اکین گامپ استراوس هائور اند فد با بیش از ۸۰۰ وکیل دادگستری که در استخدام دارد، نقش مهمی را در حذف نام سازمان مجاهدین خلق ایران از «فهرست گروه‌های تروریستی اتحادیه اروپا» داشت. روزنامه نیویورک تایمز، هزینه این شرکت لابی‌گر در آن دعاوی به نفع سازمان مجاهدین را چندین میلیون دلار برآورد کرده‌است.
همچنین، روزنامه نیویورک تایمز نوشت که برخی افراد و سیاستمداران آمریکایی که در میانشان از مدیران سابق سازمان سیا و اف‌بی‌آی نیز دیده می‌شود از مجاهدین خلق برای حضور در اجتماعات و سخنرانی و حمایت‌های سیاسی رشوه می‌گیرند. «جیمز ولسی» و «پورتو گاس» از رؤسای سابق سیا، «لوئیس جی. فری» مدیرکل سابق اف‌بی‌آی، «تام ریچ» وزیر امنیت ملی در دولت جورج بوش، «مایکل بی. موکیزی» دادستان کل سابق و ژنرال «جیمز جونز» اولین مشاور امنیت ملی در دوره باراک اوباما از جمله این افراد هستند.
ادوارد رندل، فرماندار پیشین ایالت پنسیلوانیا در ایالات متحده آمریکا که به نفع خروج نام این گروه از «فهرست گروه‌های تروریستی» در ایالات متحده آمریکا فعالیت و در همایش‌های طرفداران این سازمان سخنرانی می‌کند، دریافت مبلغ ۱۵۰ هزار دلار را به عنوان «حق سخنرانی» به نفع این سازمان تأیید کرده‌است.
سازمان مجاهدین خلق از ۳۰ خرداد ۱۳۶۰، علیه نظام جمهوری اسلامی ایران، اعلام مبارزه ی مسلحانه کرد. مسعود رجوی در گزارشی گفته‌است در مرحله اول از سال ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۱، ۱۲ هزار نفر کشته شده‌اند. به همین جهت این سازمان از سوی جمهوری اسلامی ایران سازمان تروریستی محسوب می‌شود. علاوه بر عملیات‌های مسلحانه‌ای که سازمان مسئولیت آن را پذیرفته‌است، برخی ترورها و عملیات‌های نظامی دیگر هم به سازمان نسبت داده شده‌است:
کشته شدگان سرشناس
ترورهای ناموفق
ترورهای منتسب
افشای فعّالیت‌های مخفی هسته‌ای جمهوری اسلامی از سال ۲۰۰۲ به بعد که در نهایت منجر به صدور چهار قطعنامه توسط شورای امنیت سازمان ملل متحد و اعمال تحریم‌های مختلف علیه دولت جمهوری اسلامی شد.
افشای نقض حقوق بشر توسط جمهوری اسلامی همراه با انتشار فهرست بیش از ۲۰٬۰۰۰ نفراز کشته شدگان توسط جمهوری اسلامی. این اقدامات تاکنون باعث گردیده‌است که نظام جمهوری اسلامی تاکنون ۵۴ بار توسط مجمع عمومی و کمیسیون سوم حقوق بشر ملل متحد به خاطر نقض شدید حقوق بشر در ایران محکوم گردد.
انتشار فهرست ۳۲٬۰۰۰ تن، که به گفته ی این سازمان از مأموران و عوامل وابسته به جمهوری اسلامی در عراق هستند، همراه با شماره ی حساب بانکی و میزان حقوق ماهیانه هرکدام که از نیروی قدس سپاه پاسداران دریافت می‌کنند.
حمایت و همراهی در گروگان‌گیری اعضای سفارت آمریکا در تهران در آبان ۱۳۵۸(۱۹۷۹).
عملیات ۱۲ بهمن در سال ۲۰۰۰ که طی آن ۱۲ عملیات علیه ایران انجام گرفت.
حمله تقریباً هم‌زمان به سفارت ایران در ۱۳ کشور خارجی در ۱۹۹۲.
