البته همان‌گونه که اشاره شد، همة علوم را نمی‌توان به این معنا به دینی و غیردینی، اسلامی و غیراسلامی تقسیم کرد. علومی که موضوع، مسائل، و اهدافشان با دین ارتباطی پیدا نمی‌کند، به دینی و غیردینی متصف نمی‌شوند. ولی علومی که در مبانی، ارزش‌ها یا روش‌هایشان با یکی از مؤلفه‌های دین (باورها، ارزش‌ها، و احکام) دارای مرز مشترک باشند، می‌توانند دینی یا غیردینی باشند. این‌گونه علوم، درصورتی دینی خواهند بود که در آنها نظریاتی را مبنا قرار دهیم که مورد تأیید دین باشند، یا دست‌کم دین آنها را نفی نکند؛ خواه این نظریات را دیگران مطرح کرده‌باشند، یا خود بر اساس مبانی دینی نظریه‌ای را ابداع کرده، به عنوان احتمال مطرح کنیم و با دلایل منطقی و روش معتبر آن را اثبات و نظریات رقیب را نقد نماییم. بنابراین، چنین نیست كه با داشتن منابع وحیانی اسلام، از همة علوم بینیاز باشیم، چرا که حتی در مسائل عملی و ارزشی نیز دست‌کم برای شناخت موضوعات، به علوم مختلفی نیاز داریم. ازسوی دیگر، چنان نیست كه با شناختن و فراگرفتن علوم، از دین بینیاز شویم، چرا كه شناخت موضوعات بدون تعیین حكم عملی آنها از سوی دین، تضمینی برای راه یافتن به سعادت حقیقی ندارد.
هر علمی متدولوژی خود را دارد، و مسائلی را که بر اساس مبانی صحیحِ اثبات شده حل می‌کند در حد خودش معتبر است، و تا هنگامی که با دلیل معتبرتری تعارض پیدا نکرده باشد باید به‌همان اندازه به آن بها داده شود. ولی بدیهی است که درصورت یافتن دلیلی معتبرتر بر صحت نظریة رقیب، باید نظریة گذشته را کنار نهاد و معرفت یقینی‌تر را دنبال کرد.
به عنوان نمونه، داده‌های علوم تجربی ظنی‌اند و روش تجربی نمیتواند یقین مضاعف تولید کند، لذا در صورتی که یافته‌های علوم تجربی با گزاره‌های یقینی تعارض پیدا کنند، تقدم با دلیل یقینی خواهد بود، خواه دلیل یقینی و قطعی از استدلال یقینی عقلی به‌دست آمده باشد، یا از منابع دینی قطعی‌الصدور. علم دینی در این فرض، علمی است که داده‌های آن مخالف نص قرآن یا روایات قطعی نباشد. روشن است که یک نظریة یقینی هیچ‌گاه با معارف یقینی دینی مخالفت ندارد.
بنابراین، درصورتی که در یک مسأله دو نظریة ظنی وجود داشته باشد، که یکی از آنها با معرفت یقینی به‌دست‌آمده از منابع دینی موافق، و دیگری با آن مخالف است، نظریة اول که موافق قرآن و حدیث است علم دینی، و نظریة دوم که با آن مخالف است علم غیردینی نامیده می‌شود. معنای چنین کاری انکار علم و نادیده‌گرفتن دستاوردهای تجارب بشری نیست، بلکه تعیین ملاک و معیاری برای قضاوت میان دو نظریة ظنی است که در هر کدام از آنها احتمال خطا و اشتباه وجود دارد. در علم دینی، یکی از معیارهای داوری میان چنین نظریاتی، مراجعه به نظریاتی است که با مقدماتی یقینی، با استفاده از روشی یقینی، از منابع یقینی دینی به دست آمده باشند. چنین روندی کاملاً عقلانی و منطقی است و هیچ ارتباطی با تعصب مذهبی ندارد؛ چنان‌که یکی از ملاک‌های داوری میان نظریات رقیب، عدم مخالفت با معرفت یقینی عقلی است. این بدان معنا نیست که همه چیز را میتوان با عقل اثبات کرد و علوم تجربی را باید کنار گذاشت، بلکه به معنای آن است که در قلمرو کارآیی عقل، باید از معارف عقلی قطعی به عنوان فصل الخطاب میان نظریات ظنی رقیب استفاده کرد. اما عقل در مسائلی که از محدودة آن خارج باشد قضاوتی ندارد و نمیتواند هیچ‌یک از نظریه‌های متخاصم را تأیید یا رد کند.
در علم دینی نیز چنین نقشی برای معارف یقینی دینی درنظر گرفته می‌شود، و در مسائلی که از قلمرو موضوع و هدف دین خارج باشد، چنین نقشی برای دین وجود نخواهد داشت. به عنوان مثال، علومی مانند ریاضیات هیچ اصطکاکی با مسائل دینی ندارند؛ نه در موضوعات، نه در روش، و نه در مسائل. در این دسته از علوم سخن از علم دینی و غیردینی بی‌معناست؛ آنها نسبت به دین و آموزه‌های آن خنثی و بی‌طرف‌اند. همچنین مسائل زیادی وجود دارند که دلیل لفظی وحی نمیتواند حقیقتشان را نشان دهد، بلکه تنها اولیای خدا می‌توانند با نوری که خداوند متعال در دلشان می‌تاباند آنها را درک کنند، و معرفت به آنها از دسترس افراد عادی و روش‌های عمومی معرفت خارج است. همچنین اگر معرفتی که از منابع دینی به‌دست می‌آید ظنی باشد، قادر نخواهد بود دربارة ظن حاصل از تجربه داوری کند، زیرا یک ظن نمیتواند ظنی مشابه خود را اصلاح نماید.
