پیدایش ملت و ملیّت در عصر جدید، که پایه ی ملی گرایی هستتند، با پس کشیدن دیانت ملازم دارد. با پیدایش حکومت های محلی حاکمیت کلیسا از سر کشورها برداشته شد و اشتراک در شریعت جای خود را به اشتراک در علم و سیاست جدید داد، بنابراین ملی گرایی در بدو پیدایش از اصل و اساس روبر گرداندن از قدرت کلیسا برای ایجاد حکومت ملی و وضع قانون بشری در قبال قانون کلیسا بود، لذا با جدایی قطعی سیاست از دیانت ملازمت داشت.
در ملی گرایی حکومت و احکام آن دنیایی می شود و مردم قوانین را وضع می کنند در حالی که در اسلام محور امور دین و اعتقاد به خداست و انسان ها حکومت را بر مبنای الهی می پذیرند. (ایرانیت به جای اسلامیت) در جهان اسلام ملی گرایی به مثابه عنصری ضد دینی رواج می یابد.
اصالت مرزها در ملی گرایی: ملی گرایی به مرزهای جغرافیایی اصالت داده و هدف ایجاد واحدهای ملی را دنبال می کند که کانون اصلی وفاداری در آم میهن است، در حالی که اسلام به عقیده و مذهب اصالت داده و کانون اصلی دلبستگی انسان را خدا می داند و وحدت جهانی بشر را بر مبنای ایدئولوژی دنبال می کند. بر مبنای اندیشه اسلامی، ملی گرایی افق فکری انسان را محدود می کند و جامعه انسانی را در نظر نمی گیرد و از این لحاظ باعث شکل گیری نژاد پرستی، استعمار و استثمار جوامع می شود.
تاکید ملی گرایی بر تمایزات طبیعی: ملی گرایی بنیان خود را تمایزات طبیعی همچون زبان و نژاد می نهد و عوامل مادی را شکل دهنده ی ماهیت می داند، در حالی که در اسلام شالوده ی اجتماع مسلمانان بر اساس عقیده ریخته می شود و زبان و رنگ و نژاد، ملاک وحدت و امتیاز نیست. اساس ناسیونالیسم بر اصالت دادن واحدهای ملی و نژادی است. مخاطب ملی گرایی یا ناسیونالیسم، کل بشریت نیست، بلکه واحدهای ملی هستند و هدف نهایی آن نیز استقرار جامعه جهانی نیست بلکه جوامع ملی است.
لیکن از دید اسلام گرایان اهداف و مقاصد ملی گرایی دقیقا با اهداف و مقاصد اسلام مخالفت می کند، چون اسلام با قدرت و اصرار به خدممت بشریت و تعاون مومنین و نابود ساختن موانع عصبی، رنگی، خونی و زبان دعوت می کند. رسول خدا می فرماید:
«کسی که در مورد رفع نیاز برادر خود ساعتی از شب یا روز را سپری سازد، ثواب آن از اعتکاف دو ماه نسبت به او بیشتر است»
پس چگونه بر مسلمانان امکان دارد که برادر دینی باشد ولی متعصب ملیت های خویش و منتسب به احزاب ملی و نژادی خود باشند و ملیت های خود را رعایت کنند بدون آن که حقوق دیگران را رعایت کنند.
با این وجود، به طور کلی در مورد مبحث ارتباط میان ناسیونالیسم و اسلام گرایی می توان گفت که اسلام بر خلاف ادیان دیگر نظیر مسیحیت، بودیسمم و غیره، به مراسم مذهبی و اعتقادات فیزیکی محدود نمی شود. اگر اسلام صرفا به تنهایی دین عبادت بود، در این صورت امکان توافق و سازگاری کامل و جامع آن با ناسیونالیسم ممکن می گردید. درحالی که اسلام یک دین یا جهان بینی اجتماعی و فلسفی است، و اصول سیاسی و اقتصادی را نیز فراهم می کند. ناسیونالیسم نیز همچنین اصول اجتماعی و سیاسی خود را بر اساس باورها و معیارهای مختلف داراست که در مواضعی با گستره و جامعیت دین اسلام سازگار نیست. بنابراین، تضاد بین اسلام و ناسیونالیسم اجتناب ناپذیر است.
