مواردی که باعث رد دفاتر قانونی می شوند عبارتند از:
1- در صورتی که دفاتر ارائه شده نزد مراجع ذی ربط به ثبت نرسیده باشد یا فاقد یک یا چند برگ باشد
2- عدم ثبت یک یا چند فعالیت مالی در دفاتر به شرط احراز
3- تاخیر تحریر دفاتر روزنامه بیش از 15 روز تاخیر تحریر دفتر کل زائد بر حد مجاز مندرج در آئین نامه
4- عدم ثبت عملیات شعبه یا شعب در دفاتر مرکز طبق مقررات آئین نامه
5- در مواردی که دفاتر مزبور به ادعای مودی از دسترس وی خارج شده باشد و غیراختیاری بودن موضوع مورد تایید بالاترین مسئول اداره امور مالیاتی ذیربط قرار نگیرد.
6- عدم تطبیق مندرجات دفاتر قانونی با اطلاعات موجود در دستگاه های ماشینی (مکانیزه-الکترونیکی) در مورد اشخاصی که از دستگاه ه های مذکور استفاده می نمایند.
7- جای سفید گذاشتن بیش از حد معمول در دفتر روزنامه
8- عدم ارائه یک یا چندجلد از دفاتر ثبت شده اعم از تحریر شده و نانویس
9- تغییر رمز نرم افزار حسابداری در طی سال مالیاتی بدون اطلاع قبلی اداره امور مالیاتی ذی ربط
10- تغییر روش نگهداری دفاتر، اسناد حسابداری از ماشینی به دستی و بالعکس طی سال مالیاتی یا دوره مالی
11- تحریر دفاتر به غیر از پول رایج کشور و زبان فارسی
12- حذف برخی از عملیلات در دفاتر الکترونیکی