انیمه ماهی بزرگ و بگونیا پس از انتشار بسیار مود علاقه و توجه تماشاگران در سراسر جهان قرار گرفت. انیمیشن بازها این اثر را طلوع صنعت انیمیشن چین می‌دانند، شاید بشود از این بابت آن را با انیمه شهر اشباح (Spirited Away) مقایسه کرد، چرا که از این انیمه به بعد بود که جهان متوجه انیمه‌ها و دنیای متمایز آن‌ها شدند. دنیایی مملو از تخیل و توامان با شنیدنی‌ترین موسیقی‌ها که روح انسان از شنیدنش مالش می‌رود.
چون (Chun)، دختر نوجوانی که در سرزمینی ماورایی زندگی می‌کند، برای طی کردن دوره بلوغ و ادای دین به دریا، در شمایل دلفینی قرمز راهی دنیای انسان‌ها می‌شود. چون به همراه گروهی از هم سن و سال‌هایش در اقیانوس‌های آبی رنگ و بی‌انتهای دنیای آدم‌ها شنا می‌کنند و تنها لازم است از یک قانون پیروی کنند و آن قانون این است که به آدم‌ها نزدیک نشوند.
چون، به عنوان دختری نوجوان که به دنبال هیجان تجربه‌های جدید است می‌تواند نمادی از کم تجربگی دوران بلوغ و عطش به‌دست آوردن تجربه‌های متفاوت باشد. او مجاز است در اقیانوس‌ها بدون هیچ محدودیتی شنا کند؛ اما چون دختری است که دلش خارج شدن از این محدوده امن را می‌خواهد و تاوانش را نیز پرداخت می‌کند.
چون به ساحل‌ها نزدیک می‌شود. جشن‌های آدم‌ها را می‌بیند و به آب انداختن فانوس‌های آرزوهایشان را تماشا می‌کند. در تماشای این تجربه است که ترسش می‌ریزد و دیگر از نزدیک شدن به آدم‌ها ابایی ندارد تا اینکه عاشق یکی از آن‌ها می‌شود. چون نسبت به پسرکی که به همراه خواهر خردسالش در حاشیه دریا زندگی می‌کند توجه نشان می‌دهد. پسرک شیفته دریاست و عاشق دلفین‌ها، او سازی دارد که معمولا در آن برای دلفین‌ها می‌دمد و آن‌ها نسبت به این رفتار پسرک واکنش محبت‌آمیزی نشان می‌دهند.
زمان می‌گذرد و چون در شبی طوفانی گرفتار تور فلزی نزدیک به ساحل می‌شود، پسرک برای نجات او می‌رود و در این مسیر جانش را از دست می‌دهد و خواهر خردسالش برای همیشه تنها می‌ماند. چون بابت مرگ پسرک دلش پر از غصه می‌شود و به دنیای خودش باز می‌گردد. در آنجا راه‌حلی برای پیدا کردن پسرک می‌یابد. او متوجه می‌شود که پسرک در دنیای او در شمایل دلفینی به‌دنیا آمده و برای پیدا کردن او، چون سازش را می‌نوازد و سپس داستان اوج میگیرد.
پسرک که حالا دلفینی قرمز و شاخ‌دار با چشم‌هایی بسیار محزون است، چون را می‌شناسد و با حمایت او در دنیای اسرارآمیز دخترک بزرگ می‌شود. دلفین قرمز شاخ‌دار شرایط زندگی چون را دگرگون می‌کند و تبدیل به راز بزرگی در زندگی او می‌شود که فقط پدربزرگش از آن مطلع است. در ادامه پدربزرگ که بسیار پیر شده تبدیل به درختی تنومند و کهنسال می‌شود و چون نیز در آخر به او می‌پیوندد. در این بین اما قصه روی موجی از اتفاق‌های سرشار از عواطف و احساسات انسانی پیش می‌رود که بسیار تماشا دارد.
انیمه ماهی بزرگ و بگونیا انیمه دوستان را به یاد شهر اشباح می‌اندازد. این انیمه با داستانی مینیمال اما درگیر کننده پیش می‌رود. انیمه ماهی بزرگ و بگونیا شاید از بابت داستان تماشایی و به‌یادماندنی باشد اما بعضی سوال‌ها را برای همیشه بدون پاسخ رها می‌کند. در بعضی قسمت‌ها مخاطب احساس می‌کند که هیچ اطلاعاتی درباره گذشته شخصیت‌ها در دست ندارد. حتی این احساس به‌وجود می‌آید که آینده بعضی کاراکترها که در دسته شخصیت‌های مهم قرار می‌گیرند نیز نامعلوم باقی می‌ماند.
برای مثال گذشته پسرک و خواهر کوچکش مشخص نیست. چرا خانه آن‌ها در مماس‌ترین خط ساحل با دریاست و چرا پدر و مادرشان را هیچوقت نمی‌بینیم و چیزی از آن‌ها گفته نمی‌شود؟ چرا تنها زندگی می‌کنند و سرانجام خواهر خردسال پسرک پس از مرگ او چه می‌شود؟
سوال دیگری که پیش می‌آید این است که آن جادوگر در سرزمین چون چه می‌کند؟ چگونه به آنجا راه پیدا کرده و چرا می‌خواهد وارد دنیای انسان‌ها شود؟ در نهایت پس از بسته شدن دریچه‌های آسمان چه سرنوشتی پیش روی او قرار میگیرد؟ علاوه بر این بعضی مهارت‌های مردم سرزمین چون نیز به‌طرز عجیبی بدون شرح باقی می‌مانند. یکی اینکه چرا نیروی چون در رویاندن گیاهان بسیار قوی‌تر از دیگران است؟ منبع نیروهای اسرارآمیز مردم شهر چون از کجا تامین می‌شود؟ و وجه تمایز نیروهای آن‌ها چیست؟
