مقصود ما از ارائة تعریف علم دینی تنها این نیست که تعریفی را انتخاب یا مطرح کنیم که اشکال منطقی نداشته باشد و از نظر ادبی مقبول باشد. بلکه مهم‌ترین علت طرح این بحث در جامعه علمی و دینی ما، و همینطور انگیزة ما از پرداختن به این مبحث آن بود که آنچه به نام علم در محافل علمی و دانشگاه‌ها آموزش داده و مطالعه می‌شود، برای خود نسبتی با دین تعریف کرده است که ناشی از مبانی سکولار و نگاه ضددینی پایه‌گذاران آن است.
این نگاه غلط به نتایج هولناکی برای بشریت منجر شده است که امروزه برخی از آثار آن در حوزه‌های مختلف اعتقادی، ارزشی و عملی مشهود است. هدف از کنکاش در رابطة علم و دین و طرح علم دینی آن است که این رابطه به شکل صحیحی بررسی و خدمات متقابل علم و دین به یکدیگر در قالب علم دینی به تصویر کشیده شود.
«علم» برحسب یکی از تعاریف مقبول؛ مجموعه مسائلی با محوریت موضوعی واحد است. این مسائل که متشکل از موضوع و محمول‌اند پاسخی برای اثبات یا نفی می‌طلبند به‌گونه‌ای که هر پاسخی به مسئله داده شود، درون علم جای می‌گیرد. هر گونه تلاش حصولی در این راه تلاشی از سنخ آن علم به شمار می‌رود و نوع پاسخ، منبع آن، یا روش اثبات یا حل یک مسأله نقشی در ورود یا خروج آن از علم ندارد. بنابراین، «علم» به این معنا شامل علوم نقلی مانند تفقّه (در فقه)، علوم عقلی مانند تفلسف (در فلسفه)، و علوم تجربی (در علوم مختلف) می‌شود.
«دین» نیز در تعریف منتخب ما، اسلام ناب است که هدف اصلی آن نشان‌دادن راه سعادت به انسان‌هاست. به همین دلیل، همة تعالیم نظری و عملی که به این هدف معطوف باشد جزء دین است، و محدود به آموزه‌هایی نیست که از منبع یا روش خاصی به دست آمده باشند. منبع این آموزه‌ها به تناسب مسأله مورد بحث می‌تواند خودِ واقعیت، عقل، وحی، یا طبیعت محسوس باشد. دست‌یابی به تعالیم دین اسلام دربارة موضوعات مختلف نیز به تناسب موضوع ممکن است با روش شهودی (علم حضوری)، عقلی، نقلی، یا تجربی میسر گردد. اکنون، بر اساس تعاریف بالا، می‌توان نسبت‌های ممکن میان این دو معنا را در ترکیب وصفی «علم دینی» بررسی نمود.
علم در این تعریف، وظیفة شناخت پدیده‌ها و روابط میان پدیده‌ها را بر عهده دارد. به عنوان نمونه، مطالعة اجسام و بررسی میزان و نوع عناصری كه یک مادة مشخص را می‌سازند، و بیان خواص فیزیكی و شیمیایی آن از اهداف برخی علوم طبیعی به‌شمار می‌روند. از طرف دیگر، بیان نوع استفاده از آن به منظور دست‌یابی به سعادت واقعی انسان از محدودة موضوع و هدف علم فراتر است. این دین است که رسالت تبیین رابطة پدیده‌ها با کمال روح انسان و مصالح انسانی را برعهده دارد و نحوة تعامل انسان با پدیده‌های مادی و غیرمادی را ارزش‌گذاری کرده، تکلیف انسان را در برخورد با آنها تعیین می‌نماید. همچنین در علوم انسانی تا جایی که سخن از تشریح ماهیت یک پدیدة انسانی یا اجتماعی و تبیین رابطة آن با دیگر پدیده‌هاست، با علم محض سروکار داریم. این علوم که صرفاً به توصیف واقعیات انسانی و اجتماعی می‌پردازند میان دین‌داران و بی‌دینان، مسلمانان و غیرمسلمانان مشترک‌اند. ولی به محض آن که پا را از توصیف فراتر گذاشته، به قلمرو ارزش‌گذاری، هنجاریابی، و توصیة دستورالعمل‌های اقتصادی، حقوقی، تربیتی، و مانند آنها وارد شویم، به مرزهای مشترک با دین پا گذاشته‌ایم. به عنوان نمونه، در مباحث اقتصادی، مطالعه و تبیین مكانیسمهای علمی حاكم بر بازار جزئی از علم اقتصاد است که دینی و غیردینی ندارد. ولی هنگامی که بحث از كمیت و كیفیت تولید، نوع كالا، هدف از تولید، قیمت‌گذاری، رقابت، فروش، و مانند آنها به میان می‌آید، ارزش‌هایی در تعیین این مسائل دخالت دارند که با هدف دین تداخل پیدا می‌کنند. از این‌رو، اعتقادات، اخلاقیات، و احکام عملی دین می‌توانند اصول موضوعه، پاسخ‌ها و دستورالعمل‌های اقتصادی را تحت تأثیر قرار دهند.
