اولین مدرک دال بر خالکوبی در فرهنگ ایرانی خالکوبی کامل بدن سردار سکاها در گورهای پازیریک ( محل تدفین کوه های آلتای در سیبری روسیه) است که قدمت آن به قرن پنجم قبل از میلاد میرسد.
خالکوبی کردن در امپراطوری فارسی قدمت دیرینه دارد.بردگان هخامنشی علامت یا مارکی داشتند که بیان کننده ی خدا و ارباب دنیوی آنها بود.
هویت این علامت یک نشان یا یکی از حروف الفبا بود.هچنین نام ارباب ها پشت سر هم (از اول عمر هرچی ارباب داشته تا آخریش) به عنوان علامت استفاده می شده. با استناد بر هرودوت ،خشایار شاه بردگان و اسیران یونانی خود را نیز علامت گذاری می کرد.در طول دوره پارت ها ، پمپونیوس مِلا گزارش کرده است که رسم و آیین خالکوبی همچنین در همسایگی ساکاها و آگاتیرسی نیز وجود داشته است.
در قرن وسطی ، خالکوبی در بین مردان و حتی بیشتر بین زنان رایج و محبوب بوده.اشعار فارسی دلالت بر فراوان بودن نقاطی برای زیبایی (خال) در بین مردان و زنان دارد.که در بعضی موارد به نظر میرسد این نقاط(خال ها) خالکوبی شده ، همانطور که رومی ( جلالدین محمد رومی) در وصف آن "نوشته نقطه هایی که ابرو را بهم وصل می کند"
که در واقع خالکوبی بسیار رایج و فراوانی بوده است.
نیل پر طاووس ، سرمه ، یا جوهر برای ایجال تصویر یا نقطه ی آبی رنگ استفاده می شده است.همانطور که رومی خالکوبی کردن را به عنوان کبود زدن مردی که قصد داشته تصویر یک شیر را روی شانه خود خالکوبی کند در داستان ذکر کرده است.
محمدرضا شفیعی کدکنی ، اثر منظوم شریف الدین عبدالمومن مغربی را به عنوان مدرکی که ثابت کننده ی رسم خالکوبی به خصوص تصویر شیر روی بدن ، که ریشه در آیین فتوت(برادری) عیاران دارد.
بر اساس گفته های چارلز جی.ویلز در دهه ی 1880 : خالکوبی کردن بین اقشار ضعیف و روستاییان مرسوم بوده و همچنین در بین اقشار بالاتر و متوسط نیز دیده می شده.اگرچه طبق نوشته ی جیکوب پولاک ، داشتن تصاویر گل های خالکوبی شده روی چانه ، گردن ، سینه و اطراف ناف ، که در حمام های عمومی انجام می شده در ده ی 1880 رو به کاهش قرار گرفته.
پولاک طی بیانیه ای با مشاهدات پرسی سایکس موافقت کرده است که در اواخر قرن بیستم بیان کرده است ، تا قرن اخیر خالکوبی کردن در سراسر پارس انجام می شده است.
بانوان از طبقات بالا و خانواده های مرفه ، طرح های خراشیده شده ای روی پیشانی برای وصل کردن دو ابرو به هم داشتند.همچنین روی چانه ، یکی از گونه ها ، لب ، روی سینه نیز انجام می دادند.تصاویری از خلخال (پابند) و دستبند خیلی اوقات خالکوبی می شد.
در طول دوران بارداری خالکوبی مخصوصا در کف پا ، با این عقیده که آن علامت به جنین آنها منتقل خواهد شد ، بسیار معمول بوده است.
بانوان عموماً خالکوبی های پرنده ، گل یا آهو داشتند ولی گاهی اوقات آیاتی از قرآن نیز دیده می شد.از طرفی مردان روی بازو علائمی مثل شیر یا ، یاعلی مدد داشتند.
این شیوه عمومی بود ولی بیشتر بین جمعیت روستایی در دهه 1900 دیده میشد.براساس مطالعات و مشاهدات سایکس خالکوبی در میان قشر رده بالا کمیاب بود اما همچنان در میان اقشار ضعیف متداول بود.
گفته میشود که فاحشه ها در کرمان با طرحی از درختی که با دو شیر زنجیر شده محافظت می شوند ، به طوری که کل سطح جلویی بدن را بپوشاند خالکوبی می شدند.
در واقع این رسم انقدر ادامه پیدا کرد تا در میان صحرانشینان و روستاییان رواج پیدا کرد.ژاک دو مورگان مشاهده کرده که زنان کردی خالکوبی هایی را با استفاده از سوزن و پودر دوده انجام می دادند تا محو نشوند.
