از کلسیم هیدروکسید در دندانپزشکی برای استریل کردن کانال دندان استفاده می‌شود. کلسیم هیدروکساید یکی از مواد اولیه لازم برای شستشوی کانال ریشه دندان است.
آنچه که باعث می‌شود کلسیم هیدروکساید نقش حفاظتی از ریشه دندان داشته باشد، مکانیسم اثر کلسیم هیدروکساید بعد از ورود به کانال دندان است. این ماده بعد از نفوذ به پالپ دندان به اجزای سازندۀ خود تفکیک می‌شود. این اجزای سازنده شامل یون‌های کلسیم و هیدروکسیل هستند.
استفاده از کلسیم هیدروکسید باعث می‌شود که حتی تاج دندان نیز سالم بماند. زیرا معمولا درد دندان و پوسیدگی از قسمت پایینی دندان یعنی از ریشه‌ها شروع می‌شود.
در واقع دندانپزشک برای اینکه پالپ دندان را درمان کند، محلولی از کلسیم هیدروکساید را در اطراف ریشه دندان قرار داده و تمامی بخش‌های ریشه را با کلسیم هیدروکساید پوشش می‌دهد. در واقع این یک نوع پانسمان برای ریشه دندان است. کلسیم هیدروکسید با کمک این نوع درمان به عنوان یک محافظ در اطراف ریشه دندان باقی خواهد ماند و در نتیجه مانع از ورود باکتری‌های آلوده و عوامل ایجاد کننده پوسیدگی به ریشه دندان می‌شود.