در این‌گونه مسائل است که تفاوت میان علم دینی و غیردینی آشکار می‌شود. بر این اساس، اقتصاد دینی (اسلامی) علمی است که مبانی عقیدتی و ارزشی دین را در سطوح مختلف این علم مد نظر قرار می‌دهد و با آن مطابقت دارد، یا دست‌کم با آنها تنافی ندارد. ضرورت این مطابقت و عدم تنافی یک الزام تعبدی صرف نیست، بلکه خود بر اصولی مبتنی است که در جای خود با برهان عقلی به اثبات رسیده است و به همین دلیل مورد قبول و تأکید ماست.
در مقابل، نظریاتی علمی که یا بر مبانی ضددینی مانند ماتریالیسم، انکار مجردات، و انکار روح مستقل از بدن مبتنی‌اند، یا روش‌ها و رفتارهایی را پیشنهاد می‌کنند که با باورها یا ارزش‌های دینی ناسازگار یا در تضادند، مصادیق علم غیردینی یا ضددینی به شمار می‌آیند. تنافی داشتن با باورها بدین معناست که این نظریات بر اصول موضوعه‌ای، مانند تساوی هستی با ماده یا محدود بودن زندگی انسان در این جهان، مبتنی شده‌اند که مورد قبول دین نیستند. دینی یا اسلامی‌کردن این علوم مستلزم کشف و ترویج نظریات و تفسیرها، و تجویز روش‌ها و رفتارهایی است که با باورها و ارزش‌های اسلامی سازگار باشند.
سوگمندانه باید گفت: در حدود یک قرن تلاش بر آن بوده است که در کشورهای اسلامی، ازجمله جمهوری اسلامی ایران، نظریات و کتاب‌هایی در دانشگاه‌ها تدریس شوند و در دسترس عموم قرار بگیرند که با دین میانه خوبی نداشته باشند. گویا تعمدی در کار است که در علوم مختلف، به‌ویژه علوم انسانی، کتاب‌هایی ترجمه و منتشر شوند که با مبانی و ارزش‌های دینی در تضاد باشند. شواهد بسیاری حاکی از آن است که روند حاکم بر نظام آموزشی و پژوهشی رسمی کشور ریشه در همان تفکری دارد که برای تعطیلی مساجد و مدارس دینی، ممنوعیت مجالس عزاداری و روضه‌خوانی، و برداشتن چادر از سر زنان مسلمان تلاش می‌کرد. آنچه بدبینی نسبت به این روند را تأیید می‌کند آن است که با وجود آن‌که در رشته‌های گوناگون علوم، حتی در میان اندیشمندان غربی و غیرمسلمان، عالمانی هستند که با دین و خداپرستی موافقند و نظریات نسبتاً قابل قبولی دارند، ولی نظریات و آثار ایشان ترجمه نمی‌شوند، در کتاب‌های درسی مورد بحث قرار نمی‌گیرند، و یا به عنوان منبع پژوهش به دانشجویان معرفی نمی‌شوند.