زنان مسن تر خالکوبی های بیشتری داشتند که اغلب طرح های جالب و عجیبی داشتند و گاهی اوقات کل بدن آنها خالکوبی شده بود.مردان به ندرت خالکوبی انجام می دادند و در صورت داشتن خالکوبی، فقط محدود به بازو می شد و به ندرت روی صورت دیده می شد.در کرمانشاه و کردستان انجام خالکوبی تا دهه های 1950 رواج داشت.خالکوبی هاآبی رنگ در ده ی 1930 بین زنان قبیله ی لر بسیار مرسوم بود.طرح های متداول بیشتر به یاد آورنده ی نماد گل زنبق یا صلیب بود که زیر بینی انجام می شدند.اما طرح های روی چانه نیز بسیار متداول بودند.همچنین زنان ، خودشان خالکوبی هایی را با سوزن و نیل پر طاووس انجام می دادند یا نوازندگان دوره گرد آن طرح ها را اجرا میکردند. به همین روش زنان طایفه بختیاری خالکوبیی هایی روی صورت ، دست و مچ پاهایشان انجام می دادند.طرح های آبی رنگ بیشتر اشکال هندسی ، نقاط ، خطوط متقاطع(یا صلیب) و خط هایی بودند که تمرکز آنها بیشتر قسمت ابروها یا محل دستبند ، انگشتر یا مشابه آن بود.
مردان گاهی خالکوبی هایی روی قسمت جلویی بازو از نام کوچک خودشان یا ، یا علی مدد یا جمله های التماسی از امام علی داشتند. خالکوبی ها اکثراً توسط سلمانی ها (یا دلاک)انجام می شد.خالکوبی بین رعیت های خراسان و کرمان محبوب بوده(طرح های برگ شبدری بین دو چشم)
خالکوبی بسیار در میان دورگرد یا نوازندگان خیابانی محبوب بوده و آنها طرح هایی با رنگ های متنوع از اسمشان ، پرتره پهلوان های معروف ، دوستانشان و معشوق هایشان را روی دست ها ، بازوها و گاهی روی بالاتنه ی خود داشتند.بعضی از آنها حتی خالکوبی هایی از نبرد قهرمانان داشتند.
زنان خالکوبی هایی در قسمت مچ دست ، مچ پا ، سینه ، چانه ، بینی و یا حتی بین دو چشم داشتند.
طبق نوشته سایکس زنان خالکوبی را با اهداف متفاوتی انجام می دادند:
1.زیبایی و افزایش جذابیت
2. برگرداندن چشم شیطان و در امان ماندن از آن
3. پنهان کردن جای زخم و لکه پوستی
4. درمان بیماری
گواه این بیان در متون ادبی یافت می شود. مردم محلی خراسان مثل هایی داشتند که معنی محل خال ها و یا احتمالا خالکوبی ها را از معنوی و مادی تا ماهیت مرگ تفسیر و دسته بندی می کرد. زنان دوره گرد و همچنین زنان بختیاری برای جذابتر شدن و باروری خالکوبی می کردند. همچنین سایکس بیان می کند که کاپیتان فرانکلین تصویری از خودش را بالای ابروی خود تتو کرده بود تا درمانی برای تب مزمن او باشد. داستان تتوی شیر رومی ،این نظریه سایکس را بیان می کند که "احتمالا ابزار و طرح های مورد استفاده معنای خاصی داشتند و به منظور مشخصی استفاده می شدند مثلا شیر نمادی از شجاعت بوده اما امروزه هیچ یک از آنها به طور قطعی مشخص نیست بجز وسیله هایی که برای دفع چشم شیطان روی پیشانی و گونه استفاده می شده است." سایکس بیان می کند" در مورد مردان، کشتی گیران و ژیمناست ها به طور ویژه ای این هنر را تحت تاثیر قرار می دادند به این صورت که رسم شده بود برنده کشتی تصویری از شیر را روی بازوی خود خالکوبی کند." اگرچه غلامرضا انصاف پور، محقق تاریخ و آداب زورخانه گفته او را رد کرده و می گوید این داستان ها توسط مردم برای تخریب و بدنام کردن پهلوان پراکنده می شده و صحت نداشتند.
بنابراین به نظر می رسد که خالکوبی کردن در مناطق مختلف ایران بیشتر جنبه زیبایی و جذابیت داشته تا پایه و اساس معنوی از طرفی انجام خالکوبی در ایران توسط علما ممنوع اعلام شده است . این حکم پابرجا بود تا زمانی که مردم مدرن آن را زیر پاگذاشتند که خالکوبی بین ورزشکاران و جوانان مرفه چه زن چه مرد به عنوان زینتی محبوب رایج شد. نسل جدید (که خالکوبی می کنند) بیشتر شامل نوجوانان و جوانان می باشد.خالکوبی ها معمولا در قسمت هایی مثل بازو کمر و حتی سینه انجام می شوند که اغلب در معرض دید قرار نمی گیرند. به منظور کاهش گسترش و شیوع ایدز در اثر استفاده از سوزن آلوده، دولت ایران انجام خالکوبی را در تاریخ 26 نوامبر2000 ممنوع اعلام کرد ولی طبق گزارش روزنامه ها همچنان محبوب باقی مانده است. ورزشکارانی که تتو داشتند از سال 1998 اجازه حضور و شرکت در مسابقه را نداشتند.