قتل کارمندان غیرنظامی و نظامی آمریکایی مشغول در پروژه‌های دفاعی ایران در ۱۹۷۰.
افشای برنامه اتمی جمهوری اسلامی ایران
سازمان مجاهدین خلق در کنفرانسی در سال ۲۰۰۲ اطلاعاتی پیرامون سایت نطنز ارائه کرده و مدعی افشای برنامه هسته‌ای ایران برای اولین بار شد. اما منابع آمریکایی و اسراییلی چندی بعد افشا کردند که این اطلاعات تماماً از منابع دیگر از جمله دستگاه اطلاعاتی اسراییل بدست آنان رسیده بوده‌است و همچنین پیش از این کنفرانس تصاویر ماهواره‌ای نطنز از سوی برخی سازمان‌های دیگر در آمریکا ارائه شده بود. همچنین در سال ۲۰۰۹ میلادی، این سازمان ادعاهای تازه‌ای پیرامون برنامهی هسته‌ای ایران ارائه داد که صحت آن را هنوز ثابت نکردند.
سازمان مجاهدین خلق از ابتدای پیروزی انقلاب اسلامی تابه امروز، آسیب ها و زیان های بسیاری را به انقلاب اسلامی و ملت ایران وارد کرده و همیشه به نفع دشمنان جمهوری اسلامی دست به اقدامات خرابکارانه از قبیل ترور و نبرد مسلحانه و نیز جاسوسی و فروش اطلاعات زده است.
فرد نفوذی از طریق سازمان منافقین در پادگان موشکی سپاه در ملارد رخنه کرده و سبب انفجار در تاسیسات و شهادت سردار تهرانی مقدم شده است.
چندسال است که برخی اخبار شنیده می شود که سازمان در مراکز حساس نظامی، هسته ای، دانشگاهی و اقتصادی نفوذ کرده است. برای سازمان فرقی نمیکند نفوذ و رخنه آنها درکجا باشد در دانشگاه یا یک مرکز نظامی!
عملکرد سازمان مجاهدین خلق در جنگ تحمیلی عراق علیه ایران:
در جنگ تحمیلی هشت ساله این سازمان به مقابله مستقیم با نظام روی آورد و رسما وارد جنگ مسلحانه شد. موج ترور های گسترده ی سازمان در نقاط مختلف کشور ، جامعه و افراد مختلف را تحت تاثیر قرار داد.در 6تیر 1360 آیت الله سید علی خامنه ای در مسجد ابوذر تهران، هدف سازمان قرار گرفت و مجروح شد. روز بعد این سازمان ایت الله بهشتی و 72 تن از یاران امام خمینی را به شهادت رساندند. دکتر حسن آیت، محمدعلی رجایی، محمدجواد باهنر، سید عبدالکریم هاشمی نژاد ، ایت الله عبدالحسین دستغیب از چهره هایی هستند که توسط این سازمان ترور شده اند. در همین بین و جنگ های مسلحانه پیروزی های پی در پی و بازپسگیری مناطق اشغالی انجام شد که با عملیات ثامن الاءمه آغاز و به آزادسازی خرمشهر انجامید. در همین تحولات مسعود رجوی با طارق عزیز معاون نخست وزیر عراق دیدار کرد که دو طرف به لزوم حل و فصل مسالمت آمیز اختلافات دو کشور تاکید کردند ،رجوی در این دیدار ایران را مسول تداوم جنگ معرفی کرد.
یکی از مهم ترین دلایل همکاری رجوی با عراق تمایل وی برای به رسمیت شناخته شدن در عرصه دیپلماتیک بود.
پس از ورود رجوی به عراق عملیات هایی علیه ایران در مناطقی مانند سردشت، دهلران، مریوان، سرپل ذهاب اجرا شد و تلفات جانی و تسلیحاتی فراوانی به برخی یگان های ایران وارد شد.
جاسوسی به نفع عراق، ایجاد شبکه شنود در جبهه ها، بازجویی از اسرای ایرانی وتخلیه تلفنی نمونه هایی از فعالیت ها و جاسوسی های این سازمان در طول جنگ بود.
